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Crystal structure of wild-type HIV-1 reverse transcriptase in complex with non-nucleoside inhibitor 5i3

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 115.4 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8vu9
沉积日期 deposition_date	2024-01-29
结构标题 title	Crystal structure of wild-type HIV-1 reverse transcriptase in complex with non-nucleoside inhibitor 5i3
关键词 keywords	;non-nucleoside reverse transcriptase inhibitor, transferase, transferase-transferase inhibitor complex, VIRAL PROTEIN, TRANSFERASE-INHIBITOR complex ;; VIRAL PROTEIN,TRANSFERASE/INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	35.24 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	34.65 Å
零角强度 I(0) i0	366394000.00
分子量 molecular_weight	105430.0 kDa
排除体积 excluded_volume	103240 Å³
包络体积 envelope_volume	191600 Å³
水化壳体积 shell_volume	46071 Å³
包络直径 envelope_diameter	121.1 Å
壳层 Rg shell_rg	41.33 Å
包络 Rg envelope_rg	34.18 Å
形状 Rg shape_rg	34.62 Å
总 Rg total_rg	35.06 Å
总原子数 total_atoms	8026
残基数 n_residues	969
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	115.4 Å
Rg (实空间) rg_real	35.20 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.89 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.6640e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.2380e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	35.23 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	366400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8944
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	43.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.269
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.424
角度范围 angular_range	— – 0.2250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	24000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	46
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.914; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.882

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Reverse transcriptase/ribonuclease H
分子量 formula_weight	63932.2 kDa
突变 mutation	K172A, K173A, C280S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	8795

MVPISPIETVPVKLKPGMDGPKVKQWPLTEEKIKALVEICTEMEKEGKISKIGPENPYNTPVFAIKKKDSTKWRKLVDFRELNKRTQDFWEVQLGIPHPAGLKKKKSVTVLDVGDAYFSVPLDEDFRKYTAFTIPSINNETPGIRYQYNVLPQGWKGSPAIFQSSMTKILEPFAAQNPDIVIYQYMDDLYVGSDLEIGQHRTKIEELRQHLLRWGLTTPDKKHQKEPPFLWMGYELHPDKWTVQPIVLPEKDSWTVNDIQKLVGKLNWASQIYPGIKVRQLSKLLRGTKALTEVIPLTEEAELELAENREILKEPVHGVYYDPSKDLIAEIQKQGQGQWTYQIYQEPFKNLKTGKYARMRGAHTNDVKQLTEAVQKITTESIVIWGKTPKFKLPIQKETWETWWTEYWQATWIPEWEFVNTPPLVKLWYQLEKEPIVGAETFYVDGAANRETKLGKAGYVTNKGRQKVVPLTNTTNQKTELQAIYLALQDSGLEVNIVTDSQYALGIIQAQPDKSESELVNQIIEQLIKKEKVYLAWVPAHKGIGGNEQVDKLVSA

来源 Source

来源生物 organism	Human immunodeficiency virus type 1 BH10
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11678
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	p51 RT
分子量 formula_weight	50039.5 kDa
突变 mutation	C280S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

PISPIETVPVKLKPGMDGPKVKQWPLTEEKIKALVEICTEMEKEGKISKIGPENPYNTPVFAIKKKDSTKWRKLVDFRELNKRTQDFWEVQLGIPHPAGLKKKKSVTVLDVGDAYFSVPLDEDFRKYTAFTIPSINNETPGIRYQYNVLPQGWKGSPAIFQSSMTKILEPFKKQNPDIVIYQYMDDLYVGSDLEIGQHRTKIEELRQHLLRWGLTTPDKKHQKEPPFLWMGYELHPDKWTVQPIVLPEKDSWTVNDIQKLVGKLNWASQIYPGIKVRQLSKLLRGTKALTEVIPLTEEAELELAENREILKEPVHGVYYDPSKDLIAEIQKQGQGQWTYQIYQEPFKNLKTGKYARMRGAHTNDVKQLTEAVQKITTESIVIWGKTPKFKLPIQKETWETWWTEYWQATWIPEWEFVNTPPLVKLWYQ

来源 Source

来源生物 organism	Human immunodeficiency virus type 1 BH10
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11678
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 non-polymer

描述 description	;(2E)-3-[4-({2-[(1-{[4-(methanesulfonyl)phenyl]methyl}piperidin-4-yl)amino]pyrido[2,3-d]pyrimidin-4-yl}oxy)-3,5-dimethylphenyl]prop-2-enenitrile ;
分子量 formula_weight	568.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 5 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 6 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	652

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	163.039 Å
晶胞边长 b length_b	72.424 Å
晶胞边长 c length_c	109.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	100.06 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	1.990 Å
最低分辨率 resolution_low	43.190 Å
R 因子 r_factor	0.2019
R_work r_work	0.2009
R_free r_free	0.2440

fit	/app/data/saxs_computation/vu/8vu9/8vu9.fit
pddf	/app/data/pr_computation/vu/8vu9/8vu9.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/vu/8vu9/8vu9.dat

Crystal structure of wild-type HIV-1 reverse transcriptase in complex with non-nucleoside inhibitor 5i3

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)