8wdn

Crystal structure of PDE4D complexed with 7b-1

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 91.0 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8wdn
沉积日期 deposition_date	2023-09-15
最后修订 last_revision	2024-08-28
结构标题 title	Crystal structure of PDE4D complexed with 7b-1
关键词 keywords	PDE4D, Complex, Inhibitor, Hydrolase; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	28.80 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	27.89 Å
零角强度 I(0) i0	91892000.00
分子量 molecular_weight	75193.0 kDa
排除体积 excluded_volume	93955 Å³
包络体积 envelope_volume	112950 Å³
水化壳体积 shell_volume	33195 Å³
包络直径 envelope_diameter	95.5 Å
壳层 Rg shell_rg	35.61 Å
包络 Rg envelope_rg	27.86 Å
形状 Rg shape_rg	27.91 Å
总 Rg total_rg	28.56 Å
总原子数 total_atoms	5283
残基数 n_residues	648
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	91.0 Å
Rg (实空间) rg_real	28.76 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.68 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.1890e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3020e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.78 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	91890000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9024
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	31.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.271
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.536
角度范围 angular_range	— – 0.2750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	21660000.0000
实空间数据点数 n_real_points	56
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.935; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.992; Smooth: 0.931

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	;cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4D ;
分子量 formula_weight	40096.4 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.4.53
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	5470

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMTEQEDVLAKELEDVNKWGLHVFRIAELSGNRPLTVIMHTIFQERDLLKTFKIPVDTLITYLMTLEDHYHADVAYHNNIHAADVVQSTHVLLSTPALEAVFTDLEILAAIFASAIHDVDHPGVSNQFLINTNSELALMYNDSSVLENHHLAVGFKLLQEENCDIFQNLTKKQRQSLRKMVIDIVLATDMSKHMNLLADLKTMVETKKVTSSGVLLLDNYSDRIQVLQNMVHCADLSNPTKPLQLYRQWTDRIMEEFFRQGDRERERGMEISPMCDKHNASVEKSQVGFIDYIVHPLWETWADLVHPDAQDILDTLEDNREWYQSTIPQS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	3-[(2~{S},3~{R})-7-ethoxy-2-(3-ethoxy-4-methoxy-phenyl)-3-(hydroxymethyl)-2,3-dihydro-1-benzofuran-5-yl]propan-1-ol
分子量 formula_weight	402.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	187

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	57.965 Å
晶胞边长 b length_b	80.407 Å
晶胞边长 c length_c	163.413 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.550 Å
最低分辨率 resolution_low	36.420 Å
R 因子 r_factor	0.2093
R_work r_work	0.2082
R_free r_free	0.2312

fit	/app/data/saxs_computation/wd/8wdn/8wdn.fit
pddf	/app/data/pr_computation/wd/8wdn/8wdn.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/wd/8wdn/8wdn.dat