SAXSdb — 8xk8

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8xk8
沉积日期 deposition_date	2023-12-22
结构标题 title	N1D10 Fab bound to SFTSV glycoprotein-Gn
关键词 keywords	glycoprotein, Gn, Fab, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	40.52 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	39.95 Å
零角强度 I(0) i0	409550000.00
分子量 molecular_weight	162360.0 kDa
排除体积 excluded_volume	201740 Å³
包络体积 envelope_volume	265840 Å³
水化壳体积 shell_volume	55274 Å³
包络直径 envelope_diameter	129.9 Å
壳层 Rg shell_rg	45.69 Å
包络 Rg envelope_rg	39.27 Å
形状 Rg shape_rg	39.88 Å
总 Rg total_rg	40.47 Å
总原子数 total_atoms	11394
残基数 n_residues	1478
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	129.5 Å
Rg (实空间) rg_real	40.48 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.10 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.0960e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.9940e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	40.52 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	409600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8925
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	49.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.242
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.534
角度范围 angular_range	— – 0.1950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	29660000.0000
实空间数据点数 n_real_points	40
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.952; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.749

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Envelopment polyprotein
分子量 formula_weight	39524.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	11394

MMKVIWFSSLICLVIQCGGDTGPIICAGPIHSNKSADIPHLLGYSEKICQIDRLIHVSSWLRNHSQFQGYVGQRGGRSQVSYYPAENSYSRWSGLLSPCDADWLGMLVVKKAKGSDMIVPGPSYKGKVFFERPTFDGYVGWGCGSGKSRTESGELCSSDSRTSSGLLPSDRVLWIGDVACQPMTPIPEETFLELKSFSQSEFPDICKIDGIVFNQCEGESLPQPFDVAWMDVGHSHKIIMREHKTKWVQESSSKDFVCYKEGTGPCSESEEKTCKTSGSCRGDMQFCKVAGCEHGEEASEAKCRCSLVHKPGEVVVSYGGMRVRPKCYGFSRMMATLEVSGSTLEVLFQGPHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Severe fever with thrombocytopenia syndrome virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1003835
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 2 polymer

描述 description	mAb N1D10 Fab heavy chain
分子量 formula_weight	26368.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,C

MGWSCIILFLVATATGVHSEVKLVESGGGLVQPGGSLKLSCAASGFTFSTYTMSWVRQTPEKRLEWVAYISNGGGSTYYPDTVKGRFTISRDNAKNTLYLQMSSLNSEDTAMYYCARSYGNFDVWGAGTTVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	mAb N1D10 Fab light chain
分子量 formula_weight	26020.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,D

MGWSCIILFLVATATGVHSDVVMTQTPLSLPVSFGDQVSISCRSSQSLANSYGNTYLSWYLHKPGQSPQLLIYGISKRFSGVPDRFSGSGSGTDFTLKISTIKPEDLGMYYCLQGTHQPWTFGGGTKLEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	84.124 Å
晶胞边长 b length_b	111.909 Å
晶胞边长 c length_c	87.856 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	94.33 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	3
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.530 Å
最低分辨率 resolution_low	20.690 Å
R 因子 r_factor	0.2539
R_work r_work	0.2499
R_free r_free	0.3239

fit	/app/data/saxs_computation/xk/8xk8/8xk8.fit
pddf	/app/data/pr_computation/xk/8xk8/8xk8.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/xk/8xk8/8xk8.dat

N1D10 Fab bound to SFTSV glycoprotein-Gn

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)