SAXSdb — 8wfi

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Isoform GlyT-1B of Sodium- and chloride-dependent glycine transporter 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 46–614	未记录	GLY GLYCINE × 1 CL CHLORIDE ION × 1 NA SODIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.58 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8WFI	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6ZBV Inward-open structure of human glycine transporter 1 in complex with a benzoylisoindoline inhibitor and sybody Sb_GlyT1#7 提交 2020-06-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 91–239（149 aa）链 A 257–684（428 aa）	未记录	QET [5-fluoranyl-6-(oxan-4-yloxy)-1,3-dihydroisoindol-2-yl]-[5-methylsulfonyl-2-[2,2,3,3,3-pentakis(fluoranyl)propoxy]phenyl]methanone × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 LIPIDIC CUBIC PHASE；pH 7；292.75 K；0.1M ADA pH 7, 13-25% PEG600, 4-14% v/v-1,3-Butanediol	分辨率 3.40 Å R-free 0.259
6ZPL Inward-open structure of human glycine transporter 1 in complex with a benzoylisoindoline inhibitor, sybody Sb_GlyT1#7 and bound Na and Cl ions. 提交 2020-07-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 92–684（593 aa）链 B 92–684（593 aa）	突变：;L153A, S297A, I368A, C633A. N-terminal deletion of residues 1-91 and residues 9-281 of Lichenase (PDB ID 2CIT) have been fused at the N-terminal. C- terminal deletion of residues 685-706 as well as a deletion in the extracellular loop 2 (EL2) between residues 240-256. ; 突变：;L153A, S297A, I368A, C633A. N-terminal deletion of residues 1-91 and residues 9-281 of Lichenase (PDB ID 2CIT) have been fused at the N-terminal. C- terminal deletion of residues 685-706 as well as a deletion in the extracellular loop 2 (EL2) between residues 240-256. ;	QET [5-fluoranyl-6-(oxan-4-yloxy)-1,3-dihydroisoindol-2-yl]-[5-methylsulfonyl-2-[2,2,3,3,3-pentakis(fluoranyl)propoxy]phenyl]methanone × 2 NA SODIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 LIPIDIC CUBIC PHASE；pH 7；292.75 K；Crystals appeared in 3-10 days in 0.1 M ADA pH 7, 13-25% PEG600, 4-14% v/v, 1,3-Butanediol with the longest dimension of 2-5 um.	分辨率 3.94 Å R-free 0.291
8WFJ human glycine transporter 1 in complex with ALX-5407 in inward facing conformation 提交 2023-09-19	构建体不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–652（652 aa）	未记录	W5F ALX5407 × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.35 Å
8WFK human glycine transporter 1 in complex with SSR504734 in outward facing conformation 提交 2023-09-19	构建体不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–652（652 aa）	未记录	W5O SSR504734 × 1 CL CHLORIDE ION × 1 NA SODIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.22 Å
8WFL human glycine transporter 1 in complex with PF-03463275 in outward facing conformation 提交 2023-09-19	构建体不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–652（652 aa）	未记录	W5X PF-3463275 × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.03 Å
9J8B Human Glycine Transporter 1 in the Apo State with an Inward-Facing Conformation 提交 2024-08-21	构建体不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–652（652 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
9J8C Human Glycine Transporter 1 in the Sarcosine-Bound State with an Occluded Conformation 提交 2024-08-21	构建体不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–652（652 aa）	未记录	SAR SARCOSINE × 1 CLR CHOLESTEROL × 3 CL CHLORIDE ION × 1 NA SODIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
9J8D Human Glycine Transporter 1 in the Iclepertin-Bound State with an Inward-Facing Conformation 提交 2024-08-21	构建体不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–652（652 aa）	未记录	A1EBX Iclepertin × 1 CL CHLORIDE ION × 1 CLR CHOLESTEROL × 3 NA SODIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å

共 8 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SC6A9_HUMAN
Isoform	P48067-3
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–569； UniProt 46–614

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8wfi
沉积日期 deposition_date	2023-09-19
结构标题 title	human glycine transporter 1 in complex with glycine in occluded conformation
关键词 keywords	GlyT1, glycine, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	25.56 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	24.33 Å
零角强度 I(0) i0	51003800.00
分子量 molecular_weight	61063.0 kDa
排除体积 excluded_volume	78593 Å³
包络体积 envelope_volume	93105 Å³
水化壳体积 shell_volume	31366 Å³
包络直径 envelope_diameter	86.8 Å
壳层 Rg shell_rg	32.18 Å
包络 Rg envelope_rg	24.59 Å
形状 Rg shape_rg	24.34 Å
总 Rg total_rg	25.23 Å
总原子数 total_atoms	4310
残基数 n_residues	542
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	83.8 Å
Rg (实空间) rg_real	25.55 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.51 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.1000e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.0490e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	25.55 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	51000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7233
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	29.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.380
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.218
角度范围 angular_range	— – 0.3100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	9856000.0000
实空间数据点数 n_real_points	63
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.843; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.315; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.926

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Isoform GlyT-1B of Sodium- and chloride-dependent glycine transporter 1
分子量 formula_weight	63769.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4347

RGNWGNQIEFVLTSVGYAVGLGNVWRFPYLCYRNAGGAFMFPYFIMLIFCGIPLFFMELSFGQFASQGCLGVWRISPMFKGVGYGMMVVSTYIGIYYNVVICIAFYYFFSSMTHVLPWAYCNNPWNTHDCAGVLDASNLTNGSRPAALPSNLSHLLNHSLQRTSPSEEYWRLYVLKLSDDIGNFGEVRLPLLGCLGVSWLVVFLCLIRGVKSSGKVVYFTATFPYVVLTILFVRGVTLEGAFDGIMYYLTPQWDKILAAKVWGDAASQIFYSLGCAWGGLITMASYNKFHNNCYRDSVIISITNCATSVYAGFVIFSILGFMANHLGVDVSRVADHGPGLAFVAYPEALTLLPISPLWSLLFFFMLILLGLGTQFCLLETLVTAIVDEVGNEWILQKKTYVTLGVAVAGFLLGIPLTSQAGIYWLLLMDNYAASFSLVVISCIMCVAIMYIYGHRNYFQDIQMMLGFPPPLFFQICWRFVSPAIIFFILVFTVIQYPITAYNHYQYPGWAVAIGFLMALSSVLCIPLYAMFRLCRTDGADLLQRLKNATKPSRDWGPALLEHRTGRYAP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	GLYCINE
分子量 formula_weight	75.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	37

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.58 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	129157

fit	/app/data/saxs_computation/wf/8wfi/8wfi.fit
pddf	/app/data/pr_computation/wf/8wfi/8wfi.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/wf/8wfi/8wfi.dat

human glycine transporter 1 in complex with glycine in occluded conformation

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Isoform GlyT-1B of Sodium- and chloride-dependent glycine transporter 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D