8ylc

The crystal structure of PDE4D with Amentoflavone

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 91.6 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8ylc
沉积日期 deposition_date	2024-03-06
最后修订 last_revision	2024-06-12
结构标题 title	The crystal structure of PDE4D with Amentoflavone
关键词 keywords	Inhibitor, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	28.82 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	27.93 Å
零角强度 I(0) i0	93893000.00
分子量 molecular_weight	75921.0 kDa
排除体积 excluded_volume	94760 Å³
包络体积 envelope_volume	113940 Å³
水化壳体积 shell_volume	33465 Å³
包络直径 envelope_diameter	96.4 Å
壳层 Rg shell_rg	35.63 Å
包络 Rg envelope_rg	27.91 Å
形状 Rg shape_rg	27.95 Å
总 Rg total_rg	28.62 Å
总原子数 total_atoms	5337
残基数 n_residues	649
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	91.6 Å
Rg (实空间) rg_real	28.79 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.61 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.3890e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2820e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.80 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	93890000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9015
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	31.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.281
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.520
角度范围 angular_range	— – 0.2750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	24260000.0000
实空间数据点数 n_real_points	56
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.928; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.989; Smooth: 0.942

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	;3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase 4D ;
分子量 formula_weight	57758.4 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.4.53
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	5477

MASNKFKRMLNRELTHLSEMSRSGNQVSEFISNTFLDKQHEVEIPSPTQKEKEKKKRPMSQISGVKKLMHSSSLTNSSIPRFGVKTEQEDVLAKELEDVNKWGLHVFRIAELSGNRPLTVIMHTIFQERDLLKTFKIPVDTLITYLMTLEDHYHADVAYHNNIHAADVVQSTHVLLSTPALEAVFTDLEILAAIFASAIHDVDHPGVSNQFLINTNSELALMYNDSSVLENHHLAVGFKLLQEENCDIFQNLTKKQRQSLRKMVIDIVLATDMSKHMNLLADLKTMVETKKVTSSGVLLLDNYSDRIQVLQNMVHCADLSNPTKPLQLYRQWTDRIMEEFFRQGDRERERGMEISPMCDKHNASVEKSQVGFIDYIVHPLWETWADLVHPDAQDILDTLEDNREWYQSTIPQSPSPAPDDPEEGRQGQTEKFQFELTLEEDGESDTEKDSGSQVEEDTSCSDSKTLCTQDSESTEIPLDEQVEEEAVGEEEESQPEACVIDDRSPD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	8-[5-[5,7-bis(oxidanyl)-4-oxidanylidene-chromen-2-yl]-2-oxidanyl-phenyl]-2-(4-hydroxyphenyl)-5,7-bis(oxidanyl)chromen-4-one
分子量 formula_weight	538.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	140

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	57.901 Å
晶胞边长 b length_b	78.791 Å
晶胞边长 c length_c	162.394 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	24.519 Å
R 因子 r_factor	0.2161
R_work r_work	0.2137
R_free r_free	0.2583

fit	/app/data/saxs_computation/yl/8ylc/8ylc.fit
pddf	/app/data/pr_computation/yl/8ylc/8ylc.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/yl/8ylc/8ylc.dat

The crystal structure of PDE4D with Amentoflavone

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction