8ubi

Cryo-EM structure of NRCAM nucleosome aided by scFv (Class_A)

Method: ELECTRON MICROSCOPY
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone H3

Homo sapiens

UniProt H2PI50

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 10 DNA 2 Histone H4 × 2 (A0A9J8D176) Histone H2A × 2 (L8IQP7) Histone H2B type 1-J × 2 (P06899) NRCAM DNA (162-MER) × 1 NRCAM DNA (162-MER) × 1 scFv × 2 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 H2PI50_PONAB
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–97; UniProt 38–134 作者链 E; PDB构建体 1–97; UniProt 38–134

Histone H4

Homo sapiens

UniProt A0A9J8D176

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 10 DNA 2 Histone H3 × 2 (H2PI50) Histone H2A × 2 (L8IQP7) Histone H2B type 1-J × 2 (P06899) NRCAM DNA (162-MER) × 1 NRCAM DNA (162-MER) × 1 scFv × 2 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A9J8D176_CYPCA
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–83; UniProt 10–92 作者链 F; PDB构建体 1–83; UniProt 10–92

Histone H2A

Homo sapiens

UniProt L8IQP7

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 10 DNA 2 Histone H3 × 2 (H2PI50) Histone H4 × 2 (A0A9J8D176) Histone H2B type 1-J × 2 (P06899) NRCAM DNA (162-MER) × 1 NRCAM DNA (162-MER) × 1 scFv × 2 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 L8IQP7_9CETA
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–109; UniProt 11–119 作者链 G; PDB构建体 1–109; UniProt 11–119

Histone H2B type 1-J

Homo sapiens

UniProt P06899

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 10 DNA 2 Histone H3 × 2 (H2PI50) Histone H4 × 2 (A0A9J8D176) Histone H2A × 2 (L8IQP7) NRCAM DNA (162-MER) × 1 NRCAM DNA (162-MER) × 1 scFv × 2 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 H2B1J_HUMAN
Isoform —
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 1–95; UniProt 31–125 作者链 H; PDB构建体 1–95; UniProt 31–125

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8ubi
沉积日期 deposition_date2023-09-23
结构标题 titleCryo-EM structure of NRCAM nucleosome aided by scFv (Class_A)
关键词 keywordsnucleosome, pioneer transcription factors, DNA binding proteins, transcription, NUCLEAR PROTEIN; NUCLEAR PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8ubi__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8ubi__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 108 109 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

8ubi__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)44.09 Å
Rg(电子密度)41.71 Å
总 Rg42.33 Å
原子数16288
残基数1546
排除体积268960 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 8ubi__assembly_1__model_1 dodecameric (12) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

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7. 引用文献 (1)