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8v2k

Proteus vulgaris tryptophan indole-lyase complexed with L-alanine

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 115.8 Å Quality: EXCELLENT
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tryptophanase

Proteus vulgaris

UniProt P28796

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–467 链 B； UniProt 1–467 链 C； UniProt 1–467 链 D； UniProt 1–467 未记录 K POTASSIUM ION × 4 F0G (E)-N-({3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4-yl}methylidene)-L-alanine × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 PLI (2E)-2-{[(Z)-{3-HYDROXY-2-METHYL-5-[(PHOSPHONOOXY)METHYL]PYRIDIN-4(1H)-YLIDENE}METHYL]IMINO}PROPANOIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；295 K；0.1 M potassium phosphate, pH 8.0, 0.1 mM pyrodoxal-5'-phosphate, 1 mM DTT, 0.2 M CsCl, 22% PEG 4000 分辨率 1.81 Å R-free 0.231

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8V2K Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1AX4 TRYPTOPHANASE FROM PROTEUS VULGARIS 提交 1997-10-28 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–467（467 aa）
链 B 1–467（467 aa）
链 C 1–467（467 aa）
链 D 1–467（467 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） K POTASSIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.8；27 % PEG 4000, 0.1 M POTASSIUM PHOSPHATE BUFFER PH 7.8, 0.25 MM PYRIDOXAL 5'-PHOSPHATE, 5MM DTT, 0.1 M CSCL.
分辨率 2.10 Å R-free 0.227
5W19 Tryptophan indole-lyase complex with oxindolyl-L-alanine 提交 2017-06-02 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–467（467 aa）
链 B 1–467（467 aa）
链 C 1–467（467 aa）
链 D 1–467（467 aa）
未记录 K POTASSIUM ION × 4 9TD 1-carboxy-1-{[(E)-{3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4-yl}methylidene]azaniumyl}-2-[(3R)-2-oxo-2,3-dihydro-1H-indol-3-yl]ethan-1-ide × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；35 mM potassium phosphate, 0.05 M HEPES, 0.3 M KCl, 11% PEG 4000
分辨率 2.10 Å R-free 0.244
5W1B Tryptophan indole-lyase 提交 2017-06-02 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–467（467 aa）
链 B 1–467（467 aa）
链 C 1–467（467 aa）
链 D 1–467（467 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） K POTASSIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；35 mM potassium phosphate, 0.05 M HEPES, 0.3 M KCl, 11% PEG 4000
分辨率 2.00 Å R-free 0.252
8V4A Proteus vulgaris tryptophan indole-lyase complexed with L-ethionine 提交 2023-11-28 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–467（467 aa）
链 B 1–467（467 aa）
链 C 1–467（467 aa）
链 D 1–467（467 aa）
未记录 K POTASSIUM ION × 4 YAE (E)-S-ethyl-N-({3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4-yl}methylidene)-L-homocysteine × 2 YAR (2E)-4-(ethylsulfanyl)-2-{[(Z)-{3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4(1H)-ylidene}methyl]imino}butanoic acid × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；0.1 M Potassium phosphate, pH 8.0, 0.1 mM PLP, 1 mM DTT, 0.2 M CsCl, 22% PEG 4000
分辨率 1.96 Å R-free 0.224
8V6P Proteus vulgaris tryptophan indole-lyase complexed with 7-aza-L-tryptophan 提交 2023-12-02 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–467（467 aa）
链 B 1–467（467 aa）
链 C 1–467（467 aa）
链 D 1–467（467 aa）
未记录 K POTASSIUM ION × 2 A1ACN (E)-N-({3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4-yl}methylidene)-3-(1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-3-yl)-L-alanine × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 A1ABZ (2E)-2-{[(Z)-{3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4(1H)-ylidene}methyl]imino}-3-(1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-3-yl)propanoic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；295 K；0.1 M potassium phosphate, pH 8.0, 1 mM DTT, 0.1 mM PLP, 0.2 M CsCl, 22% PEG 4000
分辨率 1.74 Å R-free 0.228
8V9P Proteus vulgaris tryptophan indole-lyase complexed with (3S)-dioxindolyl-L-alanine 提交 2023-12-08 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–467（467 aa）
链 B 1–467（467 aa）
链 C 1–467（467 aa）
链 D 1–467（467 aa）
未记录 K POTASSIUM ION × 4 YQK (2~{E})-2-[(~{Z})-[2-methyl-3-oxidanyl-5-[[oxidanyl-bis(oxidanylidene)-$l^{6}-phosphanyl]oxymethyl]-1~{H}-pyridin-4-ylidene]methyl]imino-3-[(3~{S})-3-oxidanyl-2-oxidanylidene-1~{H}-indol-3-yl]propanoic acid × 4 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；0.1 M potassium phosphate, pH 8.0, 1 mM DTT, 0.1 mM PLP, 22% PEG 4000, 0.2 M CsCl
分辨率 1.85 Å R-free 0.247
9BLV Proteus vulgaris tryptophan indole-lyase complexed with L-Trp and benzimidazole 提交 2024-05-01 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–467（467 aa）
链 B 1–467（467 aa）
链 C 1–467（467 aa）
链 D 1–467（467 aa）
未记录 K POTASSIUM ION × 4 BZI BENZIMIDAZOLE × 2 0JO 2-{[(E)-{3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4-yl}methylidene]amino}prop-2-enoic acid × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 PLT [3-HYDROXY-2-METHYL-5-PHOSPHONOOXYMETHYL-PYRIDIN-4-YLMETHYL]-L-TRYPTOPHANE × 1 A1A2Z N-({3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4-yl}methyl)-L-tryptophan × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M potassium phosphate, pH 8, 0.2 M CsCl, 22% PEG 4000
分辨率 1.78 Å R-free 0.247
9BNJ Proteus vulgaris tryptophan indole-lyase aminoacrylate complex with benzimidazole 提交 2024-05-02 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–467（467 aa）
链 B 1–467（467 aa）
链 C 1–467（467 aa）
链 D 1–467（467 aa）
未记录 K POTASSIUM ION × 4 BZI BENZIMIDAZOLE × 5 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 0JO 2-{[(E)-{3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4-yl}methylidene]amino}prop-2-enoic acid × 4 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M potassium phosphate, pH 8.0, 1 mM DTT, 0.1 mM PLP, 0.2 M KCl, 22% PEG 4000
分辨率 1.51 Å R-free 0.180
9DY7 Proteus vulgaris tryptophan indole-lyase complexed with L-ethionine and Na+ 提交 2024-10-13 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 2–467（466 aa）
链 B 2–467（466 aa）
链 C 2–467（466 aa）
链 D 2–467（466 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 ESC 2-AMINO-4-ETHYL SULFANYL BUTYRIC ACID × 2 NA SODIUM ION × 4 YAR (2E)-4-(ethylsulfanyl)-2-{[(Z)-{3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4(1H)-ylidene}methyl]imino}butanoic acid × 1 YAE (E)-S-ethyl-N-({3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4-yl}methylidene)-L-homocysteine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M potassium phosphate, pH 8.0, 1 mM DTT, 0.1 mM PLP, 0.2 M KCl, 22% PEG 4000
分辨率 1.87 Å R-free 0.185

