8uk3

The rotavirus VP5/VP8 conformational transition permeabilizes membranes to Ca2+ (class 6 reconstruction)

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 246.5 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8uk3
沉积日期 deposition_date	2023-10-12
结构标题 title	The rotavirus VP5/VP8 conformational transition permeabilizes membranes to Ca2+ (class 6 reconstruction)
关键词 keywords	;Non-enveloped virus, viral particle, entry, membrane-penetration, rotavirus, VP4, VP5, VP8, calcium, Ca2+, liposome, VIRAL PROTEIN ;; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	73.13 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	73.14 Å
零角强度 I(0) i0	5630790000.00
分子量 molecular_weight	639380.0 kDa
排除体积 excluded_volume	799940 Å³
包络体积 envelope_volume	1320500 Å³
水化壳体积 shell_volume	149000 Å³
包络直径 envelope_diameter	230.7 Å
壳层 Rg shell_rg	72.54 Å
包络 Rg envelope_rg	70.64 Å
形状 Rg shape_rg	73.10 Å
总 Rg total_rg	73.26 Å
总原子数 total_atoms	88254
残基数 n_residues	5617
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	246.5 Å
Rg (实空间) rg_real	73.01 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	3.01 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.6310e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2430e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	73.39 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	5634000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8601
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	93.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.146
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.614
角度范围 angular_range	— – 0.1050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	248600000.0000
实空间数据点数 n_real_points	22
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.898; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.980; Smooth: 0.502

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Outer capsid protein VP4
分子量 formula_weight	86655.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	1,2,3
原子数 atom_count	88254

MASLIYRQLLTNSYTVDLSDEIQEIGSTKTQNVTINLGPFAQTGYAPVNWGPGETNDSTTVEPVLDGPYQPTTFNPPVDYWMLLAPTAAGVVVEGTNNTDRWLATILVEPNVTSETRSYTLFGTQEQITIANASQTQWKFIDVVKTTQNGSYSQYGPLQSTPKLYAVMKHNGKIYTYNGETPNVTTKYYSTTNYDSVNMTAFCDFYIIPREEESTCTEYINNGLPPIQNTRNIVPLALSARNIISHRAQANEDIVVSKTSLWKEMQYNRDITIRFKFASSIVKSGGLGYKWSEISFKPANYQYTYTRDGEEVTAHTTCSVNGMNDFNFNGGSLPTDFVISRYEVIKENSYVYVDYWDDSQAFRNMVYVRSLAANLNSVICTGGDYSFALPVGQWPVMTGGAVSLHSAGVTLSTQFTDFVSLNSLRFRFRLTVEEPSFSITRTRVSRLYGLPAANPNNGKEYYEVAGRFSLISLVPSNDDYQTPITNSVTVRQDLERQLGELREEFNALSQEIAMSQLIDLALLPLDMFSMFSGIKSTIDAAKSMATSVMKKFKKSGLANSVSTLTDSLSDAASSISRGASIRSVGSSASAWTDVSTQITDVSSSVSSISTQTSTISRRLRLKEMATQTEGMNFDDISAAVLKTKIDRSTQISPNTLPDIVTEASEKFIPNRAYRVINNDEVFEAGTDGRFFAYRVETFDEIPFDVQKFADLVTDSPVISAIIDFKTLKNLNDNYGISRQQAFNLLRSDPRVLREFINQDNPIIRNRIEQLIMQCRL

来源 Source

来源生物 organism	Simian rotavirus A strain RRV
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	444185
宿主生物 host_organism	Chlorocebus aethiops

Entity 2 polymer

描述 description	Outer capsid glycoprotein VP7
分子量 formula_weight	37136.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	18

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	f,g,h,i,j,k,l,m,n,o,p,q,r,a,b,c,d,e

MYGIEYTTVLTFLISLILLNYILKSLTRMMDFIIYRFLFIVVILSPLLKAQNYGINLPITGSMDTAYANSTQEETFLTSTLCLYYPTEAATEINDNSWKDTLSQLFLTKGWPTGSVYFKEYTDIASFSVDPQLYCDYNVVLMKYDATLQLDMSELADLILNEWLCNPMDITLYYYQQTDEANKWISMGSSCTIKVCPLNTQTLGIGCLTTDTATFEEVATAEKLVITDVVDGVNHKLDVTTATCTIRNCKKLGPRENVAVIQVGGSDVLDITADPTTAPQTERMMRINWKKWWQVFYTVVDYVNQIIQAMSKRSRSLNSAAFYYRI

来源 Source

来源生物 organism	Simian rotavirus A strain RRV
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	444185
宿主生物 host_organism	Chlorocebus aethiops

Entity 3 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	18

Entity 4 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	54

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	8.00 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	70018

fit	/app/data/saxs_computation/uk/8uk3/8uk3.fit
pddf	/app/data/pr_computation/uk/8uk3/8uk3.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/uk/8uk3/8uk3.dat

The rotavirus VP5/VP8 conformational transition permeabilizes membranes to Ca2+ (class 6 reconstruction)

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

The rotavirus VP5*/VP8* conformational transition permeabilizes membranes to Ca2+ (class 6 reconstruction)

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

The rotavirus VP5/VP8 conformational transition permeabilizes membranes to Ca2+ (class 6 reconstruction)