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8sda

CryoEM structure of rat Kv2.1(1-598) L403A mutant in nanodiscs

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 100.1 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Potassium voltage-gated channel subfamily B member 1

Rattus norvegicus

UniProt P15387

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 5–602 链 B； UniProt 5–602 链 C； UniProt 5–602 链 D； UniProt 5–602 突变：L403A POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 15 K POTASSIUM ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.32 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8SDA Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3LNM F233W mutant of the Kv2.1 paddle-Kv1.2 chimera channel 提交 2010-02-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 D 274–305（32 aa）
突变：C31S, C32S, N207Q, F233W, C431S, C478S NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 4 PGW (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate × 4 K POTASSIUM ION × 20 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25-28% PEG 400, 50mM Tris-HCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.90 Å R-free 0.247
3LNM F233W mutant of the Kv2.1 paddle-Kv1.2 chimera channel 提交 2010-02-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 B 274–305（32 aa）
突变：C31S, C32S, N207Q, F233W, C431S, C478S NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 4 PGW (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate × 48 K POTASSIUM ION × 20 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25-28% PEG 400, 50mM Tris-HCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.90 Å R-free 0.247
4JTA Crystal structure of Kv1.2-2.1 paddle chimera channel in complex with Charybdotoxin 提交 2013-03-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 B 274–306（33 aa）
未记录 NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 4 K POTASSIUM ION × 12 PGW (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate × 64 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.9；293 K；PEG 400, POTASSIUM CHLORIDE, TRIS , pH 8.9, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K
分辨率 2.50 Å R-free 0.236
4JTA Crystal structure of Kv1.2-2.1 paddle chimera channel in complex with Charybdotoxin 提交 2013-03-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 Q 274–306（33 aa）
未记录 NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 4 K POTASSIUM ION × 12 PGW (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.9；293 K；PEG 400, POTASSIUM CHLORIDE, TRIS , pH 8.9, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K
分辨率 2.50 Å R-free 0.236
4JTC Crystal structure of Kv1.2-2.1 paddle chimera channel in complex with Charybdotoxin in Cs+ 提交 2013-03-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 B 274–306（33 aa）
未记录 NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 4 CS CESIUM ION × 16 PGW (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate × 64 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.9；293 K；PEG 400, Cesium CHLORIDE, TRIS BUFFER, pH 8.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.56 Å R-free 0.262
4JTC Crystal structure of Kv1.2-2.1 paddle chimera channel in complex with Charybdotoxin in Cs+ 提交 2013-03-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 H 274–306（33 aa）
未记录 NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 4 CS CESIUM ION × 16 PGW (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.9；293 K；PEG 400, Cesium CHLORIDE, TRIS BUFFER, pH 8.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.56 Å R-free 0.262
4JTD Crystal structure of Kv1.2-2.1 paddle chimera channel in complex with Lys27Met mutant of Charybdotoxin 提交 2013-03-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 B 274–306（33 aa）
未记录 NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 4 K POTASSIUM ION × 16 PGW (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate × 64 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.9；293 K；PEG 400, POTASSIUM CHLORIDE, TRIS , pH 8.9, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K
分辨率 2.54 Å R-free 0.235
4JTD Crystal structure of Kv1.2-2.1 paddle chimera channel in complex with Lys27Met mutant of Charybdotoxin 提交 2013-03-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 H 274–306（33 aa）
未记录 NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 4 K POTASSIUM ION × 16 PGW (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.9；293 K；PEG 400, POTASSIUM CHLORIDE, TRIS , pH 8.9, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K
分辨率 2.54 Å R-free 0.235
8SD3 CryoEM structure of rat Kv2.1(1-598) wild type in nanodiscs 提交 2023-04-06 突变/修饰不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 5–602（598 aa）
链 B 5–602（598 aa）
链 C 5–602（598 aa）
链 D 5–602（598 aa）
未记录 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 24 K POTASSIUM ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.95 Å

共 5 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 KCNB1_RAT
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 3–600； UniProt 5–602 作者链 B； PDB构建体 3–600； UniProt 5–602 作者链 C； PDB构建体 3–600； UniProt 5–602 作者链 D； PDB构建体 3–600； UniProt 5–602

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8sda

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8sda
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8sda
沉积日期 deposition_date2023-04-06
结构标题 titleCryoEM structure of rat Kv2.1(1-598) L403A mutant in nanodiscs
关键词 keywordsvoltage-dependent potassium channel, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier32.29 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron31.24 Å
零角强度 I(0) i0133201000.00
分子量 molecular_weight105200.0 kDa
排除体积 excluded_volume137330 ų
包络体积 envelope_volume173400 ų
水化壳体积 shell_volume45258 ų
包络直径 envelope_diameter101.9 Å
壳层 Rg shell_rg39.07 Å
包络 Rg envelope_rg31.45 Å
形状 Rg shape_rg31.30 Å
总 Rg total_rg31.78 Å
总原子数 total_atoms7414
残基数 n_residues939
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax100.1 Å
Rg (实空间) rg_real32.08 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.59 Å
I(0) (实空间) i0_real1.3320e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.8270e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal32.17 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal133200000.0000
解质量估计 total_estimate0.8885
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary45.0 Å
偏度 Skewness skewness0.126
峰度 Kurtosis kurtosis-0.368
角度范围 angular_range— – 0.2450 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha18810000.0000
实空间数据点数 n_real_points50
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.879; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.982; Smooth: 0.928
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)