8ym7

Crystal structure of Lysine Specific Demethylase 1 (LSD1) with JH-45

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 142.2 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8ym7
沉积日期 deposition_date	2024-03-08
最后修订 last_revision	2024-05-22
结构标题 title	Crystal structure of Lysine Specific Demethylase 1 (LSD1) with JH-45
关键词 keywords	LSD1, FLAVOPROTEIN; FLAVOPROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	42.95 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	44.21 Å
零角强度 I(0) i0	120817000.00
分子量 molecular_weight	89496.0 kDa
排除体积 excluded_volume	112400 Å³
包络体积 envelope_volume	162090 Å³
水化壳体积 shell_volume	35459 Å³
包络直径 envelope_diameter	155.8 Å
壳层 Rg shell_rg	40.84 Å
包络 Rg envelope_rg	45.96 Å
形状 Rg shape_rg	44.22 Å
总 Rg total_rg	43.97 Å
总原子数 total_atoms	6330
残基数 n_residues	794
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	142.2 Å
Rg (实空间) rg_real	43.98 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.75 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2080e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.1230e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	42.96 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	120700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6308
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	30.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.736
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.475
角度范围 angular_range	— – 0.1850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	9076000.0000
实空间数据点数 n_real_points	38
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.316; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.251; Smooth: 0.003

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Lysine-specific histone demethylase 1A
分子量 formula_weight	73448.0 kDa
EC 编号 ec_number	1.14.99.66
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6331

AVEGAAFQSRLPHDRMTSQEAACFPDIISGPQQTQKVFLFIRNRTLQLWLDNPKIQLTFEATLQQLEAPYNSDTVLVHRVHSYLERHGLINFGIYKRIKPLPTKKTGKVIIIGSGVSGLAAARQLQSFGMDVTLLEARDRVGGRVATFRKGNYVADLGAMVVTGLGGNPMAVVSKQVNMELAKIKQKCPLYEANGQAVPKEKDEMVEQEFNRLLEATSYLSHQLDFNVLNNKPVSLGQALEVVIQLQEKHVKDEQIEHWKKIVKTQEELKELLNKMVNLKEKIKELHQQYKEASEVKPPRDITAEFLVKSKHRDLTALCKEYDELAETQGKLEEKLQELEANPPSDVYLSSRDRQILDWHFANLEFANATPLSTLSLKHWDQDDDFEFTGSHLTVRNGYSCVPVALAEGLDIKLNTAVRQVRYTASGCEVIAVNTRSTSQTFIYKCDAVLCTLPLGVLKQQPPAVQFVPPLPEWKTSAVQRMGFGNLNKVVLCFDRVFWDPSVNLFGHVGSTTASRGELFLFWNLYKAPILLALVAGEAAGIMENISDDVIVGRCLAILKGIFGSSAVPQPKETVVSRWRADPWARGSYSYVAAGSSGNDYDLMAQPITPGPSIPGAPQPIPRLFFAGEHTIRNYPATVHGALLSGLREAGRIADQFLGA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	REST corepressor 1
分子量 formula_weight	15446.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

KRKPPKGMFLSQEDVEAVSANATAATTVLRQLDMELVSVKRQIQNIKQTNSALKEKLDGGIEPYRLPEVIQKCNARWTTEEQLLAVQAIRKYGRDFQAISDVIGNKSVVQVKNFFVNYRRRFNIDEVLQEWEAE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 non-polymer

描述 description	FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	785.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	4-[5-(4-azanylpiperidin-1-yl)-8-(4-methylphenyl)pyrido[3,4-b]pyrazin-7-yl]-2-fluoranyl-benzenecarbonitrile
分子量 formula_weight	438.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	120.674 Å
晶胞边长 b length_b	178.038 Å
晶胞边长 c length_c	234.346 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	I 2 2 2
空间群编号 int_tables_number	23
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.830 Å
最低分辨率 resolution_low	117.170 Å
R 因子 r_factor	0.2135
R_work r_work	0.2124
R_free r_free	0.2476

fit	/app/data/saxs_computation/ym/8ym7/8ym7.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ym/8ym7/8ym7.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ym/8ym7/8ym7.dat

Crystal structure of Lysine Specific Demethylase 1 (LSD1) with JH-45

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)