8yh8

;F1 domain of Non-catalytic site depleted and epsilon C-terminal domain deleted FoF1-ATPase from Bacillus PS3,under ATP saturated condition ;

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 141.3 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8yh8
沉积日期 deposition_date	2024-02-27
最后修订 last_revision	2025-05-14
结构标题 title	;F1 domain of Non-catalytic site depleted and epsilon C-terminal domain deleted FoF1-ATPase from Bacillus PS3,under ATP saturated condition ;
关键词 keywords	Complex, MOTOR PROTEIN; MOTOR PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	45.23 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	44.48 Å
零角强度 I(0) i0	1760310000.00
分子量 molecular_weight	351220.0 kDa
排除体积 excluded_volume	441220 Å³
包络体积 envelope_volume	587180 Å³
水化壳体积 shell_volume	103860 Å³
包络直径 envelope_diameter	151.3 Å
壳层 Rg shell_rg	53.94 Å
包络 Rg envelope_rg	43.93 Å
形状 Rg shape_rg	44.48 Å
总 Rg total_rg	44.84 Å
总原子数 total_atoms	24712
残基数 n_residues	3205
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	141.3 Å
Rg (实空间) rg_real	44.96 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.76 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.7600e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.8690e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	45.23 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1761000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8728
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	60.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.179
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.290
角度范围 angular_range	— – 0.1750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	409800000.0000
实空间数据点数 n_real_points	36
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.871; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.968; Smooth: 0.762

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	ATP synthase subunit alpha
分子量 formula_weight	51699.1 kDa
EC 编号 ec_number	7.1.2.2
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	24712

SDVGTVIQVGDGIARAHGLDNVMSGELVEFANGVMGMALNLEENNVGIVILGPYTGIKEGDEVRRTGRIMEVPVGEALIGRVVNPLGQPVDGLGPVETTETRPIESRAPGVMDRRSVHEPLQTGIKAIDALVPIGRGQRELIIGDRQTGAASVAIDTIINQKDQNMISIYVAIGQKESTVRTVVETLRKHGALDYTIVVTASASQPAPLLFLAPYAGVAMGEYFMYKGKHVLVVYAALSKQAAAYRELSLLLRRPPGREAYPGDIFYLHSRLLERAAKLSDAKGGGSLTALPFVETQAGDISAYIPTNVISITDGQIFLQSDLFFSGVRPAINAGLSVSRVGGAAQIKAMKKVAGTLRLDLAAYRELEAFAQFGSDLDKATQAKLARGARTVEVLKQDLHQPIPVEKQVLIIYALTRGFLDDIPVEDVRRFEKEFYLFLDQNGQHLLEHIRTTKDLPNEDDLNKAIEAFKKTFVVS

来源 Source

来源生物 organism	Bacillus sp. PS3
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2334
宿主生物 host_organism	Escherichia coli K-12

Entity 2 polymer

描述 description	ATP synthase subunit beta
分子量 formula_weight	51683.7 kDa
EC 编号 ec_number	7.1.2.2
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E,F

MTRGRVIQVMGPVVDVKFENGHLPAIYNALKIQHKARNENEVDIDLTLEVALHLGDDTVRTIAMASTDGLIRGMEVIDTGAPISVPVGEVTLGRVFNVLGEPIDLEGDIPADARRDPIHRPAPKFEELATEVEILETGIKVVDLLAPYIKGGKIGLFGGAGVGKTVLIQELIHNIAQEHGGISVFAGVGERTREGNDLYHEMKDSGVISKTAMVFGQMNEPPGARMRVALTGLTMAEYFRDEQGQDVLLFIDNIFRFTQAGSEVSALLGRMPSAVGYQPTLATEMGQLQERITSTAKGSITSIQAIYVPADDYTDPAPATTFSHLDATTNLERKLAEMGIYPAVDPLASTSRALAPEIVGEEHYQVARKVQQTLQRYKELQDIIAILGMDELSDEDKLVVHRARRIQFFLSQNFHVAEQFTGQPGSYVPVKETVRGFKEILEGKYDHLPEDAFRLVGRIEEVVEKAKAMGV

来源 Source

来源生物 organism	Bacillus sp. PS3
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2334
宿主生物 host_organism	Escherichia coli K-12

Entity 3 polymer

描述 description	ATP synthase gamma chain
分子量 formula_weight	31535.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

SLRDIKTRINATKKTSQITKAMEMVSTSKLNRAEQNAKSFVPYMEKIQEVVANVALGAGGASHPMLVSRPVKKTGYLVITSDRGLAGAYNSNVLRLVYQTIQKRHACPDEYAIIVIGRVGLSFFRKRNMPVILDITRLPDQPSFADIKEIARKTVGLFADGTFDELYMYYNHYVSAIQQEVTERKLLPLTDLAENKQRTVYEFEPSQEECLDVLLPQYAESLIYGALLDAKASEHAARMTAMKNATDNANELIRTLTLSYNRARQAAITQEITEIVAGANAL

来源 Source

来源生物 organism	Bacillus sp. PS3
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2334
宿主生物 host_organism	Escherichia coli K-12

Entity 4 polymer

描述 description	ATP synthase epsilon chain
分子量 formula_weight	9221.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MKTIHVSVVTPDGPVYEDDVEMVSVKAKSGELGILPGHIPLVAPLEISAARLKKGGKTQYIAVSGGFLEVRPDKVTILAQAAERAED

来源 Source

来源生物 organism	Bacillus sp. PS3
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2334
宿主生物 host_organism	Escherichia coli K-12

Entity 5 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 6 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 7 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	2.70 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	109111

fit	/app/data/saxs_computation/yh/8yh8/8yh8.fit
pddf	/app/data/pr_computation/yh/8yh8/8yh8.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/yh/8yh8/8yh8.dat

;F1 domain of Non-catalytic site depleted and epsilon C-terminal domain deleted FoF1-ATPase from Bacillus PS3,under ATP saturated condition ;

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)