SAXSdb — 8wsu

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8wsu
沉积日期 deposition_date	2023-10-17
结构标题 title	Crystal structure of SFTSV Gc and antibody
关键词 keywords	Virus, Antibody, VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex; VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	46.95 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	47.85 Å
零角强度 I(0) i0	286737000.00
分子量 molecular_weight	134520.0 kDa
排除体积 excluded_volume	166680 Å³
包络体积 envelope_volume	244400 Å³
水化壳体积 shell_volume	47784 Å³
包络直径 envelope_diameter	180.2 Å
壳层 Rg shell_rg	44.18 Å
包络 Rg envelope_rg	47.99 Å
形状 Rg shape_rg	47.81 Å
总 Rg total_rg	47.84 Å
总原子数 total_atoms	9442
残基数 n_residues	1252
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	163.8 Å
Rg (实空间) rg_real	47.78 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.96 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.8670e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.1790e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	46.95 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	286400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7821
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	38.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.642
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.160
角度范围 angular_range	— – 0.1700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	15990000.0000
实空间数据点数 n_real_points	35
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.717; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.742; Smooth: 0.272

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Glycoprotein C
分子量 formula_weight	47204.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D
原子数 atom_count	9442

CDEMVHADSKLVSCRQGSGNMKECVTTGRALLPAVNPGQEACLHFTAPGSPDSKCLKIKVKRINLKCKKSSSYFVPDARSRCTSVRRCRWAGDCQSGCPPHFTSNSFSDDWAGKMDRAGLGFSGCSDGCGGAACGCFNAAPSCIFWRKWVENPHGIIWKVSPCVAWVPSAVIELTMPSGEVRTFHPMSGIPTQVFKGVSVTYLGSDMEVSGLTDLCEIEELKSKKLALAPCNQAGMGVVGKVGEIQCSSEESARTIKKDGCIWNADLVGIELRVDDAVCYSKITSVEAVANYSAIPTTIGGLRFERSHDSQGKISGSPLDITAIRGSFSVNYRGLRLSLSEITATCTGEVTNVSGCYSCMTGAKVSIKLHSSKNSTAHVRCKGDETAFSVLEGVHSYTVSLSFDHAVVDEQCQLNCGGHESQVTLKGNLIFLDHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	SFTS phlebovirus (isolate SFTSV/Human/China/HB29/2010)
通用名 common_name	Severe fever with thrombocytopenia virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	992212
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	Ab-H
分子量 formula_weight	23968.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E

QVQLVQSGGGVVKTGRSQRVSCATSGFTFSSYAIHWVRQAPGKGLEWVAVISYDGSNKYYADSVKGRFTISRDSSKNTVYLQMNSLRTEDTAVYYCARSQASWQAFDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	Ab-L
分子量 formula_weight	23144.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F

DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQGVGTDLAWYQQKPGKAPNRLIFAASNLQSGVPSRFSGSGSGTEFTLTISSLQPEDFATYYCLHHNSFPLAFGGGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	229.515 Å
晶胞边长 b length_b	72.053 Å
晶胞边长 c length_c	112.360 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	111.47 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	3.300 Å
最低分辨率 resolution_low	36.030 Å
R 因子 r_factor	0.2101
R_work r_work	0.2070
R_free r_free	0.2674

fit	/app/data/saxs_computation/ws/8wsu/8wsu.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ws/8wsu/8wsu.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ws/8wsu/8wsu.dat

Crystal structure of SFTSV Gc and antibody

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)