8u2e

;Bruton's tyrosine kinase in complex with N-[(2R)-1-[(3R)-3-(methylcarbamoyl)-1H,2H,3H,4H,9H-pyrido[3,4-b]indol-2-yl]-3-(3-methylphenyl)-1-oxopropan-2-yl]-1H-indazole-5-carboxamide ;

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 61.8 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8u2e
沉积日期 deposition_date	2023-09-05
结构标题 title	;Bruton's tyrosine kinase in complex with N-[(2R)-1-[(3R)-3-(methylcarbamoyl)-1H,2H,3H,4H,9H-pyrido[3,4-b]indol-2-yl]-3-(3-methylphenyl)-1-oxopropan-2-yl]-1H-indazole-5-carboxamide ;
关键词 keywords	protein degradation, leukemia, transferase; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	19.94 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	18.87 Å
零角强度 I(0) i0	17605400.00
分子量 molecular_weight	32021.0 kDa
排除体积 excluded_volume	40109 Å³
包络体积 envelope_volume	45769 Å³
水化壳体积 shell_volume	20142 Å³
包络直径 envelope_diameter	62.6 Å
壳层 Rg shell_rg	25.33 Å
包络 Rg envelope_rg	19.09 Å
形状 Rg shape_rg	18.87 Å
总 Rg total_rg	19.78 Å
总原子数 total_atoms	2240
残基数 n_residues	270
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	61.8 Å
Rg (实空间) rg_real	19.84 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.29 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.7610e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.1030e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	19.85 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	17610000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9022
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	24.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.230
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.389
角度范围 angular_range	— – 0.4000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	5235000.0000
实空间数据点数 n_real_points	72
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.913; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.986

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Tyrosine-protein kinase BTK
分子量 formula_weight	31511.2 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.10.2
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2475

GLGYGSWEIDPKDLTFLKELGTGQFGVVKYGKWRGQYDVAIKMIKEGSMSEDEFIEEAKVMMNLSHEKLVQLYGVCTKQRPIFIITEYMANGCLLNYLREMRHRFQTQQLLEMCKDVCEAMEYLESKQFLHRDLAARNCLVNDQGVVKVSDFGLSRYVLDDEYTSSVGSKFPVRWSPPEVLMYSKFSSKSDIWAFGVLMWEIYSLGKMPYERFTNSETAEHIAQGLRLYRPHLASEKVYTIMYSCWHEKADERPTFKILLSNILDVMDEE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 2 non-polymer

描述 description	;(2S)-6-fluoro-5-[(3S)-3-(3-methyl-2-oxoimidazolidin-1-yl)piperidin-1-yl]-2-(4-methylpiperazine-1-carbonyl)-2,3,4,9-tetrahydro-1H-carbazole-8-carboxamide ;
分子量 formula_weight	539.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	IODIDE ION
分子量 formula_weight	126.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	214

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	38.150 Å
晶胞边长 b length_b	77.960 Å
晶胞边长 c length_c	106.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	43.830 Å
R 因子 r_factor	0.1931
R_work r_work	0.1908
R_free r_free	0.2377

fit	/app/data/saxs_computation/u2/8u2e/8u2e.fit
pddf	/app/data/pr_computation/u2/8u2e/8u2e.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/u2/8u2e/8u2e.dat