SAXSdb — 8urq

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Meiotic recombination protein REC104

Saccharomyces cerevisiae S288C

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 4 DNA 1	Meiotic recombination protein REC102 × 1 （Q02721） Meiosis-specific protein SPO11 × 1 （P23179） Antiviral protein SKI8 × 1 （Q02793） gapped DNA × 1 MAGNESIUM ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RE104_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1–182； UniProt 1–182

Meiotic recombination protein REC102

Saccharomyces cerevisiae S288C

UniProt Q02721

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 4 DNA 1	Meiotic recombination protein REC104 × 1 （P33323） Meiosis-specific protein SPO11 × 1 （P23179） Antiviral protein SKI8 × 1 （Q02793） gapped DNA × 1 MAGNESIUM ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TO6BL_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–264； UniProt 1–264

Meiosis-specific protein SPO11

Saccharomyces cerevisiae S288C

UniProt P23179

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 4 DNA 1	Meiotic recombination protein REC104 × 1 （P33323） Meiotic recombination protein REC102 × 1 （Q02721） Antiviral protein SKI8 × 1 （Q02793） gapped DNA × 1 MAGNESIUM ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SPO11_YEAST
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–398； UniProt 1–398

Antiviral protein SKI8

Saccharomyces cerevisiae S288C

UniProt Q02793

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 4 DNA 1	Meiotic recombination protein REC104 × 1 （P33323） Meiotic recombination protein REC102 × 1 （Q02721） Meiosis-specific protein SPO11 × 1 （P23179） gapped DNA × 1 MAGNESIUM ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SKI8_YEAST
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–397； UniProt 1–397

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8urq
沉积日期 deposition_date	2023-10-26
结构标题 title	Spo11 core complex with gapped DNA
关键词 keywords	Spo11, Rec102, Rec104, Ski8, DNA binding, Cross over., DNA BINDING PROTEIN; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8urq__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8urq__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8urq__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	37.92 Å
Rg（电子密度）	38.44 Å
总 Rg	38.68 Å
原子数	8569
残基数	1024
排除体积	151130 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8urq__assembly_1__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Meiotic recombination protein REC104
分子量 formula_weight	20763.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F
原子数 atom_count	8569

MSIEEEDTNKITCTQDFLHQYFVTERVSIQFGLNNKTVKRINKDEFDKAVNCIMSWTNYPKPGLKRTASTYLLSNSFKKSATVSLPFILGDPVCMPKRVESNNNDTCLLYSDTLYDDPLIQRNDQAGDEIEDEFSFTLLRSEVNEIRPISSSSTAQILQSDYSALMYERQASNGSIFQFSSP

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288C
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Meiotic recombination protein REC102
分子量 formula_weight	30263.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MARDITFLTVFLESCGAVNNDEAGKLLSAWTSTVRIEGPESTDSNSLYIPLLPPGMLKIKLNFKMNDRLVTEEQELFTKLREIVGSSIRFWEEQLFYQVQDVSTIENHVILSLKCTILTDAQISTFISKPRELHTHAKGYPEIYYLSELSTTVNFFSKEGNYVEISQVIPHFNEYFSSLIVSQLEFEYPMVFSMISRLRLKWQQSSLAPISYALTSNSVLLPIMLNMIAQDKSSTTAYQILCRRRGPPIQNFQIFSLPAVTYNK

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288C
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Meiosis-specific protein SPO11
分子量 formula_weight	50020.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

MALEGLRKKYKTRQELVKALTPKRRSIHLNSNGHSNGTPCSNADVLAHIKHFLSLAANSLEQHQQPISIVFQNKKKKGDTNSPDIHTTLDFPLNGPHLSTHQFKLKRCAILLNLLKVVMEKLPLGKNTTVRDIFYSNVELFQRQANVVQWLDVIRFNFKLSPRKSLNIIPAQKGLVYSPFPIDIYDNILTCENEPKMQKQTIFSGKPCLIPFFQDDAVIKLGTTSMCNIVIVEKEAVFTKLVNNYHKLSTNTMLITGKGFPDFLTRLFLKKLEQYCSNLISDCSIFTDADPYGISIALNYTHSNERNAYICTMANYKGIRITQVLAQNNEVHNKSIQLLSLNQRDYSLAKNLIASLTANSWDIATSPLKNVVIECQREIFFQKKAEMNEIDAGIFKYKSRHHHHHHHHHHGDYKDDDDKDYKDDDDKDYKDDDDK

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288C
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Antiviral protein SKI8
分子量 formula_weight	44313.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MSKVFIATANAGKAHDADIFSVSACNSFTVSCSGDGYLKVWDNKLLDNENPKDKSYSHFVHKSGLHHVDVLQTIERDAFELCLVATTSFSGDLLFYRITREDETKKVIFEKLDLLDSDMKKHSFWALKWGASNDRLLSHRLVATDVKGTTYIWKFHPFADESNSLTLNWSPTLELQGTVESPMTPSQFATSVDISERGLIATGFNNGTVQISELSTLRPLYNFESQHSMINNSNSIRSVKFSPQGSLLAIAHDSNSFGCITLYETEFGERIGSLSVPTHSSQASLGEFAHSSWVMSLSFNDSGETLCSAGWDGKLRFWDVKTKERITTLNMHCDDIEIEEDILAVDEHGDSLAEPGVFDVKFLKKGWRSGMGADLNESLCCVCLDRSIRWFREAGGK

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288C
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	gapped DNA
分子量 formula_weight	21943.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D

TAGGCCGTCGGCTACTAAAAGTAGCCGACGGCCGGATTAGCAATGTAATCGTCTTAAGACGATTACATTGC

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.30 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	548674

Spo11 core complex with gapped DNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Meiotic recombination protein REC104

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Meiotic recombination protein REC102

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Meiosis-specific protein SPO11

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Antiviral protein SKI8

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8urq__assembly_1__model_1

8urq__assembly_1__model_1 | I(q)

8urq__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

7. 引用文献 (1)

Spo11 core complex with gapped DNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Meiotic recombination protein REC104

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Meiotic recombination protein REC102

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Meiosis-specific protein SPO11

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Antiviral protein SKI8

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8urq__assembly_1__model_1

8urq__assembly_1__model_1 | I(q)

8urq__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

7. 引用文献 (1)