8vmg

Crystal structure of GSK-3 26-383 bound to Axin 383-435

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 115.6 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glycogen synthase kinase-3 beta

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 26–383	未记录	Axin-1 × 1 （O15169） ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 20 NO3 NITRATE ION × 8 GOL GLYCEROL × 4 SO4 SULFATE ION × 7 MG MAGNESIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；100 mM MES, pH 5.5, 1.9 M ammonium sulfate, 200 mM sodium chloride, cryoprotectant: 25% ethylene glycol	分辨率 2.45 Å R-free 0.230
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 26–383	未记录	Axin-1 × 1 （O15169） EDO 1,2-ETHANEDIOL × 19 SO4 SULFATE ION × 2 CL CHLORIDE ION × 8 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；100 mM MES, pH 5.5, 1.9 M ammonium sulfate, 200 mM sodium chloride, cryoprotectant: 25% ethylene glycol	分辨率 2.45 Å R-free 0.230

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8VMG	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4NU1 Crystal structure of a transition state mimic of the GSK-3/Axin complex bound to phosphorylated N-terminal auto-inhibitory pS9 peptide 提交 2013-12-03	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–383（383 aa）片段：Residues 1-383 with phosphoylated Ser9	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	GOL GLYCEROL × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 1 NO3 NITRATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICRODIALYSIS；pH 7.5；277 K；10% PEG 35,000, 20mM Tris pH7.5, 300mM NaCl, 5% glycerol, 10mM MgCl2, 200uM ATP, and 5mM DTT, MICRODIALYSIS, temperature 277K	分辨率 2.50 Å R-free 0.245
5AIR Structural analysis of mouse GSK3beta fused with LRP6 peptide. 提交 2015-02-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 4–420（417 aa）片段：;RESIDUES 1565-1574, KINASE DOMAIN, RESIDUES 6-420,RESIDUES 1565-1574, KINASE DOMAIN, RESIDUES 6-420,RESIDUES 1565-1574, KINASE DOMAIN, RESIDUES 6-420,RESIDUES 1565-1574, KINASE DOMAIN, RESIDUES 6-420 ; 链 B 4–420（417 aa）片段：;RESIDUES 1565-1574, KINASE DOMAIN, RESIDUES 6-420,RESIDUES 1565-1574, KINASE DOMAIN, RESIDUES 6-420,RESIDUES 1565-1574, KINASE DOMAIN, RESIDUES 6-420,RESIDUES 1565-1574, KINASE DOMAIN, RESIDUES 6-420 ;	未记录	MLI MALONATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；290 K；200 MM SODIUM MALONATE, 20 % (V/V) PEG 3350, pH 7	分辨率 2.53 Å R-free 0.260
6AE3 Crystal structure of GSK3beta complexed with Morin 提交 2018-08-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–420（420 aa）链 B 1–420（420 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MRI 2-[2,4-bis(oxidanyl)phenyl]-3,5,7-tris(oxidanyl)chromen-4-one × 2 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；290 K；100mM Sodium Citrate (pH6.5), 18%(v/v) PEG 4000, 5%(v/v) 2-propanol	分辨率 2.14 Å R-free 0.226
6AE3 Crystal structure of GSK3beta complexed with Morin 提交 2018-08-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–420（420 aa）链 D 1–420（420 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；290 K；100mM Sodium Citrate (pH6.5), 18%(v/v) PEG 4000, 5%(v/v) 2-propanol	分辨率 2.14 Å R-free 0.226
8VME Crystal structure of the GSK-3/Axin complex bound to a phosphorylated beta-catenin T41A peptide 提交 2024-01-13	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 26–383（358 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 6 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICRODIALYSIS；pH 7.5；277 K；10% PEG35000, 20 mM Tris, pH 7.5, 300 mM sodium chloride, 5% glycerol, 10 mM magnesium chloride, 200 uM ATP, 5 mM DTT	分辨率 2.30 Å R-free 0.230
8VMF Crystal structure of a transition-state mimic of the GSK-3/Axin complex bound to a beta-catenin S45D peptide 提交 2024-01-13	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 26–383（358 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 3 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICRODIALYSIS；pH 7.5；277 K；10% PEG35000, 20 mM Tris, pH 7.5, 300 mM sodium chloride, 5% glycerol, 10 mM magnesium chloride, 5 mM DTT, 200 uM ADP, 200 uM aluminum nitrate, 1.2 mM sodium fluoride	分辨率 2.50 Å R-free 0.251

共 5 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GSK3B_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–358； UniProt 26–383 作者链 B； PDB构建体 1–358； UniProt 26–383

