8s6z

CD28 in complex with the antibody Fab fragment AI3

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 141.2 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

T-cell-specific surface glycoprotein CD28

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 3 其他聚合物 1 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 19–152	未记录	Heavy chain Fab fragment of AI3 antibody × 1 Light chain of AI3 antibody × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 IMD IMIDAZOLE × 4 GOL GLYCEROL × 3 ZN ZINC ION × 13 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；293 K；Crystallization trials were set up using the CD28-AI3 Fab at 15.8 mg/mL in phosphate buffered saline (PBS) pH 7.4. Drops were set up using 100 nl protein and 100 nL reservoir solution containing 200 mM zinc acetate, 0.1 M imidazole pH 8.0, 20% w/v PEG 3000.	分辨率 3.05 Å R-free 0.258
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 19–152	未记录	Heavy chain Fab fragment of AI3 antibody × 1 Light chain of AI3 antibody × 1 IMD IMIDAZOLE × 3 GOL GLYCEROL × 3 ZN ZINC ION × 13 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；293 K；Crystallization trials were set up using the CD28-AI3 Fab at 15.8 mg/mL in phosphate buffered saline (PBS) pH 7.4. Drops were set up using 100 nl protein and 100 nL reservoir solution containing 200 mM zinc acetate, 0.1 M imidazole pH 8.0, 20% w/v PEG 3000.	分辨率 3.05 Å R-free 0.258

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8S6Z	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1YJD Crystal structure of human CD28 in complex with the Fab fragment of a mitogenic antibody (5.11A1) 提交 2005-01-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 17–152（136 aa）片段：Extracellular region	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.9；294 K；PEG 3350, magnesium formate, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K	分辨率 2.70 Å R-free 0.282
3WA4 Grb2 SH2 domain/CD28-derived peptide complex 提交 2013-04-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 189–196（8 aa）片段：fragment peptide, UNP residues 190-195	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.1M HEPES, 1.25M sodium acetate, 0.1M cadmium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.35 Å R-free 0.209
3WA4 Grb2 SH2 domain/CD28-derived peptide complex 提交 2013-04-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 189–196（8 aa）片段：fragment peptide, UNP residues 190-195	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CD CADMIUM ION × 1 ACY ACETIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.1M HEPES, 1.25M sodium acetate, 0.1M cadmium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.35 Å R-free 0.209
5AUL PI3K p85 C-terminal SH2 domain/CD28-derived peptide complex 提交 2015-04-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 189–196（8 aa）片段：UNP residues 189-196	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM Sodium Acetate trihydrate, 200 mM Ammonium Acetate, 30% PEG4000	分辨率 1.10 Å R-free 0.160
5GJH Gads SH2 domain/CD28-derived peptide complex 提交 2016-06-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 189–196（8 aa）片段：UNP residues 189-196	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；100 mM HEPES-NaOH, 10% PEG 6000, 20% MPD	分辨率 1.20 Å R-free 0.170
5GJH Gads SH2 domain/CD28-derived peptide complex 提交 2016-06-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 189–196（8 aa）片段：UNP residues 189-196	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；100 mM HEPES-NaOH, 10% PEG 6000, 20% MPD	分辨率 1.20 Å R-free 0.170
5GJI PI3K p85 N-terminal SH2 domain/CD28-derived peptide complex 提交 2016-06-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 189–196（8 aa）片段：UNP residues 189-196	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 3 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；100mM Sodium acetate trihydrate, 30% PEG MME 2000, 200mM Ammonium sulfate	分辨率 0.90 Å R-free 0.145
6O8D Anti-CD28xCD3 CODV Fab bound to CD28 提交 2019-03-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 33–150（118 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；26% PEG3350, 0.75% myo-inositol, 0.263M potassium citrate tribasic monohydrate	分辨率 3.55 Å R-free 0.356
7PPN SHP2 catalytic domain in complex with CD28 (183-198) phosphopeptide (pTyr-191, p-Thr-195) 提交 2021-09-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 183–198（16 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；10% PEG 20000, 100 mM Citrate buffer pH 5.5, 50 mM EDTA	分辨率 1.90 Å R-free 0.207
7VU5 Structure of the transmembrane domain of the CD28 dimer 提交 2021-11-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 148–188（41 aa）链 B 148–188（41 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；310 K；离子强度（mmCIF原始值）25；压力 1 NMR样品组成 0.6 mM U-13C; U-15N; 75%-2H CD28_TM, 25 mM MES, 30 mM DMPC, 60 mM DHPC, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.6 mM [U-13C; U-15N] CD28_TM, 25 mM MES, 30 mM acyl chain U-2H DMPC, 60 mM acyl chain U-2H DHPC, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.6 mM U-15N; U-2H CD28_TM, 0.6 mM [U-13C] CD28_TM, 25 mM MES, 30 mM acyl chain U-2H DMPC, 60 mM acyl chain U-2H DHPC, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.2 mM U-15N; 15%-13C CD28_TM, 25 mM MES, 30 mM acyl chain U-2H DMPC, 60 mM acyl chain U-2H DHPC, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
8W2V Solution Structure of the CD28 hinge used in chimeric antigen receptor (CAR) T-cells 提交 2024-02-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 114–152（39 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）70；压力 1 NMR测量条件 pH 6.5；284 K；离子强度（mmCIF原始值）70；压力 1 NMR样品组成 0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CD28 hinge, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 20 uM zinc sulphate, 1 mM pefabloc, 0.1 % sodium azide, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 0.6 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CD28 hinge, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 20 uM zinc sulphate, 1 mM pefabloc, 0.1 % sodium azide, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 0.45 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CD28 hinge, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 20 uM zinc sulphate, 1 mM pefabloc, 0.1 % sodium azide, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 0.4 mM [U-100% 15N] CD28 hinge, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 20 uM zinc sulphate, 1 mM pefabloc, 0.1 % sodium azide, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 0.28 mM [U-100% 15N] CD28 hinge, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 20 uM zinc sulphate, 1 mM pefabloc, 0.1 % sodium azide, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供

