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8wkw

Structure of MAVS-CARD Filament

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 161.8 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Mitochondrial antiviral-signaling protein

Homo sapiens

UniProt Q7Z434

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 26 PDB 声明：26-meric（26） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–97 链 B； UniProt 1–97 链 C； UniProt 1–97 链 D； UniProt 1–97 链 E； UniProt 1–97 链 F； UniProt 1–97 链 G； UniProt 1–97 链 H； UniProt 1–97 链 I； UniProt 1–97 链 J； UniProt 1–97 链 K； UniProt 1–97 链 L； UniProt 1–97 链 M； UniProt 1–97 链 N； UniProt 1–97 链 O； UniProt 1–97 链 P； UniProt 1–97 链 Q； UniProt 1–97 链 R； UniProt 1–97 链 S； UniProt 1–97 链 T； UniProt 1–97 链 U； UniProt 1–97 链 V； UniProt 1–97 链 W； UniProt 1–97 链 X； UniProt 1–97 链 Y； UniProt 1–97 链 Z； UniProt 1–97 未记录 无其他共同聚合物 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.21 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8WKW Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2MS7 High-resolution solid-state NMR structure of the helical signal transduction filament MAVS CARD 提交 2014-07-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 21 PDB 声明：21-meric
链 A 1–100（100 aa） 片段：UNP RESIDUES 1-100
链 B 1–100（100 aa） 片段：UNP RESIDUES 1-100
链 C 1–100（100 aa） 片段：UNP RESIDUES 1-100
链 D 1–100（100 aa） 片段：UNP RESIDUES 1-100
链 E 1–100（100 aa） 片段：UNP RESIDUES 1-100
链 F 1–100（100 aa） 片段：UNP RESIDUES 1-100
链 G 1–100（100 aa） 片段：UNP RESIDUES 1-100
链 H 1–100（100 aa） 片段：UNP RESIDUES 1-100
链 I 1–100（100 aa） 片段：UNP RESIDUES 1-100
链 J 1–100（100 aa） 片段：UNP RESIDUES 1-100
链 K 1–100（100 aa） 片段：UNP RESIDUES 1-100
链 L 1–100（100 aa） 片段：UNP RESIDUES 1-100
链 M 1–100（100 aa） 片段：UNP RESIDUES 1-100
链 N 1–100（100 aa） 片段：UNP RESIDUES 1-100
链 O 1–100（100 aa） 片段：UNP RESIDUES 1-100
链 P 1–100（100 aa） 片段：UNP RESIDUES 1-100
链 Q 1–100（100 aa） 片段：UNP RESIDUES 1-100
链 R 1–100（100 aa） 片段：UNP RESIDUES 1-100
链 S 1–100（100 aa） 片段：UNP RESIDUES 1-100
链 T 1–100（100 aa） 片段：UNP RESIDUES 1-100
链 U 1–100（100 aa） 片段：UNP RESIDUES 1-100
未记录 未记录非水小分子 SOLID-STATE NMR
NMR测量条件 pH 7；278 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 ambient
NMR样品组成 20 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] MAVS CARD-1, H2O | H2O
NMR样品组成 20 mM [1-13C]-Glc U-15N MAVS CARD-2, H2O | H2O
NMR样品组成 20 mM [2-13C]-Glc U-15N MAVS CARD-3, H2O | H2O
NMR样品组成 20 mM [1/2-13C]-Glc(mixed) U15N MAVS CARD-4, H2O | H2O
NMR样品组成 20 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] 1:6(Unlabeled) Diluted sample MAVS CARD-5, H2O | H2O
NMR样品组成 20 mM U15N mixed with U13C labeled sample MAVS CARD-6, H2O | H2O
分辨率未提供
2MS8 Solution NMR structure of MAVS CARD 提交 2014-07-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–100（100 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 3；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 ambient
NMR样品组成 300 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] MAVS CARD-1, 93% H2O/7% D2O | 93% H2O/7% D2O
分辨率未提供
2VGQ Crystal Structure of Human IPS-1 CARD 提交 2007-11-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–93（93 aa） 片段：MMBP RESIDUES 27-392, CARD DOMAIN RESIDUES 3-93,MMBP RESIDUES 27-392, CARD DOMAIN RESIDUES 3-93
未记录 SO4 SULFATE ION × 5 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.10 Å R-free 0.220
3J6C Cryo-EM structure of MAVS CARD filament 提交 2014-02-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric
