8tkl

Murine NF-kappaB p50 Rel Homology Region homodimer in complex with a Test 16-mer kappaB-like DNA

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 100.1 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8tkl
沉积日期 deposition_date	2023-07-25
结构标题 title	Murine NF-kappaB p50 Rel Homology Region homodimer in complex with a Test 16-mer kappaB-like DNA
关键词 keywords	DNA, NF-kappaB, p50, TRANSCRIPTION, TRANSCRIPTION-DNA complex; TRANSCRIPTION/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.02 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.51 Å
零角强度 I(0) i0	119539000.00
分子量 molecular_weight	80134.0 kDa
排除体积 excluded_volume	97463 Å³
包络体积 envelope_volume	129210 Å³
水化壳体积 shell_volume	35443 Å³
包络直径 envelope_diameter	106.8 Å
壳层 Rg shell_rg	36.75 Å
包络 Rg envelope_rg	31.74 Å
形状 Rg shape_rg	31.54 Å
总 Rg total_rg	31.82 Å
总原子数 total_atoms	5597
残基数 n_residues	658
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	100.1 Å
Rg (实空间) rg_real	31.07 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.83 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1950e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.8740e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.05 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	119500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8892
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	35.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.368
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.343
角度范围 angular_range	— – 0.2550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	14730000.0000
实空间数据点数 n_real_points	52
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.926; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.971; Smooth: 0.807

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Nuclear factor NF-kappa-B p50 subunit
分子量 formula_weight	34924.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	5597

GPYLQILEQPKQRGFRFRYVCEGPSHGGLPGASSEKNKKSYPQVKICNYVGPAKVIVQLVTNGKNIHLHAHSLVGKHCEDGVCTVTAGPKDMVVGFANLGILHVTKKKVFETLEARMTEACIRGYNPGLLVHSDLAYLQAEGGGDRQLTDREKEIIRQAAVQQTKEMDLSVVRLMFTAFLPDSTGSFTRRLEPVVSDAIYDSKAPNASNLKIVRMDRTAGCVTGGEEIYLLCDKVQKDDIQIRFYEEEENGGVWEGFGDFSPTDVHRQFAIVFKTPKYKDVNITKPASVFVQLRRKSDLETSEPKPFLYYPE

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	Test 17-mer kappaB-like DNA
分子量 formula_weight	5163.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C

TCAGGGGAATTCCCCTC

Entity 3 polymer

描述 description	Test 17-mer kappaB-like DNA
分子量 formula_weight	5252.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D

AGAGGGGAATTCCCCTG

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	47.152 Å
晶胞边长 b length_b	146.452 Å
晶胞边长 c length_c	67.688 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	98.62 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	3.000 Å
最低分辨率 resolution_low	73.230 Å
R 因子 r_factor	0.2276
R_work r_work	0.2247
R_free r_free	0.2843

fit	/app/data/saxs_computation/tk/8tkl/8tkl.fit
pddf	/app/data/pr_computation/tk/8tkl/8tkl.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/tk/8tkl/8tkl.dat

Murine NF-kappaB p50 Rel Homology Region homodimer in complex with a Test 16-mer kappaB-like DNA

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)