SAXSdb — 8vdu

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MHC class II HLA-DQ-alpha chain

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 12 其他聚合物 1 PDB 声明：dodecameric（12）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–184 链 D； UniProt 1–184 链 G； UniProt 1–184 链 J； UniProt 1–184	未记录	MHC class II HLA-DQ-beta-1 × 4 （O19707） Hybrid insulin peptide (HIP; InsC8-15-IAPP74-80) × 4 beta-D-mannopyranose-(3-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293.15 K；0.2 M Monopotassium phosphate, 17% PEG 8K	分辨率 3.50 Å R-free 0.246

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8VDU	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4Z7U S13 complex 提交 2015-04-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–184（184 aa）片段：UNP residues 1-184	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；140 mM Na-acetate, 0.1 M Bis-Tris-Propane pH 7.5, 15% PEG8000	分辨率 2.70 Å R-free 0.220
4Z7U S13 complex 提交 2015-04-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 C 1–184（184 aa）片段：UNP residues 1-184	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；140 mM Na-acetate, 0.1 M Bis-Tris-Propane pH 7.5, 15% PEG8000	分辨率 2.70 Å R-free 0.220
4Z7V L3-12 complex 提交 2015-04-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–184（184 aa）片段：UNP residues 1-184	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；80 mM Na-acetate, 0.1 M Bis-Tris-Propane pH 6.5, 16% PEG8000	分辨率 2.65 Å R-free 0.226
4Z7V L3-12 complex 提交 2015-04-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 C 1–184（184 aa）片段：UNP residues 1-184	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；80 mM Na-acetate, 0.1 M Bis-Tris-Propane pH 6.5, 16% PEG8000	分辨率 2.65 Å R-free 0.226
4Z7W T316 complex 提交 2015-04-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–184（184 aa）片段：UNP residues 1-184	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；0.32 M (NH4)2SO4, 0.1 M HEPES pH 7.8, 20% PEG3350	分辨率 2.89 Å R-free 0.247
4Z7W T316 complex 提交 2015-04-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 C 1–184（184 aa）片段：UNP residues 1-184	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；0.32 M (NH4)2SO4, 0.1 M HEPES pH 7.8, 20% PEG3350	分辨率 2.89 Å R-free 0.247
6DFX human diabetogenic TCR T1D3 in complex with DQ8-p8E9E peptide 提交 2018-05-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 3–184（182 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；278 K；10% PEG 8000, 100mM cacodylate pH6.2, 400mM NaCl	分辨率 2.03 Å R-free 0.217
6DFX human diabetogenic TCR T1D3 in complex with DQ8-p8E9E peptide 提交 2018-05-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 3–184（182 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；278 K；10% PEG 8000, 100mM cacodylate pH6.2, 400mM NaCl	分辨率 2.03 Å R-free 0.217
6XC9 Immune receptor complex 提交 2020-06-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–184（184 aa）	突变：I72C	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；13% PEG 8000, 0.2 M Potassium dihydrogen phosphate	分辨率 2.40 Å R-free 0.219
6XC9 Immune receptor complex 提交 2020-06-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 F 1–184（184 aa）	突变：I72C	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 GOL GLYCEROL × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；13% PEG 8000, 0.2 M Potassium dihydrogen phosphate	分辨率 2.40 Å R-free 0.219
6XCO Immune receptor complex 提交 2020-06-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–184（184 aa）	突变：I72C	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 GOL GLYCEROL × 6 CAC CACODYLATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293.15 K；0.1 M calcium acetate, 0.1 M sodium cacodylate pH 5.5, 13% polyethylene glycol (PEG) 20,000	分辨率 2.90 Å R-free 0.247
6XCP Immune receptor complex 提交 2020-06-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–184（184 aa）	突变：I72C	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 GOL GLYCEROL × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；13% PEG 8000, 0.2M Potassium dihydrogen phosphate	分辨率 3.30 Å R-free 0.268
8VCX Human TCR A2.13 in complex with DQ8-InsCpep 提交 2023-12-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–185（185 aa）	突变：C75I	PO4 PHOSPHATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293.15 K；0.2 M Potassium sodium tartrate, 24% PEG 3350	分辨率 2.59 Å R-free 0.238
8VCY Human TCR A2.13 in complex with DQ8-InsC8-15NPY 提交 2023-12-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–184（184 aa）	突变：I75C	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 GOL GLYCEROL × 5 PO4 PHOSPHATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293.15 K；0.2 M Potassium sodium tartrate, 14% PEG 20,000 with seeding C8 silver bullet (Hampton Research)	分辨率 2.60 Å R-free 0.225
8VD0 Human TCR ET650-4 in complex with DQ8-InsC8-15-IAPP2 提交 2023-12-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–185（185 aa）	突变：I75C	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 GOL GLYCEROL × 4 PO4 PHOSPHATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293.15 K；0.2 M K Na tartrate, 15% w/v PEG 20,000 with seeding and additive C8 silver bullet	分辨率 2.40 Å R-free 0.220
8VD0 Human TCR ET650-4 in complex with DQ8-InsC8-15-IAPP2 提交 2023-12-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 F 1–185（185 aa）	突变：I75C	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 GOL GLYCEROL × 8 PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293.15 K；0.2 M K Na tartrate, 15% w/v PEG 20,000 with seeding and additive C8 silver bullet	分辨率 2.40 Å R-free 0.220
8VD2 Human TCR ET650-4 in complex with DQ8-InsC8-15-IAPP1 提交 2023-12-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–185（185 aa）	突变：I75C	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293.15 K；0.2 M potassium dihydrogen phosphate (KH2PO4), 15% w/v PEG 20,000 with seeding and additive 30 mM MnCl2	分辨率 2.90 Å R-free 0.259
8VDD Crystal structure of Proinsulin C-peptide bound to HLA-DQ8 提交 2023-12-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–184（184 aa）	突变：I75C	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293.15 K；0.2 M K Na tartrate, 14% w/v PEG 20,000 with seeding and additive C8 silver bullet	分辨率 2.60 Å R-free 0.280

