SAXSdb — 8xih

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8xih
沉积日期 deposition_date	2023-12-19
最后修订 last_revision	2024-12-25
结构标题 title	protein-DNA complex
关键词 keywords	DNA, protein, DNA BINDING PROTEIN/DNA, DNA BINDING PROTEIN-DNA complex; DNA BINDING PROTEIN/DNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	36.75 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	36.62 Å
零角强度 I(0) i0	387622000.00
分子量 molecular_weight	161900.0 kDa
排除体积 excluded_volume	203480 Å³
包络体积 envelope_volume	273630 Å³
水化壳体积 shell_volume	60929 Å³
包络直径 envelope_diameter	122.0 Å
壳层 Rg shell_rg	44.04 Å
包络 Rg envelope_rg	36.21 Å
形状 Rg shape_rg	36.62 Å
总 Rg total_rg	37.10 Å
总原子数 total_atoms	11418
残基数 n_residues	1345
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	117.5 Å
Rg (实空间) rg_real	36.61 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.93 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.8760e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.2690e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	36.70 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	387700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8905
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	46.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.239
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.388
角度范围 angular_range	— – 0.2150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	90600000.0000
实空间数据点数 n_real_points	44
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.897; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.884

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Piwi domain-containing protein
分子量 formula_weight	91915.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	11418

MKDHILNLYRIDNLSELDFSYKLIDFDLSFIAGKEELLNKQLQKIAEEVSSVTKGPTAVLKRNQRFFVAVPADKQMEDRSIDGIPFSIPIKLLPEVYRIDSKDIQGHQLDVVYKFLDYEIRRQLGQHRDLWKLNTHQFFLREPMKGIQGSINVFEGFTYKLARLADGHFYVTLDLSTKYIDKYCLSHYINEGNVRTFENNYKGRRFLYLNGDNWYTIELLGFGKSVKEQDFIREGTTYNVLNYITEKIEHSRTDLKRYVKPNDLSMSYTYPGRTMDPHSGATSLARMLYNTKDERVKSLHYLSIKGPSKRFEAINNYISSYFKNLKFNAGKLLISNEPLVEKIKNFWIPELLFNNNRRLKITGFNSGMRDFAYQRKQLIKNNGVLNRTSFDVQYLLVPDEQYMDANLVEGFKNNAEFLIKKLAPAFDKFIIIRYPVKSCTSASVQIQEIEKVLHRRNALHGFALVVLPDLDAFSPAFLKTFHELLKSKFYPDLKVQCASAHNISSFFKPFSTAGNNGIVEYRVVEALKGRFSSYLFYLVLEHLIVNRKWPYALAKNLFYDIYIGIDVHDRHAGFTFFFKNGEQIIFHPEEVPQKTNSQRVEKVRAKTLNKVIYEKLKLYIPLFAPNPNGIVIVRDGRSFGVEYKALQAAINTLAAEGIVNKDTVKYGVVDLHKQSSVPIRIAAKTNSYDQLENPVAGSYKLVSPKEGFIFSTGYPFDIKGTSRPLNLSMKEGDLDFMKVMEDVFCQIMLAFSAPDKSNFLPVIIKLIDTLLEPLTATRETADEAEEDEEEMMDIN

来源 Source

来源生物 organism	Mucilaginibacter paludis DSM 18603
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	714943
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PTPGPAPGPGPTPAPA)-3') ;
分子量 formula_weight	2490.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	G

TGAGGTAA

Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PTPGPAPGPGPTPAPGPTPAPAPTPTPTPGPT)-3') ;
分子量 formula_weight	5024.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	H

TGAGGTAGTAGGTTGT

Entity 4 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PAPTPAPAPAPAP*A)-3') ;
分子量 formula_weight	2138.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E

ATAAAAA

Entity 5 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

▶

7. 引用文献 (1)

▶

分辨率 resolution	3.20 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	274970

fit	/app/data/saxs_computation/xi/8xih/8xih.fit
pddf	/app/data/pr_computation/xi/8xih/8xih.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/xi/8xih/8xih.dat

protein-DNA complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)