8tuw

Type IV pilus from Pseudomonas PAO1 strain with PP7 Maturation protein

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 218.2 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8tuw
沉积日期 deposition_date	2023-08-17
结构标题 title	Type IV pilus from Pseudomonas PAO1 strain with PP7 Maturation protein
关键词 keywords	Type IV pilus, T4P, PAO1, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	61.09 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	62.79 Å
零角强度 I(0) i0	1161730000.00
分子量 molecular_weight	288560.0 kDa
排除体积 excluded_volume	363490 Å³
包络体积 envelope_volume	535980 Å³
水化壳体积 shell_volume	80762 Å³
包络直径 envelope_diameter	245.8 Å
壳层 Rg shell_rg	52.94 Å
包络 Rg envelope_rg	63.76 Å
形状 Rg shape_rg	62.78 Å
总 Rg total_rg	62.50 Å
总原子数 total_atoms	40791
残基数 n_residues	2736
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	218.2 Å
Rg (实空间) rg_real	61.89 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.14 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1620e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.5320e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	60.34 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1159000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7771
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	50.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.556
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.388
角度范围 angular_range	— – 0.1300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0005
最高正则化参数 α highest_alpha	277800000.0000
实空间数据点数 n_real_points	27
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.559; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.864; Smooth: 0.557

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

描述 description	Maturation protein A
分子量 formula_weight	50763.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M1
原子数 atom_count	40791

LEEHYYSRKTCGSGGGLSVQRTGYPQTDPPVFKAVNSFERAPLIVGDHVHSLPYWSRKITLECTPYPFTLRWEGGVHKDGIPDKVPHPSCDPGSELVSYTHSREVDCERFIGPVPSSFTDPKVTSAQWKFLEDMADMKALADLNKSLVNLPMLYKERRETLKMVGNRLGGLVRVAHAAQDRDLKRYFKARRKDRRKVAEEVANGHLELIFGWLPLIGELEGAIEYAELPDLDFIRCHGLHTLVLQSTPWDNSVDVRSYPNWERAAGTRITGSVRTRGVVESRASVRTALRFNLETSLAGDARRLGFEPISTTYDMIPLSFVVGWFSNFDKYVRTLAPLIGVTFETGSQNRRTTCELVGCTRFYPRTVSPPSGWFARWKDFPDGSLSEVSGLRRTDIRSVLSTLPDPDVRFHADVGLFEISAGISLLAQRYLKPLQRLLKRKSFFYGRT

Entity 2 polymer

描述 description	Type IV major pilin protein PilA
分子量 formula_weight	14878.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	16

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	a2,b2,c2,d2,e2,f2,g2,h2,i2,j2,k2,l2,m2,n2,o2,p2

FTLIELMIVVAIIGILAAIAIPQYQNYVARSEGASALATINPLKTTVEESLSRGIAGSKIKIGTTASTATETYVGVEPDANKLGVIAVAIEDSGAGDITFTFQTGTSSPKNATKVITLNRTADGVWACKSTQDPMFTPKGCDN

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas aeruginosa PAO1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	208964
宿主生物 host_organism	Pseudomonas aeruginosa PAO1

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	7.90 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	40493

fit	/app/data/saxs_computation/tu/8tuw/8tuw.fit
pddf	/app/data/pr_computation/tu/8tuw/8tuw.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/tu/8tuw/8tuw.dat

Type IV pilus from Pseudomonas PAO1 strain with PP7 Maturation protein

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)