共 9 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CD28_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–134； UniProt 19–152 作者链 F； PDB构建体 1–134； UniProt 19–152

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8s6z
沉积日期 deposition_date	2024-02-28
结构标题 title	CD28 in complex with the antibody Fab fragment AI3
关键词 keywords	Antibody, Complex, CD28, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	36.29 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	36.35 Å
零角强度 I(0) i0	257770000.00
分子量 molecular_weight	125820.0 kDa
排除体积 excluded_volume	155670 Å³
包络体积 envelope_volume	202340 Å³
水化壳体积 shell_volume	48866 Å³
包络直径 envelope_diameter	147.7 Å
壳层 Rg shell_rg	40.22 Å
包络 Rg envelope_rg	36.61 Å
形状 Rg shape_rg	36.33 Å
总 Rg total_rg	36.68 Å
总原子数 total_atoms	8758
残基数 n_residues	1090
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	141.2 Å
Rg (实空间) rg_real	36.50 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.65 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.5780e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.9200e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	36.37 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	257700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7928
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	41.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.612
峰度 Kurtosis kurtosis	0.402
角度范围 angular_range	— – 0.2200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	32000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	45
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.518; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.820; Smooth: 0.928

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Heavy chain Fab fragment of AI3 antibody
分子量 formula_weight	23468.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D
原子数 atom_count	8785

EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYAMSWVRQAPGKGLEWVSAISGSGGSTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQMNSLRAEDTAVYYCAKSYGAFDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCDKTH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Light chain of AI3 antibody
分子量 formula_weight	24212.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E

DIVMTQSPDSLAVSLGERATINCKSSQSVLYSSNNKNYLAWYQQKPGQPPKLLIYWASTRESGVPDRFSGSGSGTDFTLTISSLQAEDVAVYYCQQNLRPPETFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	T-cell-specific surface glycoprotein CD28
分子量 formula_weight	15159.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F

NKILVKQSPMLVAYDNAVNLSCKYSYNLFSREFRASLHKGLDSAVEVCVVYGNYSQQLQVYSKTGFNCDGKLGNESVTFYLQNLYVNQTDIYFCKIEVMYPPPYLDNEKSNGTIIHVKGKHLCPSPLFPGPSKP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

实体 4 Entity 4 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	IMIDAZOLE
分子量 formula_weight	69.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	26

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

实体 9 Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	27

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	76.874 Å
晶胞边长 b length_b	117.939 Å
晶胞边长 c length_c	145.719 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.050 Å
最低分辨率 resolution_low	91.843 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1975
R_free r_free	0.2575

fit	/app/data/saxs_computation/s6/8s6z/8s6z.fit
pddf	/app/data/pr_computation/s6/8s6z/8s6z.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/s6/8s6z/8s6z.dat

CD28 in complex with the antibody Fab fragment AI3

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

T-cell-specific surface glycoprotein CD28

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 branched

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)