8xq2

Crystal structure of spleen tyrosine kinase(SYK)in complex with SKI-G-1693

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 102.7 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tyrosine-protein kinase SYK

Homo sapiens

UniProt P43405

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 356–635 链 B; UniProt 356–635 片段:PROTEIN KINASE DOMAIN, RESIDUES 356-635 GOL GLYCEROL × 1 A1LV7 cyclopropyl-[1-(2-fluoranylethyl)-5-[[4-[4-[[(3~{R},4~{S})-3-methoxy-4-oxidanyl-pyrrolidin-1-yl]methyl]-3-methyl-pyrazol-1-yl]pyrimidin-2-yl]amino]indol-3-yl]methanone × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;0.1M tris-HCl pH 8.5, 10% PEG 3350 分辨率 1.80 Å R-free 0.238

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 92 个其他 PDB 条目、134 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 KSYK_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–280; UniProt 356–635 作者链 B; PDB构建体 1–280; UniProt 356–635

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8xq2

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8xq2
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8xq2
沉积日期 deposition_date2024-01-04
最后修订 last_revision2025-01-15
结构标题 titleCrystal structure of spleen tyrosine kinase(SYK)in complex with SKI-G-1693
关键词 keywordsSIGNALING PROTEIN-Inhibitor complex, SIGNALING PROTEIN-INHIBITOR; SIGNALING PROTEIN-INHIBITOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier29.43
回转半径 Rg (电子) rg_electron29.30
零角强度 I(0) i0115784000.00
分子量 molecular_weight57645.0 kDa
排除体积 excluded_volume56099 ų
包络体积 envelope_volume96390 ų
水化壳体积 shell_volume28975 ų
包络直径 envelope_diameter107.3
壳层 Rg shell_rg34.47
包络 Rg envelope_rg29.54
形状 Rg shape_rg29.30
总 Rg total_rg29.67
总原子数 total_atoms4354
残基数 n_residues524
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax102.7
Rg (实空间) rg_real29.68
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.05
I(0) (实空间) i0_real1.1580e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.7440e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal29.58
I(0) (倒空间) i0_reciprocal115800000.0000
解质量估计 total_estimate0.7506
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary26.6
偏度 Skewness skewness0.558
峰度 Kurtosis kurtosis-0.291
角度范围 angular_range— – 0.2700 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha24440000.0000
实空间数据点数 n_real_points55
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.669; Stabil: 0.996; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.760; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)