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8y31

The crystal structure of the QX006N-Fab/IFNAR1-SD123 complex

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 110.5 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Interferon alpha/beta receptor 1

Homo sapiens

UniProt P17181

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 E； UniProt 1–333 未记录 QX006N-Fab-LC × 1 QX006N-Fab-HC × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：EVAPORATION, RECRYSTALLIZATION；289 K；8%(w/v) PEG3350 50 mM Na-Citrate pH 5.5, 100 mM (NH4)2Citrate, 250 mM NaCl, 5 mM Hexadecyltrimethylammonium Bromide 分辨率 2.68 Å R-free 0.239
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 F； UniProt 1–333 未记录 QX006N-Fab-LC × 1 QX006N-Fab-HC × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：EVAPORATION, RECRYSTALLIZATION；289 K；8%(w/v) PEG3350 50 mM Na-Citrate pH 5.5, 100 mM (NH4)2Citrate, 250 mM NaCl, 5 mM Hexadecyltrimethylammonium Bromide 分辨率 2.68 Å R-free 0.239

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8Y31 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3S98 human IFNAR1 提交 2011-06-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 30–332（303 aa） 片段：UNP Residues 30-332
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 298 K；20% (w/v) PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.90 Å R-free 0.234
3SE3 human IFNa2-IFNAR ternary complex 提交 2011-06-10 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 28–436（409 aa） 片段：IFNa2(YNS) (UNP Residues 28-436)
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；293 K；15% (w/v) PEG 3350, 100 mM Na malonate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 4.00 Å R-free 0.311
3SE4 human IFNw-IFNAR ternary complex 提交 2011-06-10 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 28–436（409 aa） 片段：IFNw (UNP Residues 28-436)
突变：N101Q NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；293 K；19% (w/v) PEG 3350, 100 mM Ammonium sulfate, 100 mM Bis-Tris pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 3.50 Å R-free 0.288
4PO6 Crystal structure of the human TYK2 FERM and SH2 domains with an IFNAR1 intracellular peptide 提交 2014-02-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 478–507（30 aa） 片段：unp residues 475-507
未记录 GOL GLYCEROL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；293 K；0.1 M Tris HCl pH 7.0, 0.2 M MgCl2, and 8-12% PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.99 Å R-free 0.234

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 INAR1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 E； PDB构建体 1–333； UniProt 1–333 作者链 F； PDB构建体 1–333； UniProt 1–333

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8y31

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8y31
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8y31
沉积日期 deposition_date2024-01-28
最后修订 last_revision2024-12-04
结构标题 titleThe crystal structure of the QX006N-Fab/IFNAR1-SD123 complex
关键词 keywordsIFNAR1, QX006N, the QX006N-Fab-IFNAR1-SD123 complex, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier34.44 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron33.72 Å
零角强度 I(0) i0215418000.00
分子量 molecular_weight117250.0 kDa
排除体积 excluded_volume146460 ų
包络体积 envelope_volume196390 ų
水化壳体积 shell_volume48168 ų
包络直径 envelope_diameter114.6 Å
壳层 Rg shell_rg40.98 Å
包络 Rg envelope_rg33.11 Å
形状 Rg shape_rg33.71 Å
总 Rg total_rg34.32 Å
总原子数 total_atoms8262
残基数 n_residues1076
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax110.5 Å
Rg (实空间) rg_real34.34 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.59 Å
I(0) (实空间) i0_real2.1540e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.2450e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal34.41 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal215400000.0000
解质量估计 total_estimate0.6720
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary43.2 Å
偏度 Skewness skewness0.235
峰度 Kurtosis kurtosis-0.398
角度范围 angular_range— – 0.2300 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha26430000.0000
实空间数据点数 n_real_points47
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.909; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.038; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.897
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)