8ssu

ZnFs 3-11 of CCCTC-binding factor (CTCF) Complexed with 19mer DNA

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 148.3 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8ssu
沉积日期 deposition_date	2023-05-08
结构标题 title	ZnFs 3-11 of CCCTC-binding factor (CTCF) Complexed with 19mer DNA
关键词 keywords	;PROTEIN-DNA COMPLEX, DNA BINDING PROTEIN, transcription factor, zinc fingers, insulator/chromatin architecture, transcription-dna complex, TRANSCRIPTION ;; TRANSCRIPTION/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	33.25 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	37.33 Å
零角强度 I(0) i0	40056100.00
分子量 molecular_weight	39252.0 kDa
排除体积 excluded_volume	44525 Å³
包络体积 envelope_volume	69164 Å³
水化壳体积 shell_volume	20221 Å³
包络直径 envelope_diameter	154.1 Å
壳层 Rg shell_rg	32.47 Å
包络 Rg envelope_rg	39.54 Å
形状 Rg shape_rg	37.43 Å
总 Rg total_rg	36.72 Å
总原子数 total_atoms	2672
残基数 n_residues	271
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	148.3 Å
Rg (实空间) rg_real	35.27 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.95 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.0060e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.1280e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	34.39 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	40020000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6181
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	21.6 Å
偏度 Skewness skewness	1.080
峰度 Kurtosis kurtosis	0.533
角度范围 angular_range	— – 0.2400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1973000.0000
实空间数据点数 n_real_points	49
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.019; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.000; Smooth: 0.975

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Transcriptional repressor CTCF,LIM domain-binding protein 1
分子量 formula_weight	40142.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2711

RPHKCPDCDMAFVTSGELVRHRRYKHTHEKPFKCSMCDYASVEVSKLKRHIRSHTGERPFQCSLCSYASRDTYKLKRHMRTHSGEKPYECYICHARFTQSGTMKMHILQKHTENVAKFHCPHCDTVIARKSDLGVHLRKQHSYIEQGKKCRYCDAVFHERYALIQHQKSHKNEKRFKCDQCDYACRQERHMIMHKRTHTGEKPYACSHCDKTFRQKQLLDMHFKRYHDPNFVPAAFVCSKCGKTFTRRNTMARHADNCAGPDGGSGGHMGSGGLVPRGSGGTRCGLSNSTLNYLRLCVILEPMQELMSRHKTYSLSPRDCLKTCLFQKWQRMVAPPAEPTRQQPS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	DNA (19-MER) Strand I
分子量 formula_weight	5724.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	B

TGCGCCCCCTGCTGGTCCT

Entity 3 polymer

描述 description	DNA (19-MER) Strand II
分子量 formula_weight	5929.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C

AGGACCAGCAGGGGGCGCA

Entity 4 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	80.464 Å
晶胞边长 b length_b	80.464 Å
晶胞边长 c length_c	187.598 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 32 2 1
空间群编号 int_tables_number	154
晶系 crystal_system	trigonal

分辨率 resolution	2.890 Å
最低分辨率 resolution_low	39.340 Å
R 因子 r_factor	0.2018
R_work r_work	0.1998
R_free r_free	0.2403

fit	/app/data/saxs_computation/ss/8ssu/8ssu.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ss/8ssu/8ssu.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ss/8ssu/8ssu.dat

ZnFs 3-11 of CCCTC-binding factor (CTCF) Complexed with 19mer DNA

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)