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8wzx

Cryo-EM structure of the hamster prion 23-144 fibril at pH 3.7

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 96.5 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Major prion protein

Mesocricetus auratus

UniProt P04273

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric（20） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 23–144 链 B； UniProt 23–144 链 C； UniProt 23–144 链 D； UniProt 23–144 链 E； UniProt 23–144 链 F； UniProt 23–144 链 G； UniProt 23–144 链 H； UniProt 23–144 链 I； UniProt 23–144 链 J； UniProt 23–144 链 K； UniProt 23–144 链 L； UniProt 23–144 链 M； UniProt 23–144 链 N； UniProt 23–144 链 O； UniProt 23–144 链 P； UniProt 23–144 链 Q； UniProt 23–144 链 R； UniProt 23–144 链 S； UniProt 23–144 链 T； UniProt 23–144 未记录 无其他共同聚合物 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 3.7；20 mM NaOAc, 140 mM NaCl cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.88 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8WZX Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1B10 SOLUTION NMR STRUCTURE OF RECOMBINANT SYRIAN HAMSTER PRION PROTEIN RPRP(90-231) , 25 STRUCTURES 提交 1998-11-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 90–231（142 aa） 片段：90 - 231
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 5.2；303 K；压力 1
分辨率未提供
2KKG NMR structure of the octarepeat region of prion protein bound to pentosan polysulfate 提交 2009-06-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 23–106（84 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 5；298 K；压力 ambient
NMR样品组成 0.5 mM [U-15N] octarepeats-1, 5 % [U-2H] D2O-2, 20 % [U-2H] DMSO-3, 20 mM pentosan polysulfate-4, 10 mM sodium acetate-5, 75 % H2O-6, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 0.5 mM [U-13C; U-15N] octarepeats-7, 5 % [U-2H] D2O-8, 20 % [U-2H] DMSO-9, 20 mM pentosan polysulfate-10, 10 mM sodium acetate-11, 75 % H2O-12, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 0.5 mM [U-13C; U-15N] octarepeats-13, 80 % [U-2H] D2O-14, 20 % [U-2H] DMSO-15, 20 mM pentosan polysulfate-16, 10 mM sodium acetate-17, 100% D2O | 100% D2O
分辨率未提供
2LH8 Syrian hamster prion protein with thiamine 提交 2011-08-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 125–228（104 aa） 片段：UNP residues 125-228
未记录 VIB 3-(4-AMINO-2-METHYL-PYRIMIDIN-5-YLMETHYL)-5-(2-HYDROXY-ETHYL)-4-METHYL-THIAZOL-3-IUM × 1 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.2；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.02；压力 ambient
NMR样品组成 0.3 mM [U-100% 15N] shPrP, 10 mM thiamine, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.5 mM shPrP, 12.5 mM thiamine, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.5 mM shPrP, 10 mM thiamine, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
3NVE MMHFGN segment 138-143 from Syrian Hamster prion 提交 2010-07-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 A 138–143（6 aa）
链 B 138–143（6 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；1.2 M Ammonium sulfate, 200 mM BisTris pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K
分辨率 1.70 Å R-free 0.269
4YXL Crystal structure of Syrian hamster prion protein complexed with POM1 FAB 提交 2015-03-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 90–232（143 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；25% PEG3350, 0.1 M BIS-TRIS, 0.2 M lithium sulphate
分辨率 2.60 Å R-free 0.310
7LNA Infectious mammalian prion fibril (263K scrapie) 提交 2021-02-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 90–231（142 aa）
链 B 90–231（142 aa）
链 C 90–231（142 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.14 Å
7YAT CryoEM tetra protofilament structure of the hamster prion 108-144 fibril 提交 2022-06-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric
链 A 119–143（25 aa）
链 B 119–143（25 aa）
链 C 119–143（25 aa）
链 D 119–143（25 aa）
链 E 119–143（25 aa）
链 F 119–143（25 aa）
链 G 119–143（25 aa）
链 H 119–143（25 aa）
链 I 119–143（25 aa）
链 J 119–143（25 aa）
链 K 119–143（25 aa）
链 L 119–143（25 aa）
链 M 119–143（25 aa）
链 N 119–143（25 aa）
链 O 119–143（25 aa）
链 P 119–143（25 aa）
链 Q 119–143（25 aa）
链 R 119–143（25 aa）
链 S 119–143（25 aa）
链 T 119–143（25 aa）
链 U 119–143（25 aa）
链 V 119–143（25 aa）
链 X 119–143（25 aa）
链 Y 119–143（25 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 3.7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.20 Å

共 7 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PRIO_MESAU
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 2–123； UniProt 23–144 作者链 B； PDB构建体 2–123； UniProt 23–144 作者链 C； PDB构建体 2–123； UniProt 23–144 作者链 D； PDB构建体 2–123； UniProt 23–144 作者链 E； PDB构建体 2–123； UniProt 23–144 作者链 F； PDB构建体 2–123； UniProt 23–144 作者链 G； PDB构建体 2–123； UniProt 23–144 作者链 H； PDB构建体 2–123； UniProt 23–144 作者链 I； PDB构建体 2–123； UniProt 23–144 作者链 J； PDB构建体 2–123； UniProt 23–144 作者链 K； PDB构建体 2–123； UniProt 23–144 作者链 L； PDB构建体 2–123； UniProt 23–144 作者链 M； PDB构建体 2–123； UniProt 23–144 作者链 N； PDB构建体 2–123； UniProt 23–144 作者链 O； PDB构建体 2–123； UniProt 23–144 作者链 P； PDB构建体 2–123； UniProt 23–144 作者链 Q； PDB构建体 2–123； UniProt 23–144 作者链 R； PDB构建体 2–123； UniProt 23–144 作者链 S； PDB构建体 2–123； UniProt 23–144 作者链 T； PDB构建体 2–123； UniProt 23–144

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8wzx

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8wzx
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8wzx
沉积日期 deposition_date2023-11-02
结构标题 titleCryo-EM structure of the hamster prion 23-144 fibril at pH 3.7
关键词 keywordsprion, 23-144, hamster, PrP, PROTEIN FIBRIL; PROTEIN FIBRIL
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier29.70 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron29.56 Å
零角强度 I(0) i0199598000.00
分子量 molecular_weight105180.0 kDa
排除体积 excluded_volume128340 ų
包络体积 envelope_volume148600 ų
水化壳体积 shell_volume41163 ų
包络直径 envelope_diameter101.9 Å
壳层 Rg shell_rg37.50 Å
包络 Rg envelope_rg30.19 Å
形状 Rg shape_rg29.65 Å
总 Rg total_rg29.83 Å
总原子数 total_atoms7300
残基数 n_residues1020
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax96.5 Å
Rg (实空间) rg_real29.73 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.61 Å
I(0) (实空间) i0_real1.9960e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.8170e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal29.72 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal199600000.0000
解质量估计 total_estimate0.8811
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary32.8 Å
偏度 Skewness skewness0.436
峰度 Kurtosis kurtosis-0.251
角度范围 angular_range— – 0.2650 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha39420000.0000
实空间数据点数 n_real_points54
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.850; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.902
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)