共 9 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TNAA_PROVU
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–467； UniProt 1–467 作者链 B； PDB构建体 1–467； UniProt 1–467 作者链 C； PDB构建体 1–467； UniProt 1–467 作者链 D； PDB构建体 1–467； UniProt 1–467

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8v2k

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8v2k
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8v2k
沉积日期 deposition_date2023-11-22
结构标题 titleProteus vulgaris tryptophan indole-lyase complexed with L-alanine
关键词 keywords;pyridoxal-5'-phosphate, fold I, tetramer, LYASE ;; LYASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier37.03 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron36.46 Å
零角强度 I(0) i0627975000.00
分子量 molecular_weight208980.0 kDa
排除体积 excluded_volume262900 ų
包络体积 envelope_volume307950 ų
水化壳体积 shell_volume65753 ų
包络直径 envelope_diameter117.0 Å
壳层 Rg shell_rg45.91 Å
包络 Rg envelope_rg36.74 Å
形状 Rg shape_rg36.48 Å
总 Rg total_rg36.92 Å
总原子数 total_atoms14707
残基数 n_residues1845
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax115.8 Å
Rg (实空间) rg_real36.85 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.65 Å
I(0) (实空间) i0_real6.2800e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error9.4980e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal36.97 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal628000000.0000
解质量估计 total_estimate0.9011
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary45.8 Å
偏度 Skewness skewness0.179
峰度 Kurtosis kurtosis-0.543
角度范围 angular_range— – 0.2150 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha332500000.0000
实空间数据点数 n_real_points44
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.933; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.915
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)