Axin-1

Homo sapiens

UniProt O15169

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 383–435	未记录	Glycogen synthase kinase-3 beta × 1 （Q9WV60） ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 20 NO3 NITRATE ION × 8 GOL GLYCEROL × 4 SO4 SULFATE ION × 7 MG MAGNESIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；100 mM MES, pH 5.5, 1.9 M ammonium sulfate, 200 mM sodium chloride, cryoprotectant: 25% ethylene glycol	分辨率 2.45 Å R-free 0.230
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 383–435	未记录	Glycogen synthase kinase-3 beta × 1 （Q9WV60） EDO 1,2-ETHANEDIOL × 19 SO4 SULFATE ION × 2 CL CHLORIDE ION × 8 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；100 mM MES, pH 5.5, 1.9 M ammonium sulfate, 200 mM sodium chloride, cryoprotectant: 25% ethylene glycol	分辨率 2.45 Å R-free 0.230

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 8VMG	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1DK8 CRYSTAL STRUCTURE OF THE RGS-HOMOLOGOUS DOMAIN OF AXIN 提交 1999-12-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 111–257（147 aa）片段：RGS-HOMOLOGOUS DOMAIN	未记录	SO4 SULFATE ION × 12 DTT 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE × 2 GOL GLYCEROL × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.25；277 K；sodium acetate, ammonium sulfate, glycerol, dithiothreitol, pH 4.25, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.57 Å R-free 0.198
1EMU STRUCTURE OF THE AXIN RGS-HOMOLOGOUS DOMAIN IN COMPLEX WITH A SAMP REPEAT FROM APC 提交 2000-03-17	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 117–248（132 aa）片段：RGS-HOMOLOGOUS DOMAIN	未记录	GOL GLYCEROL × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；MES, PEG 400, glycerol, DTT, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.221
1O9U GLYCOGEN SYNTHASE KINASE 3 BETA COMPLEXED WITH AXIN PEPTIDE 提交 2002-12-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 383–400（18 aa）片段：RESIDUES 383-400	未记录	ADZ 9-METHYL-9H-PURIN-6-AMINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；CRYSTAL WERE GROWN BY THE HANGING DROP METHOD. 1UL OF PROTEIN SOLUTION (6MG/ML GSK3B AND 0.37MG/ML AXIN PEPTIDE) IN 25MM HEPES-NAOH, 250MM NACL, 1MM DTT, PH 7.0) WAS MIXED WITH 1UL PRECIPITANT (18% PEG4000, 150MM MGCL2, 100MM TRIS- HCL, PH 7.5)	分辨率 2.40 Å R-free 0.260
3ZDI Glycogen Synthase Kinase 3 Beta complexed with Axin Peptide and Inhibitor 7d 提交 2012-11-27	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 383–400（18 aa）片段：RESIDUES 383-400	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1 UGJ 3,6-Diamino-4-(2-chlorophenyl)thieno[2,3-b]pyridine-2,5-dicarbonitrile × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.1 M 2-(N-MORPHOLINO)ETHANESULFONIC ACID (MES), PH 6.5, 12% (W/V) PEG 20000	分辨率 2.65 Å R-free 0.242
4B7T Glycogen Synthase Kinase 3 Beta complexed with Axin Peptide and Leucettine L4 提交 2012-08-22	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 383–400（18 aa）片段：RESIDUES 383-400	未记录	CWT (5Z)-5-(1,3-benzodioxol-5-ylmethylidene)-3-methyl-2-(propan-2-ylamino)imidazol-4-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.1 M TRIS-HCL, PH 8.0, 0.15 M MGCL2, 15% (W/V) PEG 4000	分辨率 2.77 Å R-free 0.235
4NM0 Crystal structure of peptide inhibitor-free GSK-3/Axin complex 提交 2013-11-14	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 383–402（20 aa）片段：Residues 383-402	未记录	GOL GLYCEROL × 5 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 DTT 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICRODIALYSIS；pH 7.5；277 K；10% PEG 35,000, 20mM Tris 7.5, 300mM NaCl, 5% glycerol, 20mM MgCl2, 400uM ATP, and 5mM DTT, MICRODIALYSIS, temperature 277K	分辨率 2.50 Å R-free 0.239
4NM3 Crystal structure of GSK-3/Axin complex bound to phosphorylated N-terminal auto-inhibitory pS9 peptide 提交 2013-11-14	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 383–402（20 aa）片段：Residues 383-402	未记录	GOL GLYCEROL × 4 MG MAGNESIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1 DTT 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICRODIALYSIS；pH 7.5；277 K；10% PEG 35,000, 20mM Tris 7.5, 300mM NaCl, 5% glycerol, 10mM MgCl2, 200uM ATP, and 5mM DTT, MICRODIALYSIS, temperature 277K	分辨率 2.10 Å R-free 0.242
4NM5 Crystal structure of GSK-3/Axin complex bound to phosphorylated Wnt receptor LRP6 c-motif 提交 2013-11-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 383–402（20 aa）片段：Residues 383-402	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 4 MG MAGNESIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICRODIALYSIS；pH 7.5；277 K；10% PEG 35,000, 20mM Tris 7.5, 300mM NaCl, 5% glycerol, 10mM MgCl2, 200uM ATP, and 5mM DTT, MICRODIALYSIS, temperature 277K	分辨率 2.30 Å R-free 0.232
4NM5 Crystal structure of GSK-3/Axin complex bound to phosphorylated Wnt receptor LRP6 c-motif 提交 2013-11-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 383–402（20 aa）片段：Residues 383-402	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 GOL GLYCEROL × 8 MG MAGNESIUM ION × 4 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICRODIALYSIS；pH 7.5；277 K；10% PEG 35,000, 20mM Tris 7.5, 300mM NaCl, 5% glycerol, 10mM MgCl2, 200uM ATP, and 5mM DTT, MICRODIALYSIS, temperature 277K	分辨率 2.30 Å R-free 0.232
