8v90

TtgR variant 3A7 with naltrexone

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 125.4 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8v90
沉积日期 deposition_date	2023-12-06
结构标题 title	TtgR variant 3A7 with naltrexone
关键词 keywords	regulatory, TetR like, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	36.59 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	36.42 Å
零角强度 I(0) i0	143420000.00
分子量 molecular_weight	96326.0 kDa
排除体积 excluded_volume	120480 Å³
包络体积 envelope_volume	151860 Å³
水化壳体积 shell_volume	36498 Å³
包络直径 envelope_diameter	120.2 Å
壳层 Rg shell_rg	40.29 Å
包络 Rg envelope_rg	36.10 Å
形状 Rg shape_rg	36.42 Å
总 Rg total_rg	36.66 Å
总原子数 total_atoms	13519
残基数 n_residues	827
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	125.4 Å
Rg (实空间) rg_real	36.92 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.39 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.4340e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.7310e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	36.72 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	143400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8197
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	32.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.499
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.483
角度范围 angular_range	— – 0.2150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	32530000.0000
实空间数据点数 n_real_points	44
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.722; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.647; Smooth: 0.841

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	HTH-type transcriptional regulator TtgR
分子量 formula_weight	24118.7 kDa
突变 mutation	A75L, L94W, N111M, H115F
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	13780

SMVRRTKEEAQETRAQIIEAAERAFYKRGVARTTLADIAELAGVTRGAIYWHFNNKAELVQALLDSLHETHDHLLRASESEDEVDPLGCMRKLWLQVFNELVLDARTRRIMEILFHKCEFTDDMCEIRQQRQSAVLDCHKGITLALANAVRRGQLPGELDAERAAVAMFAYVDGLIRRWLLLPDSVDLLGDVEKWVDTGLDMLRLSPALRK

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas putida DOT-T1E
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1196325
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

Entity 2 non-polymer

描述 description	nalterxone
分子量 formula_weight	341.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	212

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	43.100 Å
晶胞边长 b length_b	43.169 Å
晶胞边长 c length_c	115.826 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	99.07 °
晶胞夹角 β angle_beta	97.02 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	95.97 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	2.080 Å
最低分辨率 resolution_low	27.600 Å
R 因子 r_factor	0.2031
R_work r_work	0.2012
R_free r_free	0.2492

fit	/app/data/saxs_computation/v9/8v90/8v90.fit
pddf	/app/data/pr_computation/v9/8v90/8v90.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/v9/8v90/8v90.dat

TtgR variant 3A7 with naltrexone

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction