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8wfj

human glycine transporter 1 in complex with ALX-5407 in inward facing conformation

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 84.8 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Sodium- and chloride-dependent glycine transporter 1

Homo sapiens

UniProt P48067

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–652 未记录 W5F ALX5407 × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.35 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8WFJ Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
6ZBV Inward-open structure of human glycine transporter 1 in complex with a benzoylisoindoline inhibitor and sybody Sb_GlyT1#7 提交 2020-06-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 91–239（149 aa）
链 A 257–684（428 aa）
未记录 QET [5-fluoranyl-6-(oxan-4-yloxy)-1,3-dihydroisoindol-2-yl]-[5-methylsulfonyl-2-[2,2,3,3,3-pentakis(fluoranyl)propoxy]phenyl]methanone × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 LIPIDIC CUBIC PHASE；pH 7；292.75 K；0.1M ADA pH 7, 13-25% PEG600, 4-14% v/v-1,3-Butanediol
分辨率 3.40 Å R-free 0.259
6ZPL Inward-open structure of human glycine transporter 1 in complex with a benzoylisoindoline inhibitor, sybody Sb_GlyT1#7 and bound Na and Cl ions. 提交 2020-07-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 92–684（593 aa）
链 B 92–684（593 aa）
突变：;L153A, S297A, I368A, C633A. N-terminal deletion of residues 1-91 and residues 9-281 of Lichenase (PDB ID 2CIT) have been fused at the N-terminal. C- terminal deletion of residues 685-706 as well as a deletion in the extracellular loop 2 (EL2) between residues 240-256. ; 突变：;L153A, S297A, I368A, C633A. N-terminal deletion of residues 1-91 and residues 9-281 of Lichenase (PDB ID 2CIT) have been fused at the N-terminal. C- terminal deletion of residues 685-706 as well as a deletion in the extracellular loop 2 (EL2) between residues 240-256. ; QET [5-fluoranyl-6-(oxan-4-yloxy)-1,3-dihydroisoindol-2-yl]-[5-methylsulfonyl-2-[2,2,3,3,3-pentakis(fluoranyl)propoxy]phenyl]methanone × 2 NA SODIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 LIPIDIC CUBIC PHASE；pH 7；292.75 K；Crystals appeared in 3-10 days in 0.1 M ADA pH 7, 13-25% PEG600, 4-14% v/v, 1,3-Butanediol with the longest dimension of 2-5 um.
分辨率 3.94 Å R-free 0.291
8WFI human glycine transporter 1 in complex with glycine in occluded conformation 提交 2023-09-19 构建体不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 46–614（569 aa）
未记录 GLY GLYCINE × 1 CL CHLORIDE ION × 1 NA SODIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.58 Å
8WFK human glycine transporter 1 in complex with SSR504734 in outward facing conformation 提交 2023-09-19 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–652（652 aa）
未记录 W5O SSR504734 × 1 CL CHLORIDE ION × 1 NA SODIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.22 Å
8WFL human glycine transporter 1 in complex with PF-03463275 in outward facing conformation 提交 2023-09-19 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–652（652 aa）
未记录 W5X PF-3463275 × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.03 Å
9J8B Human Glycine Transporter 1 in the Apo State with an Inward-Facing Conformation 提交 2024-08-21 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–652（652 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
9J8C Human Glycine Transporter 1 in the Sarcosine-Bound State with an Occluded Conformation 提交 2024-08-21 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–652（652 aa）
未记录 SAR SARCOSINE × 1 CLR CHOLESTEROL × 3 CL CHLORIDE ION × 1 NA SODIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
9J8D Human Glycine Transporter 1 in the Iclepertin-Bound State with an Inward-Facing Conformation 提交 2024-08-21 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–652（652 aa）
未记录 A1EBX Iclepertin × 1 CL CHLORIDE ION × 1 CLR CHOLESTEROL × 3 NA SODIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å

共 8 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SC6A9_HUMAN
Isoform P48067-3
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–652； UniProt 1–652

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8wfj

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8wfj
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8wfj
沉积日期 deposition_date2023-09-19
结构标题 titlehuman glycine transporter 1 in complex with ALX-5407 in inward facing conformation
关键词 keywordsGlyT1, ALX-5407, inward-open, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier25.03 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron23.81 Å
零角强度 I(0) i047131400.00
分子量 molecular_weight58694.0 kDa
排除体积 excluded_volume75578 ų
包络体积 envelope_volume88963 ų
水化壳体积 shell_volume30483 ų
包络直径 envelope_diameter87.9 Å
壳层 Rg shell_rg31.65 Å
包络 Rg envelope_rg24.28 Å
形状 Rg shape_rg23.81 Å
总 Rg total_rg24.78 Å
总原子数 total_atoms4148
残基数 n_residues518
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax84.8 Å
Rg (实空间) rg_real25.02 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.57 Å
I(0) (实空间) i0_real4.7130e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.9320e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal25.03 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal47130000.0000
解质量估计 total_estimate0.6662
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary29.6 Å
偏度 Skewness skewness0.410
峰度 Kurtosis kurtosis-0.103
角度范围 angular_range— – 0.3150 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha9487000.0000
实空间数据点数 n_real_points64
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.777; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.120; Positv: 1.000; Valcen: 0.982; Smooth: 0.980
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)