8spe

Crystal structure of Bax core domain BH3-groove dimer - tetrameric fraction P31

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 165.9 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Apoptosis regulator BAX

Homo sapiens

UniProt Q07812

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 53–128 链 B; UniProt 53–128 链 C; UniProt 53–128 链 D; UniProt 53–128 未记录 ZN ZINC ION × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION;293 K;0.1 M NaMES pH 5.6, 27% PEG MME550, 0.01 M Zinc sulfate 分辨率 2.30 Å R-free 0.256
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 Q; UniProt 53–128 链 R; UniProt 53–128 链 S; UniProt 53–128 链 T; UniProt 53–128 未记录 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION;293 K;0.1 M NaMES pH 5.6, 27% PEG MME550, 0.01 M Zinc sulfate 分辨率 2.30 Å R-free 0.256
3 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 53–128 链 H; UniProt 53–128 链 U; UniProt 53–128 链 V; UniProt 53–128 未记录 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION;293 K;0.1 M NaMES pH 5.6, 27% PEG MME550, 0.01 M Zinc sulfate 分辨率 2.30 Å R-free 0.256
4 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 53–128 链 F; UniProt 53–128 链 I; UniProt 53–128 链 J; UniProt 53–128 未记录 ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION;293 K;0.1 M NaMES pH 5.6, 27% PEG MME550, 0.01 M Zinc sulfate 分辨率 2.30 Å R-free 0.256
5 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 K; UniProt 53–128 链 L; UniProt 53–128 链 M; UniProt 53–128 链 N; UniProt 53–128 未记录 ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION;293 K;0.1 M NaMES pH 5.6, 27% PEG MME550, 0.01 M Zinc sulfate 分辨率 2.30 Å R-free 0.256
6 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 O; UniProt 53–128 链 P; UniProt 53–128 链 W; UniProt 53–128 链 X; UniProt 53–128 未记录 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION;293 K;0.1 M NaMES pH 5.6, 27% PEG MME550, 0.01 M Zinc sulfate 分辨率 2.30 Å R-free 0.256
7 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 Y; UniProt 53–128 链 Z; UniProt 53–128 链 a; UniProt 53–128 链 b; UniProt 53–128 未记录 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION;293 K;0.1 M NaMES pH 5.6, 27% PEG MME550, 0.01 M Zinc sulfate 分辨率 2.30 Å R-free 0.256
8 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 c; UniProt 53–128 链 d; UniProt 53–128 链 e; UniProt 53–128 链 f; UniProt 53–128 未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION;293 K;0.1 M NaMES pH 5.6, 27% PEG MME550, 0.01 M Zinc sulfate 分辨率 2.30 Å R-free 0.256
9 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 g; UniProt 53–128 链 h; UniProt 53–128 链 i; UniProt 53–128 链 j; UniProt 53–128 未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION;293 K;0.1 M NaMES pH 5.6, 27% PEG MME550, 0.01 M Zinc sulfate 分辨率 2.30 Å R-free 0.256

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 35 个其他 PDB 条目、53 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 BAX_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 6–81; UniProt 53–128 作者链 B; PDB构建体 6–81; UniProt 53–128 作者链 C; PDB构建体 6–81; UniProt 53–128 作者链 D; PDB构建体 6–81; UniProt 53–128 作者链 E; PDB构建体 6–81; UniProt 53–128 作者链 F; PDB构建体 6–81; UniProt 53–128 作者链 G; PDB构建体 6–81; UniProt 53–128 作者链 H; PDB构建体 6–81; UniProt 53–128 作者链 I; PDB构建体 6–81; UniProt 53–128 作者链 J; PDB构建体 6–81; UniProt 53–128 作者链 K; PDB构建体 6–81; UniProt 53–128 作者链 L; PDB构建体 6–81; UniProt 53–128 作者链 M; PDB构建体 6–81; UniProt 53–128 作者链 N; PDB构建体 6–81; UniProt 53–128 作者链 O; PDB构建体 6–81; UniProt 53–128 作者链 P; PDB构建体 6–81; UniProt 53–128 作者链 Q; PDB构建体 6–81; UniProt 53–128 作者链 R; PDB构建体 6–81; UniProt 53–128 作者链 S; PDB构建体 6–81; UniProt 53–128 作者链 T; PDB构建体 6–81; UniProt 53–128 作者链 U; PDB构建体 6–81; UniProt 53–128 作者链 V; PDB构建体 6–81; UniProt 53–128 作者链 W; PDB构建体 6–81; UniProt 53–128 作者链 X; PDB构建体 6–81; UniProt 53–128 作者链 Y; PDB构建体 6–81; UniProt 53–128 作者链 Z; PDB构建体 6–81; UniProt 53–128 作者链 a; PDB构建体 6–81; UniProt 53–128 作者链 b; PDB构建体 6–81; UniProt 53–128 作者链 c; PDB构建体 6–81; UniProt 53–128 作者链 d; PDB构建体 6–81; UniProt 53–128 作者链 e; PDB构建体 6–81; UniProt 53–128 作者链 f; PDB构建体 6–81; UniProt 53–128 作者链 g; PDB构建体 6–81; UniProt 53–128 作者链 h; PDB构建体 6–81; UniProt 53–128 作者链 i; PDB构建体 6–81; UniProt 53–128 作者链 j; PDB构建体 6–81; UniProt 53–128

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8spe

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8spe
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8spe
沉积日期 deposition_date2023-05-03
结构标题 titleCrystal structure of Bax core domain BH3-groove dimer - tetrameric fraction P31
关键词 keywordsBAX, BCL2, APOPTOSIS; APOPTOSIS
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier49.32
回转半径 Rg (电子) rg_electron49.05
零角强度 I(0) i01016360000.00
分子量 molecular_weight269260.0 kDa
排除体积 excluded_volume338740 ų
包络体积 envelope_volume477550 ų
水化壳体积 shell_volume82965 ų
包络直径 envelope_diameter178.6
壳层 Rg shell_rg51.64
包络 Rg envelope_rg48.35
形状 Rg shape_rg49.02
总 Rg total_rg49.22
总原子数 total_atoms18947
残基数 n_residues2452
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax165.9
Rg (实空间) rg_real49.38
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.87
I(0) (实空间) i0_real1.0160e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.1010e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal49.32
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1016000000.0000
解质量估计 total_estimate0.6392
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary62.2
偏度 Skewness skewness0.427
峰度 Kurtosis kurtosis0.015
角度范围 angular_range— – 0.1600 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha84190000.0000
实空间数据点数 n_real_points33
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.769; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.087; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.737

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)