8y9v

ZIKV NS2B/NS3 protease

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 79.4 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Serine protease subunit NS2B

Zika virus

UniProt H8XX12

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1411–1462 未记录 Serine protease NS3 × 1 (Q32ZE1) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;300 K;PEG 20% 2000, ammonium sulfate 0.2 M, sodium acetate trihydrate 0.1 M 分辨率 1.90 Å R-free 0.248
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1411–1462 未记录 Serine protease NS3 × 1 (Q32ZE1) DAR-LYS-ORN-ARG × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;300 K;PEG 20% 2000, ammonium sulfate 0.2 M, sodium acetate trihydrate 0.1 M 分辨率 1.90 Å R-free 0.248

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 9 个其他 PDB 条目、24 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 H8XX12_ZIKV
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 2–53; UniProt 1411–1462 作者链 C; PDB构建体 2–53; UniProt 1411–1462

Serine protease NS3

Zika virus

UniProt Q32ZE1

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1516–1668 未记录 Serine protease subunit NS2B × 1 (H8XX12) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;300 K;PEG 20% 2000, ammonium sulfate 0.2 M, sodium acetate trihydrate 0.1 M 分辨率 1.90 Å R-free 0.248
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 1511–1671 未记录 Serine protease subunit NS2B × 1 (H8XX12) DAR-LYS-ORN-ARG × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;300 K;PEG 20% 2000, ammonium sulfate 0.2 M, sodium acetate trihydrate 0.1 M 分辨率 1.90 Å R-free 0.248

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 263 个其他 PDB 条目、301 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 POLG_ZIKV
Isoform
PDB实体 2, 3
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–153; UniProt 1516–1668 作者链 D; PDB构建体 1–161; UniProt 1511–1671

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8y9v

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8y9v
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8y9v
沉积日期 deposition_date2024-02-07
最后修订 last_revision2024-02-28
结构标题 titleZIKV NS2B/NS3 protease
关键词 keywordsZIKV, NS2B/NS3 protease, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier23.78
回转半径 Rg (电子) rg_electron23.08
零角强度 I(0) i029516400.00
分子量 molecular_weight41224.0 kDa
排除体积 excluded_volume51452 ų
包络体积 envelope_volume62657 ų
水化壳体积 shell_volume23096 ų
包络直径 envelope_diameter81.3
壳层 Rg shell_rg29.58
包络 Rg envelope_rg23.26
形状 Rg shape_rg23.04
总 Rg total_rg23.99
总原子数 total_atoms2904
残基数 n_residues385
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax79.4
Rg (实空间) rg_real23.80
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.55
I(0) (实空间) i0_real2.9520e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.4280e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal23.80
I(0) (倒空间) i0_reciprocal29520000.0000
解质量估计 total_estimate0.7164
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary24.8
偏度 Skewness skewness0.371
峰度 Kurtosis kurtosis-0.440
角度范围 angular_range— – 0.3350 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha12190000.0000
实空间数据点数 n_real_points65
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.840; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.286; Positv: 1.000; Valcen: 0.943; Smooth: 0.989

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)