8x8a

Crystal structure of STBD1 LIR motif in complex with GABARAPL1

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 50.9 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein-like 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–117	未记录	Starch-binding domain-containing protein 1 × 1 （O95210）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；25% w/v Pentaerythritol Propoxylate (5/4 PO/OH), 0.1 M Sodium acetate pH 4.6, 0.05 M Magnesium chloride	分辨率 1.53 Å R-free 0.187

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8X8A	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2L8J GABARAPL-1 NBR1-LIR complex structure 提交 2011-01-17	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–115（114 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.1；压力 ambient NMR样品组成 0.6 mM [U-98% 15N] GABARAPL-1, 0.9 mM NBR1-LIR, 50 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 4.6 mM sodium azide, 1 mM protease inhibitor cocktail, 0.3 mM DSS, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 0.6 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] GABARAPL-1, 0.9 mM NBR1-LIR, 50 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 4.6 mM sodium azide, 1 mM protease inhibitor cocktail, 0.3 mM DSS, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 0.9 mM GABARAPL-1, 0.6 mM [U-98% 15N] NBR1-LIR, 50 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 4.6 mM sodium azide, 1 mM protease inhibitor cocktail, 0.3 mM DSS, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 0.9 mM GABARAPL-1, 0.6 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] NBR1-LIR, 50 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 4.6 mM sodium azide, 1 mM protease inhibitor cocktail, 0.3 mM DSS, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
2R2Q Crystal structure of human Gamma-Aminobutyric Acid Receptor-Associated Protein-like 1 (GABARAP1), Isoform CRA_a 提交 2007-08-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 3–111（109 aa）	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；291 K；25% PEG 3350, 0.2M Sodium chloride, 0.1M Hepes, 5% MPD, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K	分辨率 1.65 Å R-free 0.234
2R2Q Crystal structure of human Gamma-Aminobutyric Acid Receptor-Associated Protein-like 1 (GABARAP1), Isoform CRA_a 提交 2007-08-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 3–111（109 aa）	未记录	MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；291 K；25% PEG 3350, 0.2M Sodium chloride, 0.1M Hepes, 5% MPD, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K	分辨率 1.65 Å R-free 0.234
5DPT Crystal structure of PLEKHM1 LIR-fused human GABARAPL1_2-117 提交 2015-09-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–117（116 aa）片段：UNP Q9Y4G2 627-638, UNP Q9H0R8 2-117	未记录	MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；278 K；20% w/v Polyethylene glycol 3,350, 0.2 M NaCl, 8% MPD pH 7.2	分辨率 2.90 Å R-free 0.260
5DPT Crystal structure of PLEKHM1 LIR-fused human GABARAPL1_2-117 提交 2015-09-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 2–117（116 aa）片段：UNP Q9Y4G2 627-638, UNP Q9H0R8 2-117	未记录	MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；278 K；20% w/v Polyethylene glycol 3,350, 0.2 M NaCl, 8% MPD pH 7.2	分辨率 2.90 Å R-free 0.260
5LXH GABARAP-L1 ATG4B LIR Complex 提交 2016-09-21	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–117（117 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.17 M AMSO4, 40 % PEG 4000, 15 % glycerol	分辨率 1.58 Å R-free 0.237
5LXH GABARAP-L1 ATG4B LIR Complex 提交 2016-09-21	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–117（117 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 3 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.17 M AMSO4, 40 % PEG 4000, 15 % glycerol	分辨率 1.58 Å R-free 0.237
5LXH GABARAP-L1 ATG4B LIR Complex 提交 2016-09-21	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–117（117 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 3 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.17 M AMSO4, 40 % PEG 4000, 15 % glycerol	分辨率 1.58 Å R-free 0.237
5LXI GABARAP-L1 ATG4B LIR Complex 提交 2016-09-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–117（117 aa）链 D 1–117（117 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 3 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 PER PEROXIDE ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M MgCl2, 24.6 % PEG 400, 29.5 % PEG 8000, 0.1M TRIS 8.5	分辨率 1.44 Å R-free 0.230
6HOI Structure of Beclin1 LIR motif bound to GABARAPL1 提交 2018-09-17	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–117（117 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M sodium acetate, 0.1M Hepes pH 7.5, 12% PEG 4000	分辨率 1.14 Å R-free 0.166
6HOI Structure of Beclin1 LIR motif bound to GABARAPL1 提交 2018-09-17	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–117（117 aa）	未记录	ACT ACETATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M sodium acetate, 0.1M Hepes pH 7.5, 12% PEG 4000	分辨率 1.14 Å R-free 0.166
6HOL Structure of ATG14 LIR motif bound to GABARAPL1 提交 2018-09-17	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–117（117 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；289 K；1M LiCl, 0.1M HEPES pH7, 20% PEG 6000	分辨率 1.40 Å R-free 0.203