共 12 个其他 PDB 条目、18 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q30069_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–184； UniProt 1–184 作者链 D； PDB构建体 1–184； UniProt 1–184 作者链 G； PDB构建体 1–184； UniProt 1–184 作者链 J； PDB构建体 1–184； UniProt 1–184

MHC class II HLA-DQ-beta-1

Homo sapiens

UniProt O19707

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 12 其他聚合物 1 PDB 声明：dodecameric（12）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–192 链 E； UniProt 1–192 链 H； UniProt 1–192 链 K； UniProt 1–192	未记录	MHC class II HLA-DQ-alpha chain × 4 （Q30069） Hybrid insulin peptide (HIP; InsC8-15-IAPP74-80) × 4 beta-D-mannopyranose-(3-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293.15 K；0.2 M Monopotassium phosphate, 17% PEG 8K	分辨率 3.50 Å R-free 0.246

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8VDU	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4Z7U S13 complex 提交 2015-04-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 1–192（192 aa）片段：UNP residues 1-192	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；140 mM Na-acetate, 0.1 M Bis-Tris-Propane pH 7.5, 15% PEG8000	分辨率 2.70 Å R-free 0.220
4Z7U S13 complex 提交 2015-04-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 1–192（192 aa）片段：UNP residues 1-192	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；140 mM Na-acetate, 0.1 M Bis-Tris-Propane pH 7.5, 15% PEG8000	分辨率 2.70 Å R-free 0.220
4Z7V L3-12 complex 提交 2015-04-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 1–192（192 aa）片段：UNP residues 1-192	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；80 mM Na-acetate, 0.1 M Bis-Tris-Propane pH 6.5, 16% PEG8000	分辨率 2.65 Å R-free 0.226
4Z7V L3-12 complex 提交 2015-04-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 1–192（192 aa）片段：UNP residues 1-192	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；80 mM Na-acetate, 0.1 M Bis-Tris-Propane pH 6.5, 16% PEG8000	分辨率 2.65 Å R-free 0.226
4Z7W T316 complex 提交 2015-04-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 1–192（192 aa）片段：UNP residues 1-192	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；0.32 M (NH4)2SO4, 0.1 M HEPES pH 7.8, 20% PEG3350	分辨率 2.89 Å R-free 0.247
4Z7W T316 complex 提交 2015-04-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 1–192（192 aa）片段：UNP residues 1-192	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；0.32 M (NH4)2SO4, 0.1 M HEPES pH 7.8, 20% PEG3350	分辨率 2.89 Å R-free 0.247
5KSA Bel602-DQ8.5-glia-gamma1 complex 提交 2016-07-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 1–192（192 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；0.1 M Ca-Acetate, 21 % PEG3350, Tris pH 8.0	分辨率 2.00 Å R-free 0.206
5KSB T15-DQ8.5-glia-gamma1 complex 提交 2016-07-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 1–192（192 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；8% Tacsimate pH 7.5, 20% PEG3350	分辨率 2.90 Å R-free 0.254
5KSB T15-DQ8.5-glia-gamma1 complex 提交 2016-07-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 1–192（192 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；8% Tacsimate pH 7.5, 20% PEG3350	分辨率 2.90 Å R-free 0.254
5UJT Crystal structure of human HLA-DQ8 in complex with insulin mimotope binding in register 3 提交 2017-01-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 3–191（189 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；278 K；15% PEG3350, 100mM Tacsimate	分辨率 1.94 Å R-free 0.238
