SAXSdb — 8yf5

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8yf5
沉积日期 deposition_date	2024-02-24
结构标题 title	Cryo EM structure of Komagataella phaffii Rat1-Rai1-Rtt103 complex
关键词 keywords	transcription termination, RNA polymerase II, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	49.18 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	48.54 Å
零角强度 I(0) i0	951084000.00
分子量 molecular_weight	261670.0 kDa
排除体积 excluded_volume	329750 Å³
包络体积 envelope_volume	466780 Å³
水化壳体积 shell_volume	80254 Å³
包络直径 envelope_diameter	157.9 Å
壳层 Rg shell_rg	52.27 Å
包络 Rg envelope_rg	47.34 Å
形状 Rg shape_rg	48.52 Å
总 Rg total_rg	48.75 Å
总原子数 total_atoms	18476
残基数 n_residues	2250
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	162.5 Å
Rg (实空间) rg_real	49.01 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.32 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.5110e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.6960e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	49.18 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	951300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8981
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	60.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.171
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.601
角度范围 angular_range	— – 0.1600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	147700000.0000
实空间数据点数 n_real_points	33
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.913; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.934

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	;5'-3' exoribonuclease ;
分子量 formula_weight	115314.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.13.-
突变 mutation	D233A, D235A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	18476

MGVPALFRWLSRKYPKIISPVIQDEDVDIDGESRPTRYEDPNPNGELDNLYLDMNGIVHPCSHPEHKPVPETEDEMMLDVFAYTENVIMMARPRKVIYIAVDGVAPRAKMNQQRSRRFRSAQDAKDANEKKAAELKEMEKKGEIIDDAIKNKKTWDSNAITPGTPFMHRLADSLRYWAAYKLTTDPGWSGIEVIISDASVPGEGEHKIMSYVRSLRSSPKHDPNTTHCIYGLAAALIFLGLATHEPHFKILREDVFAQDKKSYSLQDQLRMTDIERQELKDKKTPFLWLHLNILREYLQIELNVPGLSFPFDLEKSIDDWVFICFFCGNDFLPHLPSLDVRDNSITTLVTIWKQILPTMKGYLTTDGYLNLPAVERLLAELAKKEDYIFRKRYEDEKRSLENQKRRKLAQEQSSARSQNAPNISTGKDKAPLTPNQNIPLYTTSGESVGIKMTDSEMVNNSALITKANEANKSIAELLKQNLQNEINKKRKISNEEQEVVKESVEEVVEEEDDVLVTSDPEDSSTEILIPKNEEIRLWEPGYRKRYYETKFHTKDPQKVKKIARNMVQKYIEGVSWVLLYYYQGCPSWNWYYPYHYAPFAADFVNLSELKIEFVEGTPFRPYEQLMSVLPAASSHNLPDVFRSLMSDANSEIIDFYPEEFPLDMNGKKVIWQAIPLLPFIDENRLLKAVQSKYDQLTEDEKFRNTNRSEILVLGRSHSHYPTLVKELYEEGKDSYEFQVDSSGVSGVAIKLQSFDRSGVLRLPVKQLEGYRHYPDISNRDFLMVEFKQLPKSHAKSMILSGLIPHLRRLTQEDKDSILYGGTNFYGRNRFSPEENADFKQYIGPHGKSQYLPRQGGYKAFIQIHSDEAKGHRHGIYHGGSHTETEFRRGGGYHQHGNRGGRGGYQGNQGYQANSGGYQNSYQGSYQGGYRGGYQGGSQGRYQAGYQSGYQGGYQGEYKNGYQGGYQGNQGNQGYNRQTYNASKSGTLPMKRRHNSGPSSGLEVLFQ

来源 Source

来源生物 organism	Komagataella phaffii
通用名 common_name	Yeast, Pichia pastoris
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	460519
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	Decapping nuclease
分子量 formula_weight	44596.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.1.-
突变 mutation	E213A, D215A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

GPGMSKEKILPLAARSKKAMLRQPKQVAYFSRDLNYKTHPDRSNLSYYYLPDGDIDNSIDLSVGSKHFLLGDSVELSKLDPILLALKEIEKESGAKTKDRIITWRGIMRKLLTLPYDSEEDFVLDVVSFDGQLFIQFNVPYLKSKDVQKQGDTEFHKKLQFSGYKFEKMATLPKPWPECTRKEIDSRAKSKCNNIEQYGAIVRTGISRIKILIGGAVACTADYYDENDPLSRYIELKTTRTINQYKDMIAFEKKLFRTWAQCFLLGIPKIIYGFRDDNCILRTVEEFSTNDIPLMVKNNPLNEQPKKENCYMSSINFYGAVVEWLNESVKDDQVWKLSYAKRNRQYLVLKEVTDENEKQQIVDSAIPAWFKEWRSELRNSEGNI

来源 Source

来源生物 organism	Komagataella phaffii
通用名 common_name	Yeast, Pichia pastoris
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	460519
宿主生物 host_organism	Escherichia coli KRX

Entity 3 polymer

描述 description	Exonuclease Rat1p and Rai1p interacting protein
分子量 formula_weight	42272.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MSYSKDIVLEKLASLEETQISIQSIGQWCLFHHRHAPETVAIWSEFVGSTQTKKLAGLYLANEIIQQSRAKRKTTFLDEFAKVLPSTLEQIYPSMISTHQAKLKRIIDVWSQRKIFDSNLIHRLYQSIQDQKAYNGLSSSSSNSPPINSGDLAPEISSLSTLFNKISTLKSSTSLVVNQINEQYSSLFDSETLPGTDIYLKQLGDLSTLITSARSKSQETQELRESIINELKKLIQVQESWITKDAESSGSLDEKLATVQQKESELKEFINDVEEEDGVPQYAASSDEEGDENVSKKRKMESPPTETVDSGEQPTNPVHPQLSSILESLSRTTGLTPEPASTSDESATATQKQDETPVSSSINPALASLLSKLNGLEVLFQ

来源 Source

来源生物 organism	Komagataella phaffii
通用名 common_name	Yeast, Pichia pastoris
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	460519
宿主生物 host_organism	Escherichia coli KRX

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.78 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	77924

fit	/app/data/saxs_computation/yf/8yf5/8yf5.fit
pddf	/app/data/pr_computation/yf/8yf5/8yf5.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/yf/8yf5/8yf5.dat

Cryo EM structure of Komagataella phaffii Rat1-Rai1-Rtt103 complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)