8s4f

Human carbonic anhydrase I covalently bound to AV21-08

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 79.3 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8s4f
沉积日期 deposition_date	2024-02-21
结构标题 title	Human carbonic anhydrase I covalently bound to AV21-08
关键词 keywords	DRUG DESIGN, CARBONIC ANHYDRASE, BENZENESULFONAMIDE, METAL-BINDING, LYASE-LYASE INHIBITOR COMPLEX, LYASE; LYASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.59 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.68 Å
零角强度 I(0) i0	58435600.00
分子量 molecular_weight	58432.0 kDa
排除体积 excluded_volume	72581 Å³
包络体积 envelope_volume	84455 Å³
水化壳体积 shell_volume	29259 Å³
包络直径 envelope_diameter	83.3 Å
壳层 Rg shell_rg	31.35 Å
包络 Rg envelope_rg	23.81 Å
形状 Rg shape_rg	23.65 Å
总 Rg total_rg	24.61 Å
总原子数 total_atoms	4117
残基数 n_residues	513
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	79.3 Å
Rg (实空间) rg_real	24.52 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.37 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.8440e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.0510e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.54 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	58440000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8951
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	29.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.296
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.373
角度范围 angular_range	— – 0.3250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	12530000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.879; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.998

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

描述 description	Carbonic anhydrase 1
分子量 formula_weight	28835.1 kDa
EC 编号 ec_number	4.2.1.1,4.2.1.69
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	4702

MSPDWGYDDKNGPEQWSKLYPIANGNNQSPVDIKTSETKHDTSLKPISVSYNPATAKEIINVGHSFHVNFEDNDNRSVLKGGPFSDSYRLFQFHFHWGSTNEHGSEHTVDGVKYSAELHVAHWNSAKYSSLAEAASKADGLAVIGVLMKVGEANPKLQKVLDALQAIKTKGKRAPFTNFDPSTLLPSSLDFWTYPGSLTHPPLYESVTWIICKESISVSSEQLAQFRSLLSNVEGDNAVPMQHNNRPTQPLKGRTVRASF

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	PROPANOIC ACID
分子量 formula_weight	74.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL
分子量 formula_weight	122.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	DIMETHYL SULFOXIDE
分子量 formula_weight	78.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 7 non-polymer

描述 description	3-(cyclooctylamino)-4-ethylsulfonyl-2,5,6-tris(fluoranyl)benzenesulfonamide
分子量 formula_weight	428.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 8 non-polymer

描述 description	ACETIC ACID
分子量 formula_weight	60.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	497

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7. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	62.415 Å
晶胞边长 b length_b	73.265 Å
晶胞边长 c length_c	120.570 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.390 Å
最低分辨率 resolution_low	62.610 Å
R 因子 r_factor	0.2050
R_work r_work	0.2020
R_free r_free	0.2340

fit	/app/data/saxs_computation/s4/8s4f/8s4f.fit
pddf	/app/data/pr_computation/s4/8s4f/8s4f.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/s4/8s4f/8s4f.dat