6HOL Structure of ATG14 LIR motif bound to GABARAPL1 提交 2018-09-17	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–117（117 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；289 K；1M LiCl, 0.1M HEPES pH7, 20% PEG 6000	分辨率 1.40 Å R-free 0.203
6YOO Structure of SAMM50 LIR bound to GABARAPL1 提交 2020-04-14	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–117（117 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 ZN ZINC ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；24% w/v PEG 6000, 10 mM ZnCl2 and 0.1 M Tris pH 7.5	分辨率 1.06 Å R-free 0.147
7AA7 Structure of SCOC pS12/pS18 LIR motif bound to GABARAPL1 提交 2020-09-03	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–117（117 aa）	未记录	SAT sulfoacetic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；0.1M MES pH 6.5, 3.5M AMSO4, 1% MPD	分辨率 1.45 Å R-free 0.189
7AA7 Structure of SCOC pS12/pS18 LIR motif bound to GABARAPL1 提交 2020-09-03	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–117（117 aa）	未记录	SAT sulfoacetic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；0.1M MES pH 6.5, 3.5M AMSO4, 1% MPD	分辨率 1.45 Å R-free 0.189
7AA9 Structure of SCOC pT13/pT15 LIR motif bound to GABARAPL1 提交 2020-09-03	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–117（117 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20% PEG 1500 0.1M TRIS 8	分辨率 1.72 Å R-free 0.261
7AA9 Structure of SCOC pT13/pT15 LIR motif bound to GABARAPL1 提交 2020-09-03	实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–117（117 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20% PEG 1500 0.1M TRIS 8	分辨率 1.72 Å R-free 0.261
7AA9 Structure of SCOC pT13/pT15 LIR motif bound to GABARAPL1 提交 2020-09-03	实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1–117（117 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20% PEG 1500 0.1M TRIS 8	分辨率 1.72 Å R-free 0.261
7AA9 Structure of SCOC pT13/pT15 LIR motif bound to GABARAPL1 提交 2020-09-03	实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 1–117（117 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20% PEG 1500 0.1M TRIS 8	分辨率 1.72 Å R-free 0.261
7AA9 Structure of SCOC pT13/pT15 LIR motif bound to GABARAPL1 提交 2020-09-03	实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 I 1–117（117 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20% PEG 1500 0.1M TRIS 8	分辨率 1.72 Å R-free 0.261
7AA9 Structure of SCOC pT13/pT15 LIR motif bound to GABARAPL1 提交 2020-09-03	实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 K 1–117（117 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20% PEG 1500 0.1M TRIS 8	分辨率 1.72 Å R-free 0.261
7JHX Crystal structure of hEPG5 LIR/GABARAPL1 complex 提交 2020-07-21	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–117（117 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；0.2 M ammonium sulfate, 0.1 MES buffer pH 5.5, 29% (w/v) PEG 4000	分辨率 1.91 Å R-free 0.245
7JHX Crystal structure of hEPG5 LIR/GABARAPL1 complex 提交 2020-07-21	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–117（117 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；0.2 M ammonium sulfate, 0.1 MES buffer pH 5.5, 29% (w/v) PEG 4000	分辨率 1.91 Å R-free 0.245
9HGC Crystal structure of human GABARAPL1 in complex with cyclic peptide GAB_D8 提交 2024-11-19	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–117（117 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；0.17 M ammonium sulfate, 25.5% PEG 4000, 15% glycerol	分辨率 2.52 Å R-free 0.259
9HGC Crystal structure of human GABARAPL1 in complex with cyclic peptide GAB_D8 提交 2024-11-19	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–117（117 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；0.17 M ammonium sulfate, 25.5% PEG 4000, 15% glycerol	分辨率 2.52 Å R-free 0.259
9HGC Crystal structure of human GABARAPL1 in complex with cyclic peptide GAB_D8 提交 2024-11-19	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1–117（117 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；0.17 M ammonium sulfate, 25.5% PEG 4000, 15% glycerol	分辨率 2.52 Å R-free 0.259
9HGC Crystal structure of human GABARAPL1 in complex with cyclic peptide GAB_D8 提交 2024-11-19	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 1–117（117 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；0.17 M ammonium sulfate, 25.5% PEG 4000, 15% glycerol	分辨率 2.52 Å R-free 0.259
9JF2 Crystal structure of GABARAPL1 in complex with ATG16L1 提交 2024-09-03	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–117（117 aa）	未记录	MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；289 K；0.1 M Sodium cacodylate (pH 6.5), 40% v/v MPD, 5% w/v PEG 8000	分辨率 1.76 Å R-free 0.215
9JF2 Crystal structure of GABARAPL1 in complex with ATG16L1 提交 2024-09-03	实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–117（117 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；289 K；0.1 M Sodium cacodylate (pH 6.5), 40% v/v MPD, 5% w/v PEG 8000	分辨率 1.76 Å R-free 0.215

共 13 个其他 PDB 条目、30 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GBRL1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–117； UniProt 1–117

