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8v3n

CCP5 in complex with Glu-P-Glu transition state analog

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 75.5 Å Quality: EXCELLENT
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cytosolic carboxypeptidase-like protein 5

Homo sapiens

UniProt Q8NDL9

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 2–338 链 A； UniProt 425–605 突变：E516A,residues 339-424 replaced with a SGSGG loop ZN ZINC ION × 1 MLT D-MALATE × 2 A1AAG (2S)-2-{[(S)-[(3S)-3-acetamido-4-(ethylamino)-4-oxobutyl](hydroxy)phosphoryl]methyl}pentanedioic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；0.15 M DL-Malic acid, pH7.0, 0.1 M imidazole, pH7.0, 16% PEG MME 550 分辨率 2.30 Å R-free 0.222

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8V3N Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
8V3M CCP5 apo structure 提交 2023-11-28 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–338（337 aa）
链 A 425–605（181 aa）
突变：E516A,residues 339-424 replaced with a SGSGG loop 突变：E516A,residues 339-424 replaced with a SGSGG loop MLT D-MALATE × 2 IMD IMIDAZOLE × 2 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；294 K；0.15 M DL-Malic acid, pH7.0, 0.1 M imidazole, pH7.0, 16% PEG MME 550
分辨率 1.80 Å R-free 0.201
8V3O CCP5 in complex with Glu-P-peptide 1 transition state analog 提交 2023-11-28 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–338（337 aa）
链 A 425–605（181 aa）
突变：E516A,residues 339-424 replaced with a SGSGG loop 突变：E516A,residues 339-424 replaced with a SGSGG loop ZN ZINC ION × 1 MLT D-MALATE × 2 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；0.15 M DL-Malic acid, pH7.0, 0.1 M imidazole, pH7.0, 16% PEG MME 550
分辨率 2.30 Å R-free 0.227
8V3P CCP5 in complex with Glu-P-peptide 2 transition state analog 提交 2023-11-28 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–338（337 aa）
链 A 425–605（181 aa）
突变：E516A,construct is from residues 2-605,with residues 339-424 replaced with a SGSGG loop 突变：E516A,construct is from residues 2-605,with residues 339-424 replaced with a SGSGG loop ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；0.15 M DL-Malic acid, pH7.0, 0.1 M imidazole, pH7.0, 16% PEG MME 550
分辨率 2.36 Å R-free 0.225
8V3Q Structure of CCP5 class1 提交 2023-11-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–605（604 aa） 片段：residues 2-605
突变：E516A ZN ZINC ION × 1 GLU GLUTAMIC ACID × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8V3R Structure of CCP5 class2 提交 2023-11-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–605（604 aa） 片段：residues 2-605
突变：E516A ZN ZINC ION × 1 GLU GLUTAMIC ACID × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
8V3S Structure of CCP5 class3 提交 2023-11-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–605（604 aa） 片段：residues 2-605
突变：E516A ZN ZINC ION × 1 GLU GLUTAMIC ACID × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
8V4K CCP5 in complex with microtubules class1 提交 2023-11-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 E 2–605（604 aa） 片段：residues 2-605
突变：E516A MG MAGNESIUM ION × 4 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 G2P PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 2 ZN ZINC ION × 1 GLU GLUTAMIC ACID × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8V4L CCP5 in complex with microtubules class2 提交 2023-11-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：hexameric
链 E 2–605（604 aa） 片段：residues 2-605
突变：E516A MG MAGNESIUM ION × 4 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 G2P PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 2 GLU GLUTAMIC ACID × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
8V4M CCP5 in complex with microtubules class3 提交 2023-11-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：hexameric
链 E 2–605（604 aa） 片段：residues 2-605
突变：E516A MG MAGNESIUM ION × 4 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 G2P PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 2 GLU GLUTAMIC ACID × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å

共 9 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CBPC5_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 2–338； UniProt 2–338 作者链 A； PDB构建体 344–524； UniProt 425–605

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8v3n

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8v3n
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8v3n
沉积日期 deposition_date2023-11-28
结构标题 titleCCP5 in complex with Glu-P-Glu transition state analog
关键词 keywordscarboxypeptidase deglutamylation branch glutamate removal microtubule, HYDROLASE, HYDROLASE-INHIBITOR complex; HYDROLASE/INHIBITOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier23.96 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron22.94 Å
零角强度 I(0) i052283700.00
分子量 molecular_weight55344.0 kDa
排除体积 excluded_volume68717 ų
包络体积 envelope_volume78183 ų
水化壳体积 shell_volume27939 ų
包络直径 envelope_diameter78.5 Å
壳层 Rg shell_rg30.66 Å
包络 Rg envelope_rg23.32 Å
形状 Rg shape_rg22.94 Å
总 Rg total_rg23.80 Å
总原子数 total_atoms3899
残基数 n_residues489
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax75.5 Å
Rg (实空间) rg_real23.87 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.34 Å
I(0) (实空间) i0_real5.2280e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.3490e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal23.89 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal52280000.0000
解质量估计 total_estimate0.9028
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary74.3 Å
偏度 Skewness skewness0.262
峰度 Kurtosis kurtosis-0.401
角度范围 angular_range— – 0.3300 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha9795000.0000
实空间数据点数 n_real_points65
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.912; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.997
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)