8v13

Crystal structure of Black mamba toxin in complex with Centi-SNX-B03 antibody

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 138.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8v13
沉积日期 deposition_date	2023-11-19
结构标题 title	Crystal structure of Black mamba toxin in complex with Centi-SNX-B03 antibody
关键词 keywords	antivenom, 3-finger toxin, short neurotoxin, antibody, ANTITOXIN-IMMUNE SYSTEM complex; ANTITOXIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	38.40 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	39.30 Å
零角强度 I(0) i0	182627000.00
分子量 molecular_weight	105540.0 kDa
排除体积 excluded_volume	130590 Å³
包络体积 envelope_volume	179600 Å³
水化壳体积 shell_volume	41727 Å³
包络直径 envelope_diameter	149.1 Å
壳层 Rg shell_rg	40.10 Å
包络 Rg envelope_rg	39.51 Å
形状 Rg shape_rg	39.26 Å
总 Rg total_rg	39.48 Å
总原子数 total_atoms	7411
残基数 n_residues	975
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	138.8 Å
Rg (实空间) rg_real	39.01 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.55 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.8260e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.5420e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	38.63 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	182600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7745
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	37.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.692
峰度 Kurtosis kurtosis	0.054
角度范围 angular_range	— – 0.2050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	15530000.0000
实空间数据点数 n_real_points	42
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.624; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.759; Smooth: 0.436

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Centi-SNX-B03 Fab heavy chain
分子量 formula_weight	24222.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,h
原子数 atom_count	8271

QVQLQESGGGVVRPGGSLRLSCAASGFTFSSYAMSWVRQAPGKGLEWVSAISGSGGSTYYADSVKGRFTISRDSSKNTLYLQINSLRAEDTALYYCAREGDYDSMDVWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKGLEVLFQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	Centi-SNX-B03 Fab light chain
分子量 formula_weight	22741.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,l

SQSVVTQPPSVSVAPGKTARITCGGNNIGSKSVHWYQQKPGQAPVLVVFDDSARPSGIPERFSGSNSGNTATLTISRVEAGDEADYYCQVWDNNSDDVVFGGGTKLTVLGQPKAAPSVTLFPPSSEELQANKATLVCLISDFYPGAVTVAWKADSSPVKAGVETTTPSKQSNNKYAASSYLSLTPEQWKSHRSYSCQVTHEGSTVEKTVAPTECS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	Short neurotoxin 1
分子量 formula_weight	6928.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	T,t

RICYNHQSTTRATTKSCEENSCYKKYWRDHRGTIIERGCGCPKVKPGVGIHCCQSDKCNY

来源 Source

来源生物 organism	Dendraspis polylepis polylepis
通用名 common_name	black mamba
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	8620
宿主生物 host_organism	Dendroaspis polylepis polylepis

Entity 4 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	860

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	103.539 Å
晶胞边长 b length_b	72.252 Å
晶胞边长 c length_c	179.656 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	91.99 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.800 Å
最低分辨率 resolution_low	30.010 Å
R 因子 r_factor	0.1816
R_work r_work	0.1812
R_free r_free	0.2294

fit	/app/data/saxs_computation/v1/8v13/8v13.fit
pddf	/app/data/pr_computation/v1/8v13/8v13.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/v1/8v13/8v13.dat

Crystal structure of Black mamba toxin in complex with Centi-SNX-B03 antibody

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

Entity 5 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)