Starch-binding domain-containing protein 1

Homo sapiens

UniProt O95210

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 200–210	片段：LIR motif	Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein-like 1 × 1 （Q9H0R8）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；25% w/v Pentaerythritol Propoxylate (5/4 PO/OH), 0.1 M Sodium acetate pH 4.6, 0.05 M Magnesium chloride	分辨率 1.53 Å R-free 0.187

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 8X8A	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
8X8K Crystal structure of STBD1 CBM20 domain in complex with maltotetraose 提交 2023-11-27	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 260–358（99 aa）片段：CBM20 domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.09 M Halogens (0.3M Sodium fluoride; 0.3M Sodium bromide; 0.3M Sodium iodide), 0.1 M Buffer System 1 (Imidazole; MES (acid) pH 6.5), 37.5% v/v Precipitant Mix 4 (25% v/v MPD (racemic); 25% PEG 1000; 25% w/v PEG 3350)	分辨率 2.10 Å R-free 0.226
8X8K Crystal structure of STBD1 CBM20 domain in complex with maltotetraose 提交 2023-11-27	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 260–358（99 aa）片段：CBM20 domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.09 M Halogens (0.3M Sodium fluoride; 0.3M Sodium bromide; 0.3M Sodium iodide), 0.1 M Buffer System 1 (Imidazole; MES (acid) pH 6.5), 37.5% v/v Precipitant Mix 4 (25% v/v MPD (racemic); 25% PEG 1000; 25% w/v PEG 3350)	分辨率 2.10 Å R-free 0.226
8X8K Crystal structure of STBD1 CBM20 domain in complex with maltotetraose 提交 2023-11-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 260–358（99 aa）片段：CBM20 domain	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.09 M Halogens (0.3M Sodium fluoride; 0.3M Sodium bromide; 0.3M Sodium iodide), 0.1 M Buffer System 1 (Imidazole; MES (acid) pH 6.5), 37.5% v/v Precipitant Mix 4 (25% v/v MPD (racemic); 25% PEG 1000; 25% w/v PEG 3350)	分辨率 2.10 Å R-free 0.226
8X8K Crystal structure of STBD1 CBM20 domain in complex with maltotetraose 提交 2023-11-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 260–358（99 aa）片段：CBM20 domain	未记录	GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.09 M Halogens (0.3M Sodium fluoride; 0.3M Sodium bromide; 0.3M Sodium iodide), 0.1 M Buffer System 1 (Imidazole; MES (acid) pH 6.5), 37.5% v/v Precipitant Mix 4 (25% v/v MPD (racemic); 25% PEG 1000; 25% w/v PEG 3350)	分辨率 2.10 Å R-free 0.226

共 1 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	STBD1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 5–15； UniProt 200–210

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8x8a
沉积日期 deposition_date	2023-11-27
最后修订 last_revision	2024-09-18
结构标题 title	Crystal structure of STBD1 LIR motif in complex with GABARAPL1
关键词 keywords	STBD1, LIR, GABARAPL1, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	15.70 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	14.29 Å
零角强度 I(0) i0	4488270.00
分子量 molecular_weight	15469.0 kDa
排除体积 excluded_volume	19495 Å³
包络体积 envelope_volume	21749 Å³
水化壳体积 shell_volume	12890 Å³
包络直径 envelope_diameter	50.6 Å
壳层 Rg shell_rg	20.14 Å
包络 Rg envelope_rg	14.67 Å
形状 Rg shape_rg	14.26 Å
总 Rg total_rg	15.57 Å
总原子数 total_atoms	1096
残基数 n_residues	130
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	50.9 Å
Rg (实空间) rg_real	15.59 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.24 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.4880e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.6240e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	15.61 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	4488000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8765
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	21.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.138
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.296
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1142000.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.806; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.974

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein-like 1
分子量 formula_weight	14068.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1285

MKFQYKEDHPFEYRKKEGEKIRKKYPDRVPVIVEKAPKARVPDLDKRKYLVPSDLTVGQFYFLIRKRIHLRPEDALFFFVNNTIPPTSATMGQLYEDNHEEDYFLYVAYSDESVYGK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Starch-binding domain-containing protein 1
分子量 formula_weight	2026.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GPGSHEEWEMVPRHSGSGS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	144

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	100.395 Å
晶胞边长 b length_b	100.395 Å
晶胞边长 c length_c	100.395 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	I 2 3
空间群编号 int_tables_number	197
晶系 crystal_system	cubic

分辨率 resolution	1.530 Å
最低分辨率 resolution_low	25.100 Å
R 因子 r_factor	0.1735
R_work r_work	0.1727
R_free r_free	0.1868

fit	/app/data/saxs_computation/x8/8x8a/8x8a.fit
pddf	/app/data/pr_computation/x8/8x8a/8x8a.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/x8/8x8a/8x8a.dat

Crystal structure of STBD1 LIR motif in complex with GABARAPL1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein-like 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Starch-binding domain-containing protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)