8s0v

Crystal structure of Cryptosporidium parvum - Trypanosoma cruzi mutant lysyl tRNA synthetase in complex with inhibitor

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 107.0 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8s0v
沉积日期 deposition_date	2024-02-14
结构标题 title	Crystal structure of Cryptosporidium parvum - Trypanosoma cruzi mutant lysyl tRNA synthetase in complex with inhibitor
关键词 keywords	TRNA binding, ligase; LIGASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	32.67 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	32.09 Å
零角强度 I(0) i0	393810000.00
分子量 molecular_weight	107650.0 kDa
排除体积 excluded_volume	104580 Å³
包络体积 envelope_volume	178160 Å³
水化壳体积 shell_volume	45977 Å³
包络直径 envelope_diameter	117.2 Å
壳层 Rg shell_rg	39.18 Å
包络 Rg envelope_rg	32.37 Å
形状 Rg shape_rg	32.04 Å
总 Rg total_rg	32.56 Å
总原子数 total_atoms	8140
残基数 n_residues	991
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	107.0 Å
Rg (实空间) rg_real	32.65 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.66 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.9380e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.4410e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	32.66 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	393800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8892
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	37.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.347
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.366
角度范围 angular_range	— – 0.2400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	59360000.0000
实空间数据点数 n_real_points	49
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.885; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.906

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Lysine--tRNA ligase
分子量 formula_weight	61697.3 kDa
EC 编号 ec_number	6.1.1.6
突变 mutation	I538L, A309S, M310V, I290L
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	8912

MGSSHHHHHHSSGENLYFQGHMHYTDNRYKMMECIKDAGRPFYPHKFKISMSLPAYALKYGNVENGYIDKDTTLSLSGRVTSIRSSSSKLIFYDIFCEEQKVQIIANIMEHDISTGEFSVSHSEIRRGDVVGFTGFPGKSKRGELSLFSKSVVLLSPCYHMLPTAISGLKDQEVRYRQRYLDLMLNEESRKVFKLRSRAIKYIRNYFDRLGFLEVETPMLNMIYGGAAARPFITYHNELETQLYMRIAPELYLKQLIVGGLDKVYELGKNFRNEGIDLTHNPEFTSVEFYMAYADYYDLMDLTEELISGLVLEIHGSLKIPYHPDGPEGKCIEIDFTTPWKRFSFVEEIESGLGEKLKRPLDSQENIDFMVEMCEKHEIELPHPRTAAKLLDKLAGHFVETKCTNPSFIIDHPQTMSPLAKWHREKPEMTERFELFVLGKELCNAYTELNEPLQQRKFFEQQADAKASGDVEACPIDETFCLALEHGLPPTGGWGLGIDRLIMFLADKNNIKEVLLFPAMRNVKQNAQHSNQHSGN

来源 Source

来源生物 organism	Cryptosporidium parvum Iowa
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	414452
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	LYSINE
分子量 formula_weight	147.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	~{N}7-cyclopentyl-5,6,8-tris(fluoranyl)-2-methyl-quinazoline-4,7-diamine
分子量 formula_weight	296.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 5 non-polymer

描述 description	2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL
分子量 formula_weight	122.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 6 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	754

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	73.136 Å
晶胞边长 b length_b	116.697 Å
晶胞边长 c length_c	142.882 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 2 21 21
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.600 Å
最低分辨率 resolution_low	58.350 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1840
R_free r_free	0.2083

fit	/app/data/saxs_computation/s0/8s0v/8s0v.fit
pddf	/app/data/pr_computation/s0/8s0v/8s0v.pr.out
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