8szz

CryoEM Structure of Computationally Designed Nanocage O32-ZL4

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 189.4 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8szz
沉积日期 deposition_date	2023-05-30
结构标题 title	CryoEM Structure of Computationally Designed Nanocage O32-ZL4
关键词 keywords	O32-ZL4, DE NOVO PROTEIN; DE NOVO PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	77.42 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	76.56 Å
零角强度 I(0) i0	5671090000.00
分子量 molecular_weight	695510.0 kDa
排除体积 excluded_volume	894110 Å³
包络体积 envelope_volume	1554200 Å³
水化壳体积 shell_volume	163940 Å³
包络直径 envelope_diameter	204.5 Å
壳层 Rg shell_rg	86.83 Å
包络 Rg envelope_rg	70.04 Å
形状 Rg shape_rg	76.59 Å
总 Rg total_rg	76.57 Å
总原子数 total_atoms	48815
残基数 n_residues	6504
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	189.4 Å
Rg (实空间) rg_real	76.76 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.39 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.6680e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.9960e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	79.55 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	5704000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8342
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	113.7 Å
偏度 Skewness skewness	-0.312
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.489
角度范围 angular_range	— – 0.1000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0104
最高正则化参数 α highest_alpha	496400000.0000
实空间数据点数 n_real_points	21
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.954; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.978; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	O32-ZL4 Component A
分子量 formula_weight	8766.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	24

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	0,1,2,3,P,Q,R,S,T,V,W,X,o,p,q,r,s,t,u,v,w,x,y,z
原子数 atom_count	48815

MTDELLRLAKEQAELLKEIKILVELIAMLVKVIQKDPSDEALKALAELVRKLKELVEDMERSMKEQLYIIKGSWSG

Entity 2 polymer

描述 description	O32-ZL4 Component B
分子量 formula_weight	23170.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	24

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,J,K,L,M,N,O,U,Y,Z,a,b,c,d,e,f,g,h,i,j,k,l,m,n

MKMEELFKKHKIVAVLRANDAQEAREKALAVFEGGVHLIEITFTVPNAAAVILLLSFLKEKGAIIGAGTVTSEEQCALAVLSGAEFIVSPHLDEEISQFCKEKGVFYMPGVMTPTELVKAMKLGHTILKLFPGEVVGPQFVKAMKGPFPNVKFVPTGGVNLDNVCEWFKAGVLAVGVGSALVKGTPDEVREKAKAFVEKIRGCTELEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Thermotoga maritima
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2336
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	24

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	2.90 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	674044

fit	/app/data/saxs_computation/sz/8szz/8szz.fit
pddf	/app/data/pr_computation/sz/8szz/8szz.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/sz/8szz/8szz.dat

CryoEM Structure of Computationally Designed Nanocage O32-ZL4

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)