SAXSdb — 8vgv

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8vgv
沉积日期 deposition_date	2023-12-29
结构标题 title	DH270.6 Fab bound to the HIV-1 CH848 DE3 SOSIP
关键词 keywords	Immunogen, Vaccine, Antibody, VIRAL PROTEIN, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex; VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	50.22 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	49.69 Å
零角强度 I(0) i0	1189650000.00
分子量 molecular_weight	280030.0 kDa
排除体积 excluded_volume	347490 Å³
包络体积 envelope_volume	499810 Å³
水化壳体积 shell_volume	83944 Å³
包络直径 envelope_diameter	153.4 Å
壳层 Rg shell_rg	53.51 Å
包络 Rg envelope_rg	48.71 Å
形状 Rg shape_rg	49.70 Å
总 Rg total_rg	49.77 Å
总原子数 total_atoms	38711
残基数 n_residues	2481
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	149.2 Å
Rg (实空间) rg_real	50.02 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.02 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1900e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.1810e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	50.37 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1190000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8595
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	67.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.047
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.586
角度范围 angular_range	— – 0.1550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	64220000.0000
实空间数据点数 n_real_points	32
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.976; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.984; Smooth: 0.259

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	CH848 DE3 SOSIP gp120
分子量 formula_weight	51665.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E,I
原子数 atom_count	38711

ENLWVTVYYGVPVWKEAKTTLFCASDARAYEKEVHNVWATHACVPTDPSPQELVLGNVTENFNMWKNDMVDQMHEDIISLWDQSLKPCVKLTPLCVTLICSDATVKTGTVEEMKNCSFNTTTEIRDKEKKEYALFYKPDIVPLSETNNTSEYRLINCNTSACTQACPKVTFEPIPIHYCAPAGYAILKCNDETFNGTGPCSNVSTVQCTHGIRPVVSTQLLLNGSLAEKEIVIRSENLTNNAKIIIVHLHTPVEIVCTRPNNNTRKSVRIGPGQTFYATGDIIGDIKQAHCNISEEKWNDTLQKVGIELQKHFPNKTIKYNQSAGGDMEITTHSFNCGGEFFYCNTSNLFNGTYNGTYISTNSSANSTSTITLQCRIKQIINMWQGVGRCMYAPPIAGNITCRSNITGLLLTRDGGTNSNETETFRPAGGDMRDNWRSELYKYKVVKIEPLGVAPTRCKRRV

来源 Source

来源生物 organism	Human immunodeficiency virus 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11676
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	CH848 DE3 SOSIP gp41
分子量 formula_weight	17179.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F,J

AVGIGAVFLGFLGAAGSTMGAASMTLTVQARNLLSGIVQQQSNLLRAIEAQQHMLQLTVWGIKQLQARVLAVERYLRDQQLLGIWGCSGKLICCTNVPWNSSWSNRNLSEIWDNMTWLQWDKEISNYTQIIYGLLEESQNQQEKNEQDLLALD

来源 Source

来源生物 organism	Human immunodeficiency virus 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11676
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	DH270.6 Antibody Fab Heavy Chain
分子量 formula_weight	14169.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,G,K

QVQLVQSGAQMKNPGASVKVSCAPSGYTFTDFYIHWLRQAPGQGLQWMGWMNPQTGRTNTARNFQGRVTMTRDTSIGTAYMELRSLTSDDTAIYYCTTGGWISLYYDSSYYPNFDHWGQGTLLTVS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 polymer

描述 description	DH270.6 Antibody Fab Light Chain
分子量 formula_weight	11295.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,H,L

ALTQPASVSGSPGQSITISCTGTKYDVGSHDLVSWYQQYPGKVPKYMIYEVNKRPSGVSNRFSGSKSGNTASLTISGLRAEDEADYYCCSFGGSATVVCGGGTKVTVL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 5 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	1073.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

Entity 6 branched

描述 description	beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	586.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	3.60 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	236154

fit	/app/data/saxs_computation/vg/8vgv/8vgv.fit
pddf	/app/data/pr_computation/vg/8vgv/8vgv.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/vg/8vgv/8vgv.dat

DH270.6 Fab bound to the HIV-1 CH848 DE3 SOSIP

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 branched

Entity 6 branched

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)