5UJT Crystal structure of human HLA-DQ8 in complex with insulin mimotope binding in register 3 提交 2017-01-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 3–191（189 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；278 K；15% PEG3350, 100mM Tacsimate	分辨率 1.94 Å R-free 0.238
5UJT Crystal structure of human HLA-DQ8 in complex with insulin mimotope binding in register 3 提交 2017-01-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 H 3–191（189 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；278 K；15% PEG3350, 100mM Tacsimate	分辨率 1.94 Å R-free 0.238
6XCO Immune receptor complex 提交 2020-06-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–192（192 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 GOL GLYCEROL × 6 CAC CACODYLATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293.15 K；0.1 M calcium acetate, 0.1 M sodium cacodylate pH 5.5, 13% polyethylene glycol (PEG) 20,000	分辨率 2.90 Å R-free 0.247
6XCP Immune receptor complex 提交 2020-06-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–192（192 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 GOL GLYCEROL × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；13% PEG 8000, 0.2M Potassium dihydrogen phosphate	分辨率 3.30 Å R-free 0.268
8VCX Human TCR A2.13 in complex with DQ8-InsCpep 提交 2023-12-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 1–192（192 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293.15 K；0.2 M Potassium sodium tartrate, 24% PEG 3350	分辨率 2.59 Å R-free 0.238
8VCY Human TCR A2.13 in complex with DQ8-InsC8-15NPY 提交 2023-12-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 1–192（192 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 GOL GLYCEROL × 5 PO4 PHOSPHATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293.15 K；0.2 M Potassium sodium tartrate, 14% PEG 20,000 with seeding C8 silver bullet (Hampton Research)	分辨率 2.60 Å R-free 0.225
8VD0 Human TCR ET650-4 in complex with DQ8-InsC8-15-IAPP2 提交 2023-12-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–192（192 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 GOL GLYCEROL × 4 PO4 PHOSPHATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293.15 K；0.2 M K Na tartrate, 15% w/v PEG 20,000 with seeding and additive C8 silver bullet	分辨率 2.40 Å R-free 0.220
8VD0 Human TCR ET650-4 in complex with DQ8-InsC8-15-IAPP2 提交 2023-12-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 H 1–192（192 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 GOL GLYCEROL × 8 PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293.15 K；0.2 M K Na tartrate, 15% w/v PEG 20,000 with seeding and additive C8 silver bullet	分辨率 2.40 Å R-free 0.220
8VD2 Human TCR ET650-4 in complex with DQ8-InsC8-15-IAPP1 提交 2023-12-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 1–192（192 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293.15 K；0.2 M potassium dihydrogen phosphate (KH2PO4), 15% w/v PEG 20,000 with seeding and additive 30 mM MnCl2	分辨率 2.90 Å R-free 0.259
8VDD Crystal structure of Proinsulin C-peptide bound to HLA-DQ8 提交 2023-12-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–192（192 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293.15 K；0.2 M K Na tartrate, 14% w/v PEG 20,000 with seeding and additive C8 silver bullet	分辨率 2.60 Å R-free 0.280

