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8so3

CryoEM structure of a therapeutic antibody (favezelimab) bound to human LAG3

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 123.1 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Lymphocyte activation gene 3 protein

Homo sapiens

UniProt P18627

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白拷贝数一致 链 D； UniProt 1–525 链 X； UniProt 1–525 未记录 favezelimab Fab heavy chain × 2 favezelimab Fab light chain × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.61 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8SO3 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
7TZG Structure of human LAG3 in complex with antibody single-chain variable fragment 提交 2022-02-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 23–430（408 aa） 片段：ectodomain
链 D 23–430（408 aa） 片段：ectodomain
突变：M171I 突变：M171I NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；1% Tacsimate at pH 5.0, 0.05 M sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6 and 7% PEG3350
分辨率 3.71 Å R-free 0.275
7TZH Structure of human LAG3 domains 3-4 in complex with antibody single chain-variable fragment 提交 2022-02-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 261–450（190 aa） 片段：ectodomain
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293.15 K；0.1 M HEPES pH 7.1, 13% PEG20000
分辨率 2.43 Å R-free 0.255
7TZH Structure of human LAG3 domains 3-4 in complex with antibody single chain-variable fragment 提交 2022-02-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 261–450（190 aa） 片段：ectodomain
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293.15 K；0.1 M HEPES pH 7.1, 13% PEG20000
分辨率 2.43 Å R-free 0.255
7UM3 Crystal structure of a Fab in complex with a peptide derived from the LAG-3 D1 domain loop insertion 提交 2022-04-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 82–97（16 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, 25% PEG3350
分辨率 2.40 Å R-free 0.265
7UM3 Crystal structure of a Fab in complex with a peptide derived from the LAG-3 D1 domain loop insertion 提交 2022-04-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 82–97（16 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, 25% PEG3350
分辨率 2.40 Å R-free 0.265
8SR0 CryoEM structure of a therapeutic antibody (favezelimab) bound to human LAG3 local refined 提交 2023-05-05 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 D 1–525（525 aa）
链 X 1–525（525 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.53 Å
9BF9 Human LAG-3-HLA-DR1 complex 提交 2024-04-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：tetrameric
链 D 23–429（407 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 6 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；22% PEG 8000, 0.16M Li2SO4, 0.1M HEPES pH 7.6
分辨率 3.40 Å R-free 0.253

共 5 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 LAG3_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 D； PDB构建体 1–525； UniProt 1–525 作者链 X； PDB构建体 1–525； UniProt 1–525

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8so3

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8so3
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8so3
沉积日期 deposition_date2023-04-28
结构标题 titleCryoEM structure of a therapeutic antibody (favezelimab) bound to human LAG3
关键词 keywordsLymphocyte activation gene 3 protein, favezelimab-LAG3 complex, cryoEM, Single particle reconstruction., IMMUNOSUPPRESSANT; IMMUNOSUPPRESSANT
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier39.70 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron39.00 Å
零角强度 I(0) i0251571000.00
分子量 molecular_weight124240.0 kDa
排除体积 excluded_volume153670 ų
包络体积 envelope_volume242300 ų
水化壳体积 shell_volume51907 ų
包络直径 envelope_diameter125.4 Å
壳层 Rg shell_rg45.34 Å
包络 Rg envelope_rg37.15 Å
形状 Rg shape_rg39.01 Å
总 Rg total_rg39.40 Å
总原子数 total_atoms16770
残基数 n_residues1205
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax123.1 Å
Rg (实空间) rg_real39.42 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.06 Å
I(0) (实空间) i0_real2.5160e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.0170e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal39.60 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal251600000.0000
解质量估计 total_estimate0.8650
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary58.5 Å
偏度 Skewness skewness0.019
峰度 Kurtosis kurtosis-0.444
角度范围 angular_range— – 0.2000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha24210000.0000
实空间数据点数 n_real_points41
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.809; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.993; Smooth: 0.822
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)