8wsa

Cryo-EM Structure of Mouse TLR4/MD-2/DLAM5 Complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 144.1 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8wsa
沉积日期 deposition_date	2023-10-17
结构标题 title	Cryo-EM Structure of Mouse TLR4/MD-2/DLAM5 Complex
关键词 keywords	Innate immune system, Toll-like receptors, TLR4 agonist, Vaccine adjuvants, Disaccharide-based lipid A mimetics, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	42.99 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	42.71 Å
零角强度 I(0) i0	837126000.00
分子量 molecular_weight	160270.0 kDa
排除体积 excluded_volume	156360 Å³
包络体积 envelope_volume	329350 Å³
水化壳体积 shell_volume	65336 Å³
包络直径 envelope_diameter	150.5 Å
壳层 Rg shell_rg	47.15 Å
包络 Rg envelope_rg	41.76 Å
形状 Rg shape_rg	42.72 Å
总 Rg total_rg	42.89 Å
总原子数 total_atoms	12132
残基数 n_residues	1462
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	144.1 Å
Rg (实空间) rg_real	42.99 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.39 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.3710e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.6060e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	42.99 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	837100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8581
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	54.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.371
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.157
角度范围 angular_range	— – 0.1850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	41880000.0000
实空间数据点数 n_real_points	38
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.808; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.727

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	Toll-like receptor 4
分子量 formula_weight	68651.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	12132

NPCIEVVPNITYQCMDQKLSKVPDDIPSSTKNIDLSFNPLKILKSYSFSNFSELQWLDLSRCEIETIEDKAWHGLHHLSNLILTGNPIQSFSPGSFSGLTSLENLVAVETKLASLESFPIGQLITLKKLNVAHNFIHSCKLPAYFSNLTNLVHVDLSYNYIQTITVNDLQFLRENPQVNLSLDMSLNPIDFIQDQAFQGIKLHELTLRGNFNSSNIMKTCLQNLAGLHVHRLILGEFKDERNLEIFEPSIMEGLCDVTIDEFRLTYTNDFSDDIVKFHCLANVSAMSLAGVSIKYLEDVPKHFKWQSLSIIRCQLKQFPTLDLPFLKSLTLTMNKGSISFKKVALPSLSYLDLSRNALSFSGCCSYSDLGTNSLRHLDLSFNGAIIMSANFMGLEELQHLDFQHSTLKRVTEFSAFLSLEKLLYLDISYTNTKIDFDGIFLGLTSLNTLKMAGNSFKDNTLSNVFANTTNLTFLDLSKCQLEQISWGVFDTLHRLQLLNMSHNNLLFLDSSHYNQLYSLSTLDCSFNRIETSKGILQHFPKSLAFFNLTNNSVACICEHQKFLQWVKEQKQFLVNVEQMTCATPVEMNTSLVLDFNNSTCYMYK

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 2 polymer

描述 description	Lymphocyte antigen 96
分子量 formula_weight	16411.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

EKQQWFCNSSDAIISYSYCDHLKFPISISSEPCIRLRGTNGFVHVEFIPRGNLKYLYFNLFISVNSIELPKRKEVLCHGHDDDYSFCRALKGETVNTSIPFSFEGILFPKGHYRCVAEAIAGDTEEKLFCLNFTIIHRRDVN

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 3 non-polymer

描述 description	2-amino-2-deoxy-4-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	259.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	(3~{S})-3-decanoyloxytetradecanoic acid
分子量 formula_weight	398.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	14

Entity 6 non-polymer

描述 description	(3R)-3-(dodecanoyloxy)tetradecanoic acid
分子量 formula_weight	426.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 7 non-polymer

描述 description	(3R)-3-(tetradecanoyloxy)tetradecanoic acid
分子量 formula_weight	454.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 8 non-polymer

描述 description	[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{S})-2-(hydroxymethyl)-5-methoxy-4,6-bis(oxidanyl)oxan-3-yl] dihydrogen phosphate
分子量 formula_weight	274.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.10 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	714161

fit	/app/data/saxs_computation/ws/8wsa/8wsa.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ws/8wsa/8wsa.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ws/8wsa/8wsa.dat

Cryo-EM Structure of Mouse TLR4/MD-2/DLAM5 Complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)