8wr2

Crystal Structure of Human Pyridoxal Kinase with bound Luteolin

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 88.5 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8wr2
沉积日期 deposition_date	2023-10-12
最后修订 last_revision	2024-03-20
结构标题 title	Crystal Structure of Human Pyridoxal Kinase with bound Luteolin
关键词 keywords	inhibitor, Luteolin, PDXK, Complex, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	26.66 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	25.59 Å
零角强度 I(0) i0	82863400.00
分子量 molecular_weight	71574.0 kDa
排除体积 excluded_volume	89778 Å³
包络体积 envelope_volume	105670 Å³
水化壳体积 shell_volume	33867 Å³
包络直径 envelope_diameter	89.7 Å
壳层 Rg shell_rg	33.75 Å
包络 Rg envelope_rg	25.81 Å
形状 Rg shape_rg	25.55 Å
总 Rg total_rg	26.55 Å
总原子数 total_atoms	5014
残基数 n_residues	616
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	88.5 Å
Rg (实空间) rg_real	26.63 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.55 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.2860e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0570e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	26.64 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	82860000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8753
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	32.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.387
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.214
角度范围 angular_range	— – 0.3000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	34560000.0000
实空间数据点数 n_real_points	61
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.797; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.986

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Pyridoxal kinase
分子量 formula_weight	35143.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,A
原子数 atom_count	5255

MEEECRVLSIQSHVIRGYVGNRAATFPLQVLGFEIDAVNSVQFSNHTGYAHWKGQVLNSDELQELYEGLRLNNMNKYDYVLTGYTRDKSFLAMVVDIVQELKQQNPRLVYVCDPVLGDKWDGEGSMYVPEDLLPVYKEKVVPLADIITPNQFEAELLSGRKIHSQEEALRVMDMLHSMGPDTVVITSSDLPSPQGSNYLIVLGSQRRRNPAGSVVMERIRMDIRKVDAVFVGTGDLFAAMLLAWTHKHPNNLKVACEKTVSTLHHVLQRTIQCAKAQAGEGVRPSPMQLELRMVQSKRDIEDPEIVVQATVL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 branched

描述 description	alpha-D-glucopyranose-(1-1)-alpha-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	342.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	2-(3,4-dihydroxyphenyl)-5,7-dihydroxy-4H-chromen-4-one
分子量 formula_weight	286.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	(4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL
分子量 formula_weight	118.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 6 non-polymer

描述 description	DIMETHYL SULFOXIDE
分子量 formula_weight	78.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	241

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	94.540 Å
晶胞边长 b length_b	116.110 Å
晶胞边长 c length_c	169.080 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	I 2 2 2
空间群编号 int_tables_number	23
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.940 Å
最低分辨率 resolution_low	47.480 Å
R 因子 r_factor	0.1850
R_work r_work	0.1837
R_free r_free	0.2089

fit	/app/data/saxs_computation/wr/8wr2/8wr2.fit
pddf	/app/data/pr_computation/wr/8wr2/8wr2.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/wr/8wr2/8wr2.dat