共 13 个其他 PDB 条目、20 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	O19707_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–192； UniProt 1–192 作者链 E； PDB构建体 1–192； UniProt 1–192 作者链 H； PDB构建体 1–192； UniProt 1–192 作者链 K； PDB构建体 1–192； UniProt 1–192

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8vdu
沉积日期 deposition_date	2023-12-17
结构标题 title	Crystal structure of hybrid insulin peptide (InsC8-15-IAPP74-80) bound to HLA-DQ8
关键词 keywords	pMHC II complex, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	40.85 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	40.33 Å
零角强度 I(0) i0	443261000.00
分子量 molecular_weight	172400.0 kDa
排除体积 excluded_volume	215480 Å³
包络体积 envelope_volume	296010 Å³
水化壳体积 shell_volume	61022 Å³
包络直径 envelope_diameter	127.8 Å
壳层 Rg shell_rg	46.13 Å
包络 Rg envelope_rg	39.34 Å
形状 Rg shape_rg	40.33 Å
总 Rg total_rg	40.65 Å
总原子数 total_atoms	12191
残基数 n_residues	1522
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	130.6 Å
Rg (实空间) rg_real	40.72 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.03 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.4330e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.0240e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	40.85 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	443300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9059
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	50.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.149
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.578
角度范围 angular_range	— – 0.1950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	36760000.0000
实空间数据点数 n_real_points	40
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.940; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.953

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	MHC class II HLA-DQ-alpha chain
分子量 formula_weight	21124.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D,G,J
原子数 atom_count	12192

EDIVADHVASYGVNLYQSYGPSGQYSHEFDGDEEFYVDLERKETVWQLPLFRRFRRFDPQFALTNIAVLKHNLNCVIKRSNSTAATNEVPEVTVFSKSPVTLGQPNTLICLVDNIFPPVVNITWLSNGHSVTEGVSETSFLSKSDHSFFKISYLTFLPSADEIYDCKVEHWGLDEPLLKHWEPES

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	MHC class II HLA-DQ-beta-1
分子量 formula_weight	22605.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E,H,K

RDSPEDFVYQFKGMCYFTNGTERVRLVTRYIYNREEYARFDSDVGVYRAVTPLGPPAAEYWNSQKEVLERTRAELDTVCRHNYQLELRTTLQRRVEPTVTISPSRTEALNHHNLLVCSVTDFYPAQIKVRWFRNDQEETTGVVSTPLIRNGDWTFQILVMLEMTPQRGDVYTCHVEHPSLQNPIIVEWRAQS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Hybrid insulin peptide (HIP; InsC8-15-IAPP74-80)
分子量 formula_weight	1460.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F,I,L

GQVELGGGNAVEVCK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 4 Entity 4 branched

描述 description	beta-D-mannopyranose-(3-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	586.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	72.319 Å
晶胞边长 b length_b	138.116 Å
晶胞边长 c length_c	101.832 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	102.50 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	3.500 Å
最低分辨率 resolution_low	49.040 Å
R 因子 r_factor	0.2094
R_work r_work	0.2075
R_free r_free	0.2457

fit	/app/data/saxs_computation/vd/8vdu/8vdu.fit
pddf	/app/data/pr_computation/vd/8vdu/8vdu.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/vd/8vdu/8vdu.dat

Crystal structure of hybrid insulin peptide (InsC8-15-IAPP74-80) bound to HLA-DQ8

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MHC class II HLA-DQ-alpha chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

MHC class II HLA-DQ-beta-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 branched

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)