4NM7 Crystal structure of GSK-3/Axin complex bound to phosphorylated Wnt receptor LRP6 e-motif 提交 2013-11-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 383–402（20 aa）片段：Residues 383-402	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 3 MG MAGNESIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1 DTT 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；277 K；10% PEG 35,000, 20mM Tris 7.5, 300mM NaCl, 5% glycerol, 10mM MgCl2, 200uM ATP, and 5mM DTT, MICRODIALYSIS, temperature 277K	分辨率 2.30 Å R-free 0.234
4NU1 Crystal structure of a transition state mimic of the GSK-3/Axin complex bound to phosphorylated N-terminal auto-inhibitory pS9 peptide 提交 2013-12-03	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 383–402（20 aa）片段：Residues 383-402	未记录	GOL GLYCEROL × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 1 NO3 NITRATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICRODIALYSIS；pH 7.5；277 K；10% PEG 35,000, 20mM Tris pH7.5, 300mM NaCl, 5% glycerol, 10mM MgCl2, 200uM ATP, and 5mM DTT, MICRODIALYSIS, temperature 277K	分辨率 2.50 Å R-free 0.245
5WZZ The SIAH E3 ubiquitin ligases promote Wnt/ beta-catenin signaling through mediating Wnt-induced Axin degradation 提交 2017-01-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 375–394（20 aa）片段：UNP residues 375-394	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；25% (w/v) PEG3350, 200 mM MgCl2, 100 mM Tris-Hcl	分辨率 2.10 Å R-free 0.208
5WZZ The SIAH E3 ubiquitin ligases promote Wnt/ beta-catenin signaling through mediating Wnt-induced Axin degradation 提交 2017-01-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 375–394（20 aa）片段：UNP residues 375-394	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；25% (w/v) PEG3350, 200 mM MgCl2, 100 mM Tris-Hcl	分辨率 2.10 Å R-free 0.208
5WZZ The SIAH E3 ubiquitin ligases promote Wnt/ beta-catenin signaling through mediating Wnt-induced Axin degradation 提交 2017-01-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 375–394（20 aa）片段：UNP residues 375-394	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；25% (w/v) PEG3350, 200 mM MgCl2, 100 mM Tris-Hcl	分辨率 2.10 Å R-free 0.208
5WZZ The SIAH E3 ubiquitin ligases promote Wnt/ beta-catenin signaling through mediating Wnt-induced Axin degradation 提交 2017-01-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 375–394（20 aa）片段：UNP residues 375-394	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；25% (w/v) PEG3350, 200 mM MgCl2, 100 mM Tris-Hcl	分辨率 2.10 Å R-free 0.208
6JCK Complex structure of Axin-DIX and Dvl2-DIX 提交 2019-01-29	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 745–826（82 aa）	突变：Y760D	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；25% (w/v) PEG1500, 0.1 M Malonate-Imidazole-Borate buffer pH 7.0	分辨率 3.09 Å R-free 0.290
7Y1P CRYSTAL STRUCTURE OF THE RGS-HOMOLOGOUS DOMAIN OF AXIN IN COMPLEX WITH LZ-22Na 提交 2022-06-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 74–220（147 aa）片段：RGS-homologous domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291.15 K；2.4 M sodium malonate pH 7.0	分辨率 2.60 Å R-free 0.228
7Y1P CRYSTAL STRUCTURE OF THE RGS-HOMOLOGOUS DOMAIN OF AXIN IN COMPLEX WITH LZ-22Na 提交 2022-06-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 74–220（147 aa）片段：RGS-homologous domain	未记录	I5L (2~{Z},4~{Z})-2-methyl-5-(8-oxidanyldibenzofuran-4-yl)penta-2,4-dienal × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291.15 K；2.4 M sodium malonate pH 7.0	分辨率 2.60 Å R-free 0.228
7Y1P CRYSTAL STRUCTURE OF THE RGS-HOMOLOGOUS DOMAIN OF AXIN IN COMPLEX WITH LZ-22Na 提交 2022-06-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 74–220（147 aa）片段：RGS-homologous domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291.15 K；2.4 M sodium malonate pH 7.0	分辨率 2.60 Å R-free 0.228
7Y1P CRYSTAL STRUCTURE OF THE RGS-HOMOLOGOUS DOMAIN OF AXIN IN COMPLEX WITH LZ-22Na 提交 2022-06-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 74–220（147 aa）片段：RGS-homologous domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291.15 K；2.4 M sodium malonate pH 7.0	分辨率 2.60 Å R-free 0.228
8RU3 Crystal structure of beta-catenin in complex with alpha-helical peptide inhibitor 提交 2024-01-30	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 P 468–479（12 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CL CHLORIDE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；300 K；Crystals grown in 100 mM NaKPO4, 2M NaCl.	分辨率 2.00 Å R-free 0.232
8RU4 Crystal structure of Human Catenin Beta-1 in complex with stitched peptide inhibitor 提交 2024-01-30	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 469–479（11 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	GLC alpha-D-glucopyranose × 3 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 2 CL CHLORIDE ION × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；100 mM TRIS pH 8.75, 2%(w/v) PEG-6000, cryoprotected in 30% (w/v) Glucose.	分辨率 2.13 Å R-free 0.240

