SAXSdb — 8t5s

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8t5s
沉积日期 deposition_date	2023-06-14
结构标题 title	Cryo-EM structure of DRH-1 helicase and C-terminal domain bound to dsRNA
关键词 keywords	helicase, RLR, RIG-I-like Receptor, ATPase, dsRNA, ANTIVIRAL PROTEIN-RNA complex; ANTIVIRAL PROTEIN/RNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.82 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.99 Å
零角强度 I(0) i0	208821000.00
分子量 molecular_weight	98380.0 kDa
排除体积 excluded_volume	116380 Å³
包络体积 envelope_volume	158710 Å³
水化壳体积 shell_volume	44114 Å³
包络直径 envelope_diameter	97.0 Å
壳层 Rg shell_rg	37.55 Å
包络 Rg envelope_rg	28.67 Å
形状 Rg shape_rg	29.00 Å
总 Rg total_rg	29.68 Å
总原子数 total_atoms	6799
残基数 n_residues	753
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	92.5 Å
Rg (实空间) rg_real	29.64 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.52 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.0880e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.9330e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.72 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	208800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8988
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	38.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.125
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.466
角度范围 angular_range	— – 0.2650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	25640000.0000
实空间数据点数 n_real_points	54
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.910; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.978; Smooth: 0.972

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Dicer-related helicase
分子量 formula_weight	125155.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6799

MASWSHPQFEKGGGARGGSGGGSWSHPQFEKGFDYKDDDDKGTRSPLEVLFQGPMRKKQCSSILSLYDKEIILCLEPIYRDPEKGDGFSELLPLGRIDELKIQSENAQEFSKQLYHDLKNSILSNADDERLYKDIMTYLQTYLPKCTVHKLLNCSNREVKLSDFHYILDHFEGFLRFIEPKVVLAYLDSYPQYIDAVAVLRKEIERNEEDNQDSDFIKKLILRTVPLLGEQAVYDIMYTISEKSSNNLDVEAKQFIAKVLRLKNDGFLRFYQIINASRRQLNGRIYICPVHESATEMMVYLGTAALNTNRYRMINIRVDNIVQENSTPRLVIESVRQRIHRQRQLCLRNYQEELCQVALQGKNTIVTAPTGSGKTVIAANIIKEHFESRSSEGKRFKALFMTPNSMILNQQAASISSYLDHVYHTQIIQGSDNVPTRNVIQSKDLIVATPQMIVNLCNEHRNSLDDESRLDQFFLSTFTIIFFDECHNTVKNSPYSNIMREYHYLKNMGNMPEGHSLPQIIGLTASLGTGDKNDCLQVRNYIAGLCASMDVKDLSIVKDNLEELRGYSPIVPDKVLLCERSTDGPIGMFTNRLTLMMQEVEGLIRTALRNEHIGIEQRRQIETTERDFRPDSSFLDPPADKEHAGYQNWVCNQMNLVSGTSFRETGTRTIINEALDVLKECFCTLSYNINFHPEVALNYLKDEMEYRTPNFTVNMIRIWERYHNQLVGTGSAENPMISKTVQYIVEQNLQRADSRTIIFVRTRYEATILNKVLNSNEELLMLGIKSEWMSGLNKSTASSADISASKQKQMEKLKMFADGEIRILVSTSVAEEGLDVPECSLVIKYNYATNEIAHVQRRGRGRALNSECVLITNSIALRDQESNNRDKESLMSETISLIQNSPAEFRKCVDEESNKIWPRILREDTDKAQKIEEQINRNIVYKIICKKCEAILCTSKDIRSRNTQYLVCDPGFWSLVRKTRLTDEQQALIKYNATGSINCRRENCGLKLGQLIEVNTVDLPCLSALSIVLLVEGTDKRIIVKKWKNILDKYFTPTEIRQLDVQTMRDADQARTPMVFEHHANGEVVNLIREA

来源 Source

来源生物 organism	Caenorhabditis elegans
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	6239
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 2 polymer

描述 description	RNA (30-MER)
分子量 formula_weight	9140.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	C

UUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUU

Entity 3 polymer

描述 description	RNA (30-MER)
分子量 formula_weight	9831.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	B

AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA

Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	2.90 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	362869

fit	/app/data/saxs_computation/t5/8t5s/8t5s.fit
pddf	/app/data/pr_computation/t5/8t5s/8t5s.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/t5/8t5s/8t5s.dat

Cryo-EM structure of DRH-1 helicase and C-terminal domain bound to dsRNA

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)