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8tec

Crystal structure of Kindlin2 in complex with acylated beta1 integrin peptide

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 110.2 Å Quality: EXCELLENT
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Fermitin family homolog 2

Mus musculus

UniProt Q8CIB5

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–336 链 A； UniProt 513–680 链 B； UniProt 1–336 链 B； UniProt 513–680 片段：UNP residues 1-336,513-680 Integrin beta-1 × 1 （P09055） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；0.1 M Tris, pH 8.5, 10% isopropanal 分辨率 2.04 Å R-free 0.230

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8TEC Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
5XPY Structural basis of kindlin-mediated integrin recognition and activation 提交 2017-06-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 15–680（666 aa） 片段：UNP residues 15-680
突变：168-217 deletion, 367-512 deletion ACT ACETATE ION × 5 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；289 K；0.1 M Tris pH 8.5, 4.0 M Ammonium acetate
分辨率 2.10 Å R-free 0.196
5XPZ Structural basis of kindlin-mediated integrin recognition and activation 提交 2017-06-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–680（680 aa）
链 B 1–680（680 aa）
突变：168-217 deletion, 337-512 deletion 突变：168-217 deletion, 337-512 deletion GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；289 K；0.2 M potassium chloride, 0.05 M HEPES pH 7.5, 35% v/v pentaerythritol propoxylate
分辨率 2.60 Å R-free 0.283
5XQ0 Structural basis of kindlin-mediated integrin recognition and activation 提交 2017-06-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–680（680 aa） 片段：UNP residues 784-798
链 B 1–680（680 aa） 片段：UNP residues 784-798
突变：168-217 deletion, 337-512 deletion 突变：168-217 deletion, 337-512 deletion GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；289 K；0.2 M potassium chloride, 0.05 M HEPES pH 7.5, 35% v/v pentaerythritol propoxylate
分辨率 2.75 Å R-free 0.284
5XQ1 Structural basis of kindlin-mediated integrin recognition and activation 提交 2017-06-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–680（680 aa） 片段：UNP residues 773-787
链 B 1–680（680 aa） 片段：UNP residues 773-787
突变：168-217 deletion, 337-512 deletion 突变：168-217 deletion, 337-512 deletion 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；289 K；0.2 M potassium chloride, 0.05 M HEPES pH 7.5, 35% v/v pentaerythritol propoxylate
分辨率 2.95 Å R-free 0.260
8TEE Crystal structure of Kindlin2 in complex with K794Q mutated beta1 integrin 提交 2023-07-06 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–336（336 aa） 片段：UNP residues 1-336,513-680
链 A 513–680（168 aa） 片段：UNP residues 1-336,513-680
链 B 1–336（336 aa） 片段：UNP residues 1-336,513-680
链 B 513–680（168 aa） 片段：UNP residues 1-336,513-680
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.1 M Tris, pH 8.5, 10% isopropanal
分辨率 2.49 Å R-free 0.275

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FERM2_MOUSE
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 30–365； UniProt 1–336 作者链 A； PDB构建体 366–533； UniProt 513–680 作者链 B； PDB构建体 30–365； UniProt 1–336 作者链 B； PDB构建体 366–533； UniProt 513–680

Integrin beta-1

物种未注明

UniProt P09055

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 784–798 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） Fermitin family homolog 2 × 2 （Q8CIB5） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；0.1 M Tris, pH 8.5, 10% isopropanal 分辨率 2.04 Å R-free 0.230

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8TEC Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
5XQ0 Structural basis of kindlin-mediated integrin recognition and activation 提交 2017-06-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 784–798（15 aa） 片段：UNP residues 784-798
链 B 784–798（15 aa） 片段：UNP residues 784-798
突变：168-217 deletion, 337-512 deletion 突变：168-217 deletion, 337-512 deletion GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；289 K；0.2 M potassium chloride, 0.05 M HEPES pH 7.5, 35% v/v pentaerythritol propoxylate
分辨率 2.75 Å R-free 0.284
8TEE Crystal structure of Kindlin2 in complex with K794Q mutated beta1 integrin 提交 2023-07-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 784–798（15 aa）
链 D 784–798（15 aa）
突变：K794Q 突变：K794Q 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.1 M Tris, pH 8.5, 10% isopropanal
分辨率 2.49 Å R-free 0.275

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ITB1_MOUSE
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C； PDB构建体 1–15； UniProt 784–798

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8tec

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8tec
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8tec
沉积日期 deposition_date2023-07-06
结构标题 titleCrystal structure of Kindlin2 in complex with acylated beta1 integrin peptide
关键词 keywordskindlin, integrin, acylation, CELL ADHESION; CELL ADHESION
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier34.66 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron33.83 Å
零角强度 I(0) i0138652000.00
分子量 molecular_weight96412.0 kDa
排除体积 excluded_volume121480 ų
包络体积 envelope_volume167180 ų
水化壳体积 shell_volume41013 ų
包络直径 envelope_diameter112.9 Å
壳层 Rg shell_rg40.75 Å
包络 Rg envelope_rg33.40 Å
形状 Rg shape_rg33.78 Å
总 Rg total_rg34.55 Å
总原子数 total_atoms6797
残基数 n_residues878
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax110.2 Å
Rg (实空间) rg_real34.55 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.83 Å
I(0) (实空间) i0_real1.3870e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.1670e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal34.62 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal138700000.0000
解质量估计 total_estimate0.9066
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary40.7 Å
偏度 Skewness skewness0.146
峰度 Kurtosis kurtosis-0.641
角度范围 angular_range— – 0.2300 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha19050000.0000
实空间数据点数 n_real_points47
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.948; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.937
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)