SAXSdb — 8usd

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 2

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	NEDD8 ultimate buster 1 × 1 （Q9Y5A7） 26S proteasome regulatory subunit 7 × 1 （P35998） 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 1 × 1 （Q99460） 26S proteasome regulatory subunit 4 × 1 （P62191）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PSMD2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 f； PDB构建体 1–908； UniProt 1–908

NEDD8 ultimate buster 1

Homo sapiens

UniProt Q9Y5A7

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 2 × 1 （Q13200） 26S proteasome regulatory subunit 7 × 1 （P35998） 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 1 × 1 （Q99460） 26S proteasome regulatory subunit 4 × 1 （P62191）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NUB1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 g； PDB构建体 1–254； UniProt 1–254

26S proteasome regulatory subunit 7

物种未注明

UniProt P35998

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 2 × 1 （Q13200） NEDD8 ultimate buster 1 × 1 （Q9Y5A7） 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 1 × 1 （Q99460） 26S proteasome regulatory subunit 4 × 1 （P62191）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PRS7_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–433； UniProt 1–433

26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 1

物种未注明

UniProt Q99460

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 2 × 1 （Q13200） NEDD8 ultimate buster 1 × 1 （Q9Y5A7） 26S proteasome regulatory subunit 7 × 1 （P35998） 26S proteasome regulatory subunit 4 × 1 （P62191）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PSMD1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 U； PDB构建体 1–953； UniProt 1–953

26S proteasome regulatory subunit 4

物种未注明

UniProt P62191

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 2 × 1 （Q13200） NEDD8 ultimate buster 1 × 1 （Q9Y5A7） 26S proteasome regulatory subunit 7 × 1 （P35998） 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 1 × 1 （Q99460）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PRS4_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–440； UniProt 1–440

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8usd
沉积日期 deposition_date	2023-10-27
结构标题 title	Rpn1/Nub1UBL-focused alignment of the non-substrate-engaged human 26S proteasome
关键词 keywords	26S Proteasome, Nub1, Fat10, MOTOR PROTEIN, HYDROLASE-PROTEIN BINDING complex; HYDROLASE/PROTEIN BINDING
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8usd__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8usd__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8usd__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	29.30 Å
Rg（电子密度）	28.27 Å
总 Rg	28.96 Å
原子数	6882
残基数	886
排除体积	123560 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8usd__assembly_1__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 2
分子量 formula_weight	100313.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	f
原子数 atom_count	6882

MEEGGRDKAPVQPQQSPAAAPGGTDEKPSGKERRDAGDKDKEQELSEEDKQLQDELEMLVERLGEKDTSLYRPALEELRRQIRSSTTSMTSVPKPLKFLRPHYGKLKEIYENMAPGENKRFAADIISVLAMTMSGERECLKYRLVGSQEELASWGHEYVRHLAGEVAKEWQELDDAEKVQREPLLTLVKEIVPYNMAHNAEHEACDLLMEIEQVDMLEKDIDENAYAKVCLYLTSCVNYVPEPENSALLRCALGVFRKFSRFPEALRLALMLNDMELVEDIFTSCKDVVVQKQMAFMLGRHGVFLELSEDVEEYEDLTEIMSNVQLNSNFLALARELDIMEPKVPDDIYKTHLENNRFGGSGSQVDSARMNLASSFVNGFVNAAFGQDKLLTDDGNKWLYKNKDHGMLSAAASLGMILLWDVDGGLTQIDKYLYSSEDYIKSGALLACGIVNSGVRNECDPALALLSDYVLHNSNTMRLGSIFGLGLAYAGSNREDVLTLLLPVMGDSKSSMEVAGVTALACGMIAVGSCNGDVTSTILQTIMEKSETELKDTYARWLPLGLGLNHLGKGEAIEAILAALEVVSEPFRSFANTLVDVCAYAGSGNVLKVQQLLHICSEHFDSKEKEEDKDKKEKKDKDKKEAPADMGAHQGVAVLGIALIAMGEEIGAEMALRTFGHLLRYGEPTLRRAVPLALALISVSNPRLNILDTLSKFSHDADPEVSYNSIFAMGMVGSGTNNARLAAMLRQLAQYHAKDPNNLFMVRLAQGLTHLGKGTLTLCPYHSDRQLMSQVAVAGLLTVLVSFLDVRNIILGKSHYVLYGLVAAMQPRMLVTFDEELRPLPVSVRVGQAVDVVGQAGKPKTITGFQTHTTPVLLAHGERAELATEEFLPVTPILEGFVILRKNPNYDL

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	NEDD8 ultimate buster 1
分子量 formula_weight	29577.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	g

MAQNKYLQAKLTQFLREDRIQLWKPPYTDENKKVGLALKDLAKQYSDRLECCENEVEKVIEEIRCKAIERGTGNDNYRTTGIATIEVFLPPRLKKDRKNLLETRLHITGRELRSKIAETFGLQENYIKIVINKKQLQLGKTLEEQGVAHNVKAMVLELKQSEEDARKNFQLEEEEQNEAKLKEKQIQRTKRGLEILAKRAAETVVDPEMTPYLDIANQTGRSIRIPPSERKALMLAMGYHEKGRAFLKRKEYGI

