8yhz

The co-crystal structure of the Fab fragment of Ab-1080 with NaV1.7 VSDII peptide

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 81.6 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8yhz
沉积日期 deposition_date	2024-02-28
结构标题 title	The co-crystal structure of the Fab fragment of Ab-1080 with NaV1.7 VSDII peptide
关键词 keywords	inhibitor, NaV1.7, MEMBRANE PROTEIN/IMMUNE SYSTEM, MEMBRANE PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex; MEMBRANE PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	25.10 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	24.16 Å
零角强度 I(0) i0	38448500.00
分子量 molecular_weight	47060.0 kDa
排除体积 excluded_volume	58522 Å³
包络体积 envelope_volume	71504 Å³
水化壳体积 shell_volume	24909 Å³
包络直径 envelope_diameter	84.5 Å
壳层 Rg shell_rg	31.02 Å
包络 Rg envelope_rg	24.01 Å
形状 Rg shape_rg	24.14 Å
总 Rg total_rg	25.02 Å
总原子数 total_atoms	3309
残基数 n_residues	442
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	81.6 Å
Rg (实空间) rg_real	25.08 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.66 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.8450e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.7530e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	25.09 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	38450000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8995
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	27.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.298
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.462
角度范围 angular_range	— – 0.3150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	7529000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.918; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.966; Smooth: 0.969

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Light chain of 1080 Fab
分子量 formula_weight	23444.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L
原子数 atom_count	3816

QVLTQTASPVSAAVGNTVTITCQSSQSVWKNNDLSWYQQKLGQPPKLLIYYASTLASGVSSRFKASGSGTQFTLTISDVQCDDAGTYYCVGSYDCSSADCNAFGGGTKVVVKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGE

来源 Source

来源生物 organism	Oryctolagus cuniculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9986
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	Heavy chain of 1080 Fab
分子量 formula_weight	22567.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

QSEEESGGRLVTPETPLTLTCTASGIDLSKWPMTWVRQAPGKGLEWIGIIGRSGSTNYASWAKGRFTISKTSTTVDLKMTSPTTEDTATYFCARGGSYYDLWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKS

来源 Source

来源生物 organism	Oryctolagus cuniculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9986
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	Sodium channel protein type 9 subunit alpha
分子量 formula_weight	1401.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P

EHHPMTEEFKN

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	507

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	78.965 Å
晶胞边长 b length_b	78.965 Å
晶胞边长 c length_c	147.048 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.620 Å
最低分辨率 resolution_low	28.650 Å
R 因子 r_factor	0.1942
R_work r_work	0.1937
R_free r_free	0.2103

fit	/app/data/saxs_computation/yh/8yhz/8yhz.fit
pddf	/app/data/pr_computation/yh/8yhz/8yhz.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/yh/8yhz/8yhz.dat

The co-crystal structure of the Fab fragment of Ab-1080 with NaV1.7 VSDII peptide

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)