8wh5

Structure of DDM1-nucleosome complex in the apo state

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone H3.1

Arabidopsis thaliana

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 9 DNA 2	Histone H4 × 2 （P59259） Histone H2A.6 × 2 （Q9LD28） Histone H2B.6 × 2 （O23629） DNA (sense strand) × 1 DNA (antisense strand) × 1 ATP-dependent DNA helicase DDM1 × 1 （Q9XFH4）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H31_ARATH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–136； UniProt 1–136 作者链 E； PDB构建体 1–136； UniProt 1–136

Histone H4

Arabidopsis thaliana

UniProt P59259

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 9 DNA 2	Histone H3.1 × 2 （P59226） Histone H2A.6 × 2 （Q9LD28） Histone H2B.6 × 2 （O23629） DNA (sense strand) × 1 DNA (antisense strand) × 1 ATP-dependent DNA helicase DDM1 × 1 （Q9XFH4）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H4_ARATH
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103 作者链 F； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103

Histone H2A.6

Arabidopsis thaliana

UniProt Q9LD28

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 9 DNA 2	Histone H3.1 × 2 （P59226） Histone H4 × 2 （P59259） Histone H2B.6 × 2 （O23629） DNA (sense strand) × 1 DNA (antisense strand) × 1 ATP-dependent DNA helicase DDM1 × 1 （Q9XFH4）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H2A6_ARATH
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–130； UniProt 1–130 作者链 G； PDB构建体 1–130； UniProt 1–130

Histone H2B.6

Arabidopsis thaliana

UniProt O23629

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 9 DNA 2	Histone H3.1 × 2 （P59226） Histone H4 × 2 （P59259） Histone H2A.6 × 2 （Q9LD28） DNA (sense strand) × 1 DNA (antisense strand) × 1 ATP-dependent DNA helicase DDM1 × 1 （Q9XFH4）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H2B6_ARATH
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–150； UniProt 1–150 作者链 H； PDB构建体 1–150； UniProt 1–150

ATP-dependent DNA helicase DDM1

Arabidopsis thaliana

UniProt Q9XFH4

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 9 DNA 2	Histone H3.1 × 2 （P59226） Histone H4 × 2 （P59259） Histone H2A.6 × 2 （Q9LD28） Histone H2B.6 × 2 （O23629） DNA (sense strand) × 1 DNA (antisense strand) × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DDM1_ARATH
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 K； PDB构建体 2–765； UniProt 1–764

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8wh5
沉积日期 deposition_date	2023-09-22
结构标题 title	Structure of DDM1-nucleosome complex in the apo state
关键词 keywords	complex, nucleosome, chromatin remodeling, structural protein-hydrolase-dna complex, GENE REGULATION; GENE REGULATION
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8wh5__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8wh5__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8wh5__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	44.35 Å
Rg（电子密度）	43.17 Å
总 Rg	43.57 Å
原子数	14663
残基数	1422
排除体积	245070 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8wh5__assembly_1__model_1`	undecameric （11）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Histone H3.1
分子量 formula_weight	15301.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E
原子数 atom_count	14663

MARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRFRPGTVALREIRKYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKTDLRFQSSAVAALQEAAEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA

来源 Source

来源生物 organism	Arabidopsis thaliana
通用名 common_name	thale cress
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3702
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Histone H4
分子量 formula_weight	11436.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F

MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKIFLENVIRDAVTYTEHARRKTVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG

来源 Source

来源生物 organism	Arabidopsis thaliana
通用名 common_name	thale cress
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3702
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Histone H2A.6
分子量 formula_weight	13680.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,G

MAGRGKTLGSGGAKKATSRSSKAGLQFPVGRIARFLKAGKYAERVGAGAPVYLAAVLEYLAAEVLELAGNAARDNKKTRIVPRHIQLAVRNDEELSKLLGDVTIANGGVMPNIHNLLLPKKAGASKPQED

来源 Source

来源生物 organism	Arabidopsis thaliana
通用名 common_name	thale cress
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3702
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Histone H2B.6
分子量 formula_weight	16474.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,H

MAPRAEKKPAEKKPAAEKPVEEKSKAEKAPAEKKPKAGKKLPKEAGAGGDKKKKMKKKSVETYKIYIFKVLKQVHPDIGISSKAMGIMNSFINDIFEKLASESSKLARYNKKPTITSREIQTAVRLVLPGELAKHAVSEGTKAVTKFTSS

来源 Source

来源生物 organism	Arabidopsis thaliana
通用名 common_name	thale cress
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3702
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	DNA (sense strand)
分子量 formula_weight	51310.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	I

ATCGAGAATCCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTACGCGCTGTCCCCCGCGTTTAACCGCCCAAGGGGATTACTCCCTAGTCTCCAGGCACGTGTCAGATATATACATCCGATTCCAGTGCCGGTGTCGCTGA

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	DNA (antisense strand)
分子量 formula_weight	51800.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	J

TCAGCGACACCGGCACTGGAATCGGATGTATATATCTGACACGTGCCTGGAGACTAGGGAGTAATCCCCTTGGGCGGTTAAACGCGGGGGACAGCGCGTACGTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCGGGATTCTCGAT

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	ATP-dependent DNA helicase DDM1
分子量 formula_weight	86844.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.4.12
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

SMVSLRSRKVIPASEMVSDGKTEKDASGDSPTSVLNEEENCEEKSVTVVEEEILLAKNGDSSLISEAMAQEEEQLLKLREDEEKANNAGSAVAPNLNETQFTKLDELLTQTQLYSEFLLEKMEDITINGIESESQKAEPEKTGRGRKRKAASQYNNTKAKRAVAAMISRSKEDGETINSDLTEEETVIKLQNELCPLLTGGQLKSYQLKGVKWLISLWQNGLNGILADQMGLGKTIQTIGFLSHLKGNGLDGPYLVIAPLSTLSNWFNEIARFTPSINAIIYHGDKNQRDELRRKHMPKTVGPKFPIVITSYEVAMNDAKRILRHYPWKYVVIDEGHRLKNHKCKLLRELKHLKMDNKLLLTGTPLQNNLSELWSLLNFILPDIFTSHDEFESWFDFSEKNKNEATKEEEEKRRAQVVSKLHGILRPFILRRMKCDVELSLPRKKEIIMYATMTDHQKKFQEHLVNNTLEAHLGENAIRGQGWKGKLNNLVIQLRKNCNHPDLLQGQIDGSYLYPPVEEIVGQCGKFRLLERLLVRLFANNHKVLIFSQWTKLLDIMDYYFSEKGFEVCRIDGSVKLDERRRQIKDFSDEKSSCSIFLLSTRAGGLGINLTAADTCILYDSDWNPQMDLQAMDRCHRIGQTKPVHVYRLSTAQSIETRVLKRAYSKLKLEHVVIGQGQFHQERAKSSTPLEEEDILALLKEDETAEDKLIQTDISDADLDRLLDRSDLTITAPGETQAAEAFPVKGPGWEVVLPSSGGMLSSLNS

来源 Source

来源生物 organism	Arabidopsis thaliana
通用名 common_name	thale cress
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3702
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.58 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	56233

Structure of DDM1-nucleosome complex in the apo state

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone H3.1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H2A.6

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H2B.6

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

ATP-dependent DNA helicase DDM1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8wh5__assembly_1__model_1

8wh5__assembly_1__model_1 | I(q)

8wh5__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)