8uup

Structure of the Measles virus Fusion protein in the pre-fusion conformation

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 108.1 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8uup
沉积日期 deposition_date	2023-11-01
结构标题 title	Structure of the Measles virus Fusion protein in the pre-fusion conformation
关键词 keywords	VIRAL PROTEIN, glycoprotein, immune system, measles, high-resolution, ectodomain, pre-fusion; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	35.73 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	34.45 Å
零角强度 I(0) i0	347418000.00
分子量 molecular_weight	151010.0 kDa
排除体积 excluded_volume	189910 Å³
包络体积 envelope_volume	258060 Å³
水化壳体积 shell_volume	60817 Å³
包络直径 envelope_diameter	111.0 Å
壳层 Rg shell_rg	42.62 Å
包络 Rg envelope_rg	33.49 Å
形状 Rg shape_rg	34.43 Å
总 Rg total_rg	35.11 Å
总原子数 total_atoms	10584
残基数 n_residues	1359
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	108.1 Å
Rg (实空间) rg_real	35.45 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.50 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.4740e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.9640e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	35.62 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	347500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6914
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	46.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.013
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.548
角度范围 angular_range	— – 0.2200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	40050000.0000
实空间数据点数 n_real_points	45
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.921; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.101; Positv: 1.000; Valcen: 0.964; Smooth: 0.955

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Fusion glycoprotein F0
分子量 formula_weight	12498.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E
原子数 atom_count	10665

MGLKVNVSAIFMAVLLTLQTPTGQIHWGNLSKIGVVGIGSASYKVMTRSSHQSLVIKLMPNITLLNNCTRVEIAEYRRLLRTVLEPIRDALNAMTQNIRPVQSVASSRRHKR

来源 Source

来源生物 organism	Measles virus strain Ichinose-B95a
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	645908
宿主生物 host_organism	Drosophila melanogaster

Entity 2 polymer

描述 description	Fusion glycoprotein F0
分子量 formula_weight	44898.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F

FAGVVLAGAALGVATAAQITAGIALHQSMLNSQAIDNLRASLETTNQAIEAIRQAGQGMILAVQGVQDYINNELIPSMNQLSCDLIGQKLGLKLLRYYTEILSLFGPSLRDPISAEISIQALSYALGGDINKVLEKLGYSGGDLLGILESRGIKARITHVDTESYFIVLSIAYPTLSEIKGVIVHRLEGVSYNIGSQEWYTTVPKYVATQGYLISNFDESSCTFMPEGTVCSQNALYPMSPLLQECLRGSTKSCARTLVSGSFGNRFILSQGNLIANCASILCKCYTTGTIINQDPDKILTYIAADHCPVVEVNGVTIQVGSRRYPDAVYLHRIDLGPPISLGRLDVGTNLGNAIAKLEDAKELLESSDQILRSMKGLSSTSIGVDDDDKAGWSHPQFEKGGGSGGGSGGGSWSHPQFEK

来源 Source

来源生物 organism	Measles virus strain Ichinose-B95a
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	645098
宿主生物 host_organism	Drosophila melanogaster

Entity 3 branched

描述 description	beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	586.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

Entity 5 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	910.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	81

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	2.11 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	454000

fit	/app/data/saxs_computation/uu/8uup/8uup.fit
pddf	/app/data/pr_computation/uu/8uup/8uup.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/uu/8uup/8uup.dat

Structure of the Measles virus Fusion protein in the pre-fusion conformation

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 branched

Entity 4 branched

Entity 5 branched

Entity 6 non-polymer

Entity 7 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)