链 A 3–93（91 aa） 片段：caspase activation recruitment domain (UNP residues 3-93)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 20 mM Tris-HCl, 50 mM NaCl, 1 mM DTT；pH 7.5；20 mM Tris-HCl, 50 mM NaCl, 1 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Plunged into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK III)
分辨率 9.60 Å
3J6C Cryo-EM structure of MAVS CARD filament 提交 2014-02-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 3–93（91 aa） 片段：caspase activation recruitment domain (UNP residues 3-93)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 20 mM Tris-HCl, 50 mM NaCl, 1 mM DTT；pH 7.5；20 mM Tris-HCl, 50 mM NaCl, 1 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Plunged into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK III)
分辨率 9.60 Å
3J6C Cryo-EM structure of MAVS CARD filament 提交 2014-02-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 3–93（91 aa） 片段：caspase activation recruitment domain (UNP residues 3-93)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 20 mM Tris-HCl, 50 mM NaCl, 1 mM DTT；pH 7.5；20 mM Tris-HCl, 50 mM NaCl, 1 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Plunged into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK III)
分辨率 9.60 Å
3J6J 3.6 Angstrom resolution MAVS filament generated from helical reconstruction 提交 2014-03-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 1–97（97 aa） 片段：N-terminal CARD domain (UNP residues 1-97)
链 B 1–97（97 aa） 片段：N-terminal CARD domain (UNP residues 1-97)
链 C 1–97（97 aa） 片段：N-terminal CARD domain (UNP residues 1-97)
链 D 1–97（97 aa） 片段：N-terminal CARD domain (UNP residues 1-97)
链 E 1–97（97 aa） 片段：N-terminal CARD domain (UNP residues 1-97)
链 G 1–97（97 aa） 片段：N-terminal CARD domain (UNP residues 1-97)
链 I 1–97（97 aa） 片段：N-terminal CARD domain (UNP residues 1-97)
链 L 1–97（97 aa） 片段：N-terminal CARD domain (UNP residues 1-97)
突变：P2A 突变：P2A 突变：P2A 突变：P2A 突变：P2A 突变：P2A 突变：P2A 突变：P2A 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 20 mM Tris, 150 mM NaCl；pH 7.5；20 mM Tris, 150 mM NaCl
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN；Plunged in liquid nitrogen (FEI VITROBOT MARK I)
分辨率 3.64 Å R-free 0.276
4P4H Caught-in-action signaling complex of RIG-I 2CARD domain and MAVS CARD domain 提交 2014-03-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：21-meric
链 I 1–99（99 aa）
链 J 1–99（99 aa）
链 K 1–99（99 aa）
链 L 1–99（99 aa）
链 M 1–99（99 aa）
链 N 1–99（99 aa）
链 O 1–99（99 aa）
链 P 1–99（99 aa）
突变：D23K, E26K, E80K 突变：D23K, E26K, E80K 突变：D23K, E26K, E80K 突变：D23K, E26K, E80K 突变：D23K, E26K, E80K 突变：D23K, E26K, E80K 突变：D23K, E26K, E80K 突变：D23K, E26K, E80K 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；Tri-Li Citrate, PEG 3350, Cr(III) Cl3
分辨率 3.40 Å R-free 0.240
4Z8M Crystal structure of the MAVS-TRAF6 complex 提交 2015-04-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 450–468（19 aa） 片段：UNP residues 450-468
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；291 K；6% (v/v) Tacsimate pH 6.0, 0.1 M MES pH 6.0, and 25% (w/v) polyethylene glycol 4000
分辨率 2.95 Å R-free 0.238
4Z8M Crystal structure of the MAVS-TRAF6 complex 提交 2015-04-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 450–468（19 aa） 片段：UNP residues 450-468
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；291 K；6% (v/v) Tacsimate pH 6.0, 0.1 M MES pH 6.0, and 25% (w/v) polyethylene glycol 4000
分辨率 2.95 Å R-free 0.238
7DNI MDA5 CARDs-MAVS CARD polyUb complex 提交 2020-12-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric
链 M 1–97（97 aa）
链 N 1–97（97 aa）
链 O 1–97（97 aa）
链 P 1–97（97 aa）
突变：D23K, E26K, E80K 突变：D23K, E26K, E80K 突变：D23K, E26K, E80K 突变：D23K, E26K, E80K 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
分辨率 3.20 Å

共 8 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MAVS_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–97； UniProt 1–97 作者链 B； PDB构建体 1–97； UniProt 1–97 作者链 C； PDB构建体 1–97； UniProt 1–97 作者链 D； PDB构建体 1–97； UniProt 1–97 作者链 E； PDB构建体 1–97； UniProt 1–97 作者链 F； PDB构建体 1–97； UniProt 1–97 作者链 G； PDB构建体 1–97； UniProt 1–97 作者链 H； PDB构建体 1–97； UniProt 1–97 作者链 I； PDB构建体 1–97； UniProt 1–97 作者链 J； PDB构建体 1–97； UniProt 1–97 作者链 K； PDB构建体 1–97； UniProt 1–97 作者链 L； PDB构建体 1–97； UniProt 1–97 作者链 M； PDB构建体 1–97； UniProt 1–97 作者链 N； PDB构建体 1–97； UniProt 1–97 作者链 O； PDB构建体 1–97； UniProt 1–97 作者链 P； PDB构建体 1–97； UniProt 1–97 作者链 Q； PDB构建体 1–97； UniProt 1–97 作者链 R； PDB构建体 1–97； UniProt 1–97 作者链 S； PDB构建体 1–97； UniProt 1–97 作者链 T； PDB构建体 1–97； UniProt 1–97 作者链 U； PDB构建体 1–97； UniProt 1–97 作者链 V； PDB构建体 1–97； UniProt 1–97 作者链 W； PDB构建体 1–97； UniProt 1–97 作者链 X； PDB构建体 1–97； UniProt 1–97 作者链 Y； PDB构建体 1–97； UniProt 1–97 作者链 Z； PDB构建体 1–97； UniProt 1–97

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8wkw

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8wkw
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8wkw
沉积日期 deposition_date2023-09-28
结构标题 titleStructure of MAVS-CARD Filament
关键词 keywordsFilament, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier46.94 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron47.11 Å
零角强度 I(0) i01266500000.00
分子量 molecular_weight293750.0 kDa
排除体积 excluded_volume366600 ų
包络体积 envelope_volume509330 ų
水化壳体积 shell_volume90019 ų
包络直径 envelope_diameter168.3 Å
壳层 Rg shell_rg50.97 Å
包络 Rg envelope_rg46.75 Å
形状 Rg shape_rg47.14 Å
总 Rg total_rg47.18 Å
总原子数 total_atoms20670
残基数 n_residues2522
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax161.8 Å
Rg (实空间) rg_real47.15 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.45 Å
I(0) (实空间) i0_real1.2660e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.3490e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal46.94 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1266000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8382
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary47.6 Å
偏度 Skewness skewness0.525
峰度 Kurtosis kurtosis-0.199
角度范围 angular_range— – 0.1700 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha879700000.0000
实空间数据点数 n_real_points35
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.705; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.777
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)