8s88

Crystal structure of human L-lactate Dehydrogenase B protein in complex with NADH, oxamate and fluoxetine

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 211.7 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8s88
沉积日期 deposition_date	2024-03-06
最后修订 last_revision	2025-03-19
结构标题 title	Crystal structure of human L-lactate Dehydrogenase B protein in complex with NADH, oxamate and fluoxetine
关键词 keywords	Complex, Fluoxetine, Oxidoreductase; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	66.62 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	67.77 Å
零角强度 I(0) i0	2839060000.00
分子量 molecular_weight	453660.0 kDa
排除体积 excluded_volume	570600 Å³
包络体积 envelope_volume	842180 Å³
水化壳体积 shell_volume	108690 Å³
包络直径 envelope_diameter	243.5 Å
壳层 Rg shell_rg	60.44 Å
包络 Rg envelope_rg	68.35 Å
形状 Rg shape_rg	67.77 Å
总 Rg total_rg	67.62 Å
总原子数 total_atoms	32117
残基数 n_residues	3998
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	211.7 Å
Rg (实空间) rg_real	67.57 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.59 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.8370e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.1570e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	65.63 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2828000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8247
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	61.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.599
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.278
角度范围 angular_range	— – 0.1200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0011
最高正则化参数 α highest_alpha	113300000.0000
实空间数据点数 n_real_points	25
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.823; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.966; Smooth: 0.288

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

描述 description	L-lactate dehydrogenase B chain
分子量 formula_weight	38602.4 kDa
EC 编号 ec_number	1.1.1.27
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L
原子数 atom_count	33474

MATLKEKLIAPVAEEEATVPNNKITVVGVGQVGMACAISILGKSLADELALVDVLEDKLKGEMMDLQHGSLFLQTPKIVADKDYSVTANSKIVVVTAGVRQQEGESRLNLVQRNVNVFKFIIPQIVKYSPDCIIIVVSNPVDILTYVTWKLSGLPKHRVIGSGCNLDSARFRYLMAEKLGIHPSSCHGWILGEHGDSSVAVWSGVNVAGVSLQELNPEMGTDNDSENWKEVHKMVVESAYEVIKLKGYTNWAIGLSVADLIESMLKNLSRIHPVSTMVKGMYGIENEVFLSLPCILNARGLTSVINQKLKDDEVAQLKKSADTLWDIQKDLKDLENLYFQGLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	(3S)-N-methyl-3-phenyl-3-[4-(trifluoromethyl)phenoxy]propan-1-amine
分子量 formula_weight	309.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 3 non-polymer

描述 description	OXAMIC ACID
分子量 formula_weight	89.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

Entity 4 non-polymer

描述 description	1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	665.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

Entity 5 non-polymer

描述 description	2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL
分子量 formula_weight	209.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 6 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

Entity 7 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	19

Entity 8 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1337

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	66.530 Å
晶胞边长 b length_b	413.960 Å
晶胞边长 c length_c	85.300 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	109.57 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	2.070 Å
最低分辨率 resolution_low	48.670 Å
R 因子 r_factor	0.2156
R_work r_work	0.2129
R_free r_free	0.2638

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profile	/app/data/saxs_computation/s8/8s88/8s88.dat