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查看构建体与数据证据

UniProt名称	AXIN1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 8–60； UniProt 383–435 作者链 D； PDB构建体 8–60； UniProt 383–435

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8vmg
沉积日期 deposition_date	2024-01-13
结构标题 title	Crystal structure of GSK-3 26-383 bound to Axin 383-435
关键词 keywords	GSK-3, kinase, TRANSFERASE-SIGNALING PROTEIN complex; TRANSFERASE/SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	32.37 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.73 Å
零角强度 I(0) i0	137075000.00
分子量 molecular_weight	91795.0 kDa
排除体积 excluded_volume	114340 Å³
包络体积 envelope_volume	147730 Å³
水化壳体积 shell_volume	39551 Å³
包络直径 envelope_diameter	125.5 Å
壳层 Rg shell_rg	37.68 Å
包络 Rg envelope_rg	32.32 Å
形状 Rg shape_rg	31.71 Å
总 Rg total_rg	32.27 Å
总原子数 total_atoms	6682
残基数 n_residues	778
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	115.6 Å
Rg (实空间) rg_real	32.49 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.08 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3710e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.3580e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	32.44 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	137100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8484
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	35.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.468
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.151
角度范围 angular_range	— – 0.2450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	35790000.0000
实空间数据点数 n_real_points	50
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.731; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.922; Smooth: 0.909

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Glycogen synthase kinase-3 beta
分子量 formula_weight	41538.7 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.11.26,2.7.11.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	6951

MKVSRDKDGSKVTTVVATPGQGPDRPQEVSYTDTKVIGNGSFGVVYQAKLCDSGELVAIKKVLQDKRFKNRELQIMRKLDHCNIVRLRYFFYSSGEKKDEVYLNLVLDYVPETVYRVARHYSRAKQTLPVIYVKLYMYQLFRSLAYIHSFGICHRDIKPQNLLLDPDTAVLKLCDFGSAKQLVRGEPNVSYICSRYYRAPELIFGATDYTSSIDVWSAGCVLAELLLGQPIFPGDSGVDQLVEIIKVLGTPTREQIREMNPNYTEFKFPQIKAHPWTKVFRPRTPPEAIALCSRLLEYTPTARLTPLEACAHSFFDELRDPNVKLPNGRDTPALFNFTTQELSSNPPLATILIPPHARHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Axin-1
分子量 formula_weight	6657.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

GGWGSGGVEPQKFAEELIHRLEAVQRTREAEEKLEERLKRVRMEEEGEDGDPSSGPPGPC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	39

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	NITRATE ION
分子量 formula_weight	62.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	15

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	195.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 11 Entity 11 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	158

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	195.585 Å
晶胞边长 b length_b	195.585 Å
晶胞边长 c length_c	152.204 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 65 2 2
空间群编号 int_tables_number	179
晶系 crystal_system	hexagonal

分辨率 resolution	2.450 Å
最低分辨率 resolution_low	39.760 Å
R 因子 r_factor	0.1953
R_work r_work	0.1947
R_free r_free	0.2301

fit	/app/data/saxs_computation/vm/8vmg/8vmg.fit
pddf	/app/data/pr_computation/vm/8vmg/8vmg.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/vm/8vmg/8vmg.dat

Crystal structure of GSK-3 26-383 bound to Axin 383-435

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glycogen synthase kinase-3 beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Axin-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)