8udv

The X-RAY co-crystal structure of human FGFR3 V555M and Compound 17

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 116.4 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8udv
沉积日期 deposition_date	2023-09-29
结构标题 title	The X-RAY co-crystal structure of human FGFR3 V555M and Compound 17
关键词 keywords	;FGFR inhibitor, Covalent Drug, KIN-3248, alteration, mutation, structure-based drug design, kinase inhibitor, signaling, proliferation, TRANSFERASE, TRANSFERASE-INHIBITOR complex ;; TRANSFERASE/INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	34.59 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	34.28 Å
零角强度 I(0) i0	142257000.00
分子量 molecular_weight	95745.0 kDa
排除体积 excluded_volume	119970 Å³
包络体积 envelope_volume	158230 Å³
水化壳体积 shell_volume	40153 Å³
包络直径 envelope_diameter	115.4 Å
壳层 Rg shell_rg	39.40 Å
包络 Rg envelope_rg	33.88 Å
形状 Rg shape_rg	34.28 Å
总 Rg total_rg	34.67 Å
总原子数 total_atoms	13318
残基数 n_residues	829
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	116.4 Å
Rg (实空间) rg_real	34.76 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.87 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.4230e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.2790e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	34.66 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	142200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6355
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	35.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.460
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.383
角度范围 angular_range	— – 0.2300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0003
最高正则化参数 α highest_alpha	51870000.0000
实空间数据点数 n_real_points	47
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.838; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.931; Smooth: 0.813

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Fibroblast growth factor receptor 3
分子量 formula_weight	33774.1 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.10.1
突变 mutation	V555M and residues 572-585 (Uniprot numbering) replaced by Ser-Gly
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	13691

MSELELPADPKWELSRARLTLGKPLGEGCFGQVVMAEAIGIDKDRAAKPVTVAVKMLKDDATDKDLSDLVSEMEMMKMIGKHKNIINLLGACTQGGPLYVLMEYAAKGNLREFLRARRSGEEQLTFKDLVSCAYQVARGMEYLASQKCIHRDLAARNVLVTEDNVMKIADFGLARDVHNLDYYKKTTNGRLPVKWMAPEALFDRVYTHQSDVWSFGVLLWEIFTLGGSPYPGIPVEELFKLLKEGHRMDKPANCTHDLYMIMRECWHAAPSQRPTFKQLVEDLDRVLTVTSHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 2 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

Entity 3 non-polymer

描述 description	;3-[(6-chloro-1-cyclopropyl-1H-benzimidazol-5-yl)ethynyl]-1-[(3S,5S)-5-(methoxymethyl)-1-(prop-2-enoyl)pyrrolidin-3-yl]-5-(methylamino)-1H-pyrazole-4-carboxamide ;
分子量 formula_weight	524.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 4 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	373

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	170.664 Å
晶胞边长 b length_b	54.513 Å
晶胞边长 c length_c	128.718 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	120.22 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.348 Å
最低分辨率 resolution_low	34.740 Å
R 因子 r_factor	0.2374
R_work r_work	0.2362
R_free r_free	0.2612

fit	/app/data/saxs_computation/ud/8udv/8udv.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ud/8udv/8udv.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ud/8udv/8udv.dat

The X-RAY co-crystal structure of human FGFR3 V555M and Compound 17

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction