8wo1

Cryo-EM Structure of Human TLR4/MD-2/DLAM5 Complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 140.4 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8wo1
沉积日期 deposition_date	2023-10-06
结构标题 title	Cryo-EM Structure of Human TLR4/MD-2/DLAM5 Complex
关键词 keywords	Innate immune system, Toll-like receptors, TLR4 agonist, Vaccine adjuvants, Disaccharide-based Lipid A Mimetics, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	41.41 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	41.21 Å
零角强度 I(0) i0	879313000.00
分子量 molecular_weight	164060.0 kDa
排除体积 excluded_volume	159950 Å³
包络体积 envelope_volume	309830 Å³
水化壳体积 shell_volume	63780 Å³
包络直径 envelope_diameter	146.0 Å
壳层 Rg shell_rg	45.73 Å
包络 Rg envelope_rg	40.63 Å
形状 Rg shape_rg	41.21 Å
总 Rg total_rg	41.38 Å
总原子数 total_atoms	12406
残基数 n_residues	1482
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	140.4 Å
Rg (实空间) rg_real	41.44 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.18 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.7930e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.6660e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	41.41 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	879300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8591
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	51.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.409
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.105
角度范围 angular_range	— – 0.1900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	58860000.0000
实空间数据点数 n_real_points	39
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.819; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.707

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (10)

Entity 1 polymer

描述 description	Toll-like receptor 4
分子量 formula_weight	68838.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	12406

EPCVEVVPNITYQCMELNFYKIPDNLPFSTKNLDLSFNPLRHLGSYSFFSFPELQVLDLSRCEIQTIEDGAYQSLSHLSTLILTGNPIQSLALGAFSGLSSLQKLVAVETNLASLENFPIGHLKTLKELNVAHNLIQSFKLPEYFSNLTNLEHLDLSSNKIQSIYCTDLRVLHQMPLLNLSLDLSLNPMNFIQPGAFKEIRLHKLTLRNNFDSLNVMKTCIQGLAGLEVHRLVLGEFRNEGNLEKFDKSALEGLCNLTIEEFRLAYLDYYLDDIIDLFNCLTNVSSFSLVSVTIERVKDFSYNFGWQHLELVNCKFGQFPTLKLKSLKRLTFTSNKGGNAFSEVDLPSLEFLDLSRNGLSFKGCCSQSDFGTTSLKYLDLSFNGVITMSSNFLGLEQLEHLDFQHSNLKQMSEFSVFLSLRNLIYLDISHTHTRVAFNGIFNGLSSLEVLKMAGNSFQENFLPDIFTELRNLTFLDLSQCQLEQLSPTAFNSLSSLQVLNMSHNNFFSLDTFPYKCLNSLQVLDYSLNHIMTSKKQELQHFPSSLAFLNLTQNDFACTCEHQSFLQWIKDQRQLLVEVERMECATPSDKQGMPVLSLNITCQMNK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 2 polymer

描述 description	Lymphocyte antigen 96
分子量 formula_weight	16385.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

QKQYWVCNSSDASISYTYCDKMQYPISINVNPCIELKGSKGLLHIFYIPRRDLKQLYFNLYITVNTMNLPKRKEVICRGSDDDYSFCRALKGETVNTTISFSFKGIKFSKGKYKCVVEAISGSPEEMLFCLEFVILHQPNSN

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 3 branched

描述 description	beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	586.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

Entity 4 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 6 non-polymer

描述 description	2-amino-2-deoxy-4-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	259.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 7 non-polymer

描述 description	(3R)-3-(dodecanoyloxy)tetradecanoic acid
分子量 formula_weight	426.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 8 non-polymer

描述 description	(3R)-3-(tetradecanoyloxy)tetradecanoic acid
分子量 formula_weight	454.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 9 non-polymer

描述 description	[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{S})-2-(hydroxymethyl)-5-methoxy-4,6-bis(oxidanyl)oxan-3-yl] dihydrogen phosphate
分子量 formula_weight	274.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 10 non-polymer

描述 description	(3~{S})-3-decanoyloxytetradecanoic acid
分子量 formula_weight	398.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.24 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	795271

fit	/app/data/saxs_computation/wo/8wo1/8wo1.fit
pddf	/app/data/pr_computation/wo/8wo1/8wo1.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/wo/8wo1/8wo1.dat

Cryo-EM Structure of Human TLR4/MD-2/DLAM5 Complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (10)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 branched

Entity 4 branched

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 non-polymer

Entity 9 non-polymer

Entity 10 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)