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	26S proteasome regulatory subunit 7
分子量 formula_weight	48700.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

MPDYLGADQRKTKEDEKDDKPIRALDEGDIALLKTYGQSTYSRQIKQVEDDIQQLLKKINELTGIKESDTGLAPPALWDLAADKQTLQSEQPLQVARCTKIINADSEDPKYIINVKQFAKFVVDLSDQVAPTDIEEGMRVGVDRNKYQIHIPLPPKIDPTVTMMQVEEKPDVTYSDVGGCKEQIEKLREVVETPLLHPERFVNLGIEPPKGVLLFGPPGTGKTLCARAVANRTDACFIRVIGSELVQKYVGEGARMVRELFEMARTKKACLIFFDEIDAIGGARFDDGAGGDNEVQRTMLELINQLDGFDPRGNIKVLMATNRPDTLDPALMRPGRLDRKIEFSLPDLEGRTHIFKIHARSMSVERDIRFELLARLCPNSTGAEIRSVCTEAGMFAIRARRKIATEKDFLEAVNKVIKSYAKFSATPRYMTYN

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 1
分子量 formula_weight	105958.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	U

MITSAAGIISLLDEDEPQLKEFALHKLNAVVNDFWAEISESVDKIEVLYEDEGFRSRQFAALVASKVFYHLGAFEESLNYALGAGDLFNVNDNSEYVETIIAKCIDHYTKQCVENADLPEGEKKPIDQRLEGIVNKMFQRCLDDHKYKQAIGIALETRRLDVFEKTILESNDVPGMLAYSLKLCMSLMQNKQFRNKVLRVLVKIYMNLEKPDFINVCQCLIFLDDPQAVSDILEKLVKEDNLLMAYQICFDLYESASQQFLSSVIQNLRTVGTPIASVPGSTNTGTVPGSEKDSDSMETEEKTSSAFVGKTPEASPEPKDQTLKMIKILSGEMAIELHLQFLIRNNNTDLMILKNTKDAVRNSVCHTATVIANSFMHCGTTSDQFLRDNLEWLARATNWAKFTATASLGVIHKGHEKEALQLMATYLPKDTSPGSAYQEGGGLYALGLIHANHGGDIIDYLLNQLKNASNDIVRHGGSLGLGLAAMGTARQDVYDLLKTNLYQDDAVTGEAAGLALGLVMLGSKNAQAIEDMVGYAQETQHEKILRGLAVGIALVMYGRMEEADALIESLCRDKDPILRRSGMYTVAMAYCGSGNNKAIRRLLHVAVSDVNDDVRRAAVESLGFILFRTPEQCPSVVSLLSESYNPHVRYGAAMALGICCAGTGNKEAINLLEPMTNDPVNYVRQGALIASALIMIQQTEITCPKVNQFRQLYSKVINDKHDDVMAKFGAILAQGILDAGGHNVTISLQSRTGHTHMPSVVGVLVFTQFWFWFPLSHFLSLAYTPTCVIGLNKDLKMPKVQYKSNCKPSTFAYPAPLEVPKEKEKEKVSTAVLSITAKAKKKEKEKEKKEEEKMEVDEAEKKEEKEKKKEPEPNFQLLDNPARVMPAQLKVLTMPETCRYQPFKPLSIGGIIILKDTSEDIEELVEPVAAHGPKIEEEEQEPEPPEPFEYIDD

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	26S proteasome regulatory subunit 4
分子量 formula_weight	49260.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MGQSQSGGHGPGGGKKDDKDKKKKYEPPVPTRVGKKKKKTKGPDAASKLPLVTPHTQCRLKLLKLERIKDYLLMEEEFIRNQEQMKPLEEKQEEERSKVDDLRGTPMSVGTLEEIIDDNHAIVSTSVGSEHYVSILSFVDKDLLEPGCSVLLNHKVHAVIGVLMDDTDPLVTVMKVEKAPQETYADIGGLDNQIQEIKESVELPLTHPEYYEEMGIKPPKGVILYGPPGTGKTLLAKAVANQTSATFLRVVGSELIQKYLGDGPKLVRELFRVAEEHAPSIVFIDEIDAIGTKRYDSNSGGEREIQRTMLELLNQLDGFDSRGDVKVIMATNRIETLDPALIRPGRIDRKIEFPLPDEKTKKRIFQIHTSRMTLADDVTLDDLIMAKDDLSGADIKAICTEAGLMALRERRMKVTNEDFKKSKENVLYKKQEGTPEGLYL

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	2.70 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	373717

Rpn1/Nub1UBL-focused alignment of the non-substrate-engaged human 26S proteasome

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

NEDD8 ultimate buster 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

26S proteasome regulatory subunit 7

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

26S proteasome regulatory subunit 4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8usd__assembly_1__model_1

8usd__assembly_1__model_1 | I(q)

8usd__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

7. 引用文献 (1)

Rpn1/Nub1UBL-focused alignment of the non-substrate-engaged human 26S proteasome

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

NEDD8 ultimate buster 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

26S proteasome regulatory subunit 7

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

26S proteasome regulatory subunit 4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8usd__assembly_1__model_1

8usd__assembly_1__model_1 | I(q)

8usd__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

7. 引用文献 (1)