SAXSdb — 8v93

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8v93
沉积日期 deposition_date	2023-12-07
结构标题 title	Cryo-EM structure of E. coli FimH lectin domain bound to Fabs 329-2 and 454-3
关键词 keywords	Bacterial proteins, lectin domain, Fab, urinary tract infections, CELL ADHESION-IMMUNE SYSTEM complex; CELL ADHESION/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.50 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.35 Å
零角强度 I(0) i0	71349900.00
分子量 molecular_weight	66390.0 kDa
排除体积 excluded_volume	82801 Å³
包络体积 envelope_volume	105950 Å³
水化壳体积 shell_volume	30216 Å³
包络直径 envelope_diameter	111.9 Å
壳层 Rg shell_rg	36.07 Å
包络 Rg envelope_rg	31.51 Å
形状 Rg shape_rg	31.28 Å
总 Rg total_rg	32.01 Å
总原子数 total_atoms	4686
残基数 n_residues	614
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	105.6 Å
Rg (实空间) rg_real	31.78 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.93 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.1350e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1550e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.66 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	71340000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8469
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	29.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.496
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.461
角度范围 angular_range	— – 0.2500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	15910000.0000
实空间数据点数 n_real_points	51
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.784; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.834; Smooth: 0.821

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Fab 454-3 heavy chain
分子量 formula_weight	23940.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4686

QVQLQQSGSELAKPGASVKLSCKASGYTFTRYWMHWVKQRPGQGLEWIGYSNPSSGYTNFNQKFKDKAALTADTSSNTAYIQLNGLTFEDSAVYFCARDGDPPFVYWGQGTLVTVSAAKTTAPSVYPLAPVCGDTTGSSVTLGCLVKGYFPEPVTLTWNSGSLSSGVHTFPAVLQSDLYTLSSSVTVTSSTWPSQSITCNVAHPASSTKVDKKIGGGHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Mus musculus

Entity 2 polymer

描述 description	Fab 329-2 heavy chain
分子量 formula_weight	24103.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

EVKLVESGGGLVKPGGSLKLSCTASGFTFSDNGMAWVRQVPGKGPEWVASITNLAFSVYYSDTVTGRFTISRDNAKNTLALEMSSLRSEDTAIYYCARLYGDYPYYFDYWGQGTALTVSSAKTTAPSVYPLAPVCGDTTGSSVTLGCLVKGYFPEPVTLTWNSGSLSSGVHTFPAVLQSDLYTLSSSVTVTSSTWPSQSITCNVAHPASSTKVDKKIGGGHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Mus musculus

Entity 3 polymer

描述 description	Fab 454-3 light chain
分子量 formula_weight	23512.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

DIQMTQSPASLSASVGETVTITCRASENIYSNLAWYQQKQGKSPQLLVDGATNLADGVPSRFSGSGSGTQFSLKINSVQSEDFGNYYCQHFYGTPFTFGTGTKLEMKRADAAPTVSIFPPSSEQLTSGGASVVCFLNNFYPKDINVKWKIDGSERQNGVLNSWTDQDSKDSTYSMSSTLTLTKDEYERHNSYTCEATHKTSTSPIVKSFNRNEC

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Mus musculus

Entity 4 polymer

描述 description	;Type 1 fimbrin D-mannose specific adhesin FimH, Donor strand complemented with FimG peptide 'triple mutant' ;
分子量 formula_weight	32118.6 kDa
突变 mutation	N7S, G15A, G16A, V27A, N70S, N228Q within FimH
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

FACKTASGTAIPIGAASANVYVNLAPAVNVGQNLVVDLSTQIFCHNDYPETITDYVTLQRGSAYGGVLSSFSGTVKYSGSSYPFPTTSETPRVVYNSRTDKPWPVALYLTPVSSAGGVAIKAGSLIAVLILRQTNNYNSDDFQFVWNIYANNDVVVPTGGCDVSARDVTVTLPDYPGSVPIPLTVYCAKSQNLGYYLSGTTADAGNSIFTNTASFSPAQGVGVQLTRQGTIIPANNTVSLGAVGTSAVSLGLTANYARTGGQVTAGNVQSIIGVTFVYQGGSSGGGADVTITVNGKVVAKGGHHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

Entity 5 polymer

描述 description	Fab 329-2 light chain
分子量 formula_weight	23611.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

DIVLTQSPATLSVTPGESVSLFCRASQTIGNSLHWYQQKSHESPRLLIKYSSLSISGIPSRFSGSGSGTDFTLSINSVETEDFGVFFCQQSHNWPITFGAGTKLELRRADAAPTVSIFPPSSEQLTSGGASVVCFLNNFYPKDINVKWKIDGSERQNGVLNSWTDQDSKDSTYSMSSTLTLTKDEYERHNSYTCEATHKTSTSPIVKSFNRNEC

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Mus musculus

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.12 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	80368

fit	/app/data/saxs_computation/v9/8v93/8v93.fit
pddf	/app/data/pr_computation/v9/8v93/8v93.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/v9/8v93/8v93.dat

Cryo-EM structure of E. coli FimH lectin domain bound to Fabs 329